Mangifera similis Blume, a wild relative of the mango, is an important genetic resource for improving mango varieties. This chapter outlines an in silico pipeline for the development and primer design of microsatellite (SSR) markers for the chloroplast and the whole genome of M. similis, using bioinformatics and next-generation sequencing. The method enables efficient microsatellite identification, saving laboratory time and costs, and is particularly useful for tree species with limited genomic data. The workflow comprises steps such as DNA extraction, sequencing, library construction, in sil
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Single-nucleotide polymorphisms (SNPs) represent the most frequent type of genetic variation in plant genomes. Recently, SNPs have become essential markers for various studies conducted using plant genomes. With recent advances in high-throughput genomic sequencing techniques as well as advanced genotyping platforms, efficient strategies have emerged for discovering, validating, and using SNPs for genomic analysis and improvement of numerous plant species. This chapter aims to offer an overview of methods used for conducting studies using SNPs for plant species, particularly providing procedur
СтатьяОбзорПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Rice is the most important staple food crop cultivated by millions of small-holder farmers. The effective utilization of extensive genetic diversity leads to sustainable rice production. The 3000 Rice Genomes Project is a publicly accessible giga-dataset of genomic sequences with an average coverage depth of 14×, derived from 3000 rice accessions that represent global genetic and functional diversity. Seeds of these accessions are conserved in the International Rice Genebank Collection, and these resources constitute an unprecedented platform for advancing rice science and modern breeding stra
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Expressed sequence tags (ESTs), are short cDNA sequences obtained from expressed genes in any plant tissue of Gossypium spp. and represent a suitable approach for studying the transcriptome in the absence of a reference genome. In this study, protocols for EST development were established to explore expressed genes in cotton under diverse biotic and abiotic stress conditions. ESTs were generated by using two approaches: suppression subtractive hybridization (SSH) and next-generation sequencing (NGS) techniques. The process begins with RNA isolation, followed by mRNA purification, cDNA synthesi
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Tissue culture-based propagation in sugarcane provides large-scale production of planting material; however, maintaining genetic stability and virus-free status is critical. Genetic fidelity assessment and virus indexing serve as key tools for quality control in micropropagated plants. This chapter discusses available molecular and diagnostic strategies for ensuring clonal uniformity and phytosanitary safety.
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The genus Averrhoa includes economically and nutritionally important fruit crops like Averrhoa carambola (star fruit) and Averrhoa bilimbi (bilimbi). However, it has not been studied enough genetically, even though it is important for horticulture. For germplasm conservation, cultivar identification, and crop improvement programs, it is important to be able to accurately measure genetic diversity. This chapter elucidates the optimization and utilization of random amplified polymorphic DNA (RAPD) markers for the analysis of genetic diversity in Averrhoa species. We used a modified CTAB method t
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Sesamum indicum L. is one of the oldest oilseed, cultivated oleaginous species, which is highly valued due to the excellent quality of the oils and owing to its antioxidative effects. Even though it is a major economic crop, there is a historical gap in breeding of sesame compared to the major staple crops, mainly because of a lack of genomic resources. With the emergence of next-generation sequencing methods, single-nucleotide polymorphisms (SNPs) with their noted benefits, compared to older marker systems, such as dense marker coverage, whole-genome coverage, and high-throughput automation c
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Single-nucleotide polymorphisms (SNPs) represent the most abundant form of genetic variation in crop genomes and serve as highly informative molecular markers for modern breeding programs. Advances in next-generation sequencing technologies have enabled rapid and high-throughput SNP discovery across diverse crop species, including those with large and complex genomes. Reliable SNP development requires an integrated workflow encompassing germplasm selection, high-quality DNA isolation, library preparation, sequencing, sequence data processing, variant calling, stringent filtering, annotation, a
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The chapter reports an inexpensive, non-sequencing-based technique to develop microsatellite markers in pomegranate (Punica granatum). Microsatellites are also known as the polymorphic genetic markers that are usually used in genetic diversity, breeding, and population genetics. Even though next-generation sequencing (NGS) has quickly demonstrated speedy advancement in the development of markers, the given protocol provides a viable option in species with limited genomic information or in cases when sequencing is not a viable option. The strategy uses the enrichment strategy as a way of select
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Restriction fragment length polymorphism (RFLP) was the first reliable genetic marker used in plant molecular studies. It is a DNA-based marker that detects variation in DNA sequence at restriction enzyme sites and produces codominant, locus-specific markers that differentiate homologous and heterozygous genotypes. It provides greater accuracy than trait-based methods. The application of RFLP markers includes developing genetic linkage maps, conducting QTL analysis, characterizing germplasm, and detecting somaclonal variations. Despite being the availability of new molecular markers, RFLP stil
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Simple Sequence Repeat (SSR) marker-assisted selection has proven to be the most powerful tool for genetic monitoring and selection in in vitro culture systems. It is widely used in detecting somaclonal variation and producing true-to-type in vitro plantlets with superior quality. Genetic fidelity is the critical point in plant tissue culture, and SSR markers act as a supporter to pass this critical point through locus specificity, codominancy and high polymorphism. SSR markers allow the precise detection of genetic changes during callus formation, organogenesis, somatic embryogenesis, and lon
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The dynamic flow of heavy metals in ecosystems is disturbing the sustainability of environmental quality and the flow of resources in ecosystems. Detection of genotypes with metal-tolerance ability is a prerequisite for mitigating this burning problem, through restoration of degraded ecosystems, progressive crop productivity, and improvement in efficiency of phytoremediation programs. The application of simple sequence repeat (SSR) markers for tracing metal tolerance in plants is gaining importance among researchers. SSRs, as molecular markers, are highly informative and preferable compared to
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Restriction fragment length polymorphism (RFLP) has been an important molecular tool in advancing cotton (Gossypium spp.) improvement by enabling researchers to detect stable genetic variations across the genome. Using restriction enzymes and labeled probes, RFLP generates highly reproducible, co-dominant markers that help identify differences among cultivars, wild species, and breeding lines. This technique has been widely used to construct early genetic linkage maps, locate quantitative trait loci (QTLS) associated with fiber quality, yield, and disease resistance, and study genome structure
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Sesame (Sesamum indicum L.) is an important oilseed crop with considerable agronomic potential, widely cultivated across tropical and subtropical regions. Despite its substantial economic value, genomic research in sesame has progressed more slowly than in major staple crops. The advent of high-throughput single-nucleotide polymorphism (SNP) markers has markedly advanced sesame breeding by enabling the development of dense genetic linkage maps, genome-wide association studies (GWAS), and marker-assisted selection (MAS). This chapter presents detailed protocols for SNP discovery and validation
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The genus Trichoderma comprises potent biocontrol fungi known for their antagonistic activity against diverse phytopathogens. Understanding the genetic diversity among Trichoderma isolates is essential for identifying strains with enhanced biocontrol potential. Sequence-related amplified polymorphism (SRAP) markers, which target open reading frames (ORFs) and associated regulatory regions, offer a robust and efficient molecular tool for diversity analysis. This chapter describes a detailed protocol for genomic DNA extraction, SRAP-PCR amplification, and data analysis for Trichoderma isolates.
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Maize is the third most significant cereal crop, and most of its agronomic traits are quantitative in nature. The fine mapping of genes or quantitative trait loci (QTLs) associated with these traits is essential for marker-assisted selection (MAS) in maize breeding. Although significant progress has been made, there remains a lack of high-density, highly polymorphic single-nucleotide polymorphism (SNP) markers, especially competitive allele-specific PCR (KASP) SNP markers suitable for automated genotyping. The development of next-generation sequencing (NGS) platforms has generated vast amounts
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
This chapter details a comprehensive, step-by-step RAPD protocol for assessing genetic diversity in 16 Iranian Echium amoenum ecotypes, a medicinal plant. The method uses STE (Sucrose-Tris-EDTA) buffer to extract DNA from leaf tissue, followed by spectrophotometric and electrophoretic quality control. PCR amplification with 20 decamer primers yields 248 polymorphic bands (80% polymorphism), separated by agarose gel electrophoresis. NTSYS-pc analysis, using the Dice coefficient, UPGMA clustering, and principal component analysis, reveals geographic-climatic groupings. This approach is applicabl
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The molecular characterization of genetically modified plants is commonly based on the detection of foreign DNA sequences introduced during transformation. While this strategy is effective for conventional transgenic plants, it becomes inadequate for cisgenic and intragenic plants in which the introduced gene originates from the host genome and is regulated by native promoter and terminator elements. Following segregation-based elimination of selectable marker cassettes, such cisgenic plants may become indistinguishable from wild-type plants using standard sequence-dependent PCR assays. This c
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
One of the most useful techniques for studying genetic variations in plants is single-nucleotide polymorphisms (SNPs), which are useful in developing molecular markers for genetic research. In this chapter, the development and validation of SNP markers using targeted resequencing and in silico analysis of genomic resources for plant genomic research and breeding are included. Key steps include genomic DNA isolation, whole-genome resequencing, raw read processing, reference-based alignment, SNP detection, and stringent filtering to identify high-confidence variants. The importance of cross-plat
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Random amplified polymorphic DNA (RAPD) markers have played a significant role in accelerating cotton (Gossypium spp.) improvement by enabling rapid genome-wide assessment of genetic variation without the requirement for prior sequence information. RAPD has been widely applied in cotton germplasm characterization, cultivar identification, hybrid confirmation, and the early development of molecular linkage maps. Its simplicity, low cost, and the ability to amplify multiple polymorphic loci in a single reaction made RAPD particularly valuable during the early phases of cotton molecular breeding.
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования