Single-cell transcriptomics has revolutionized our understanding of cellular heterogeneity by enabling high-resolution gene expression profiling at the individual cell level. However, traditional single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) lacks direct protein quantification, limiting comprehensive immunophenotyping. Cellular Indexing of Transcriptomes and Epitopes by sequencing (CITE-seq) overcomes this limitation by integrating antibody-derived tag (ADT) quantification with scRNA-seq, allowing simultaneous measurement of surface protein and gene expression from the same cell. This multimodal appr
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Regulatory T cells, or Tregs, are a unique type of CD4⁺ T cell that act as the immune system's brakes-they stop it from turning against the body's own tissues. For about twenty years now, researchers have been digging into what sets Tregs apart from other T cells, both in their composition and function (1). Markers like CD25 (IL-2Rα), Foxp3, and CTLA-4 usually show up when Tregs are active, but these markers aren't always reliable-they can shift depending on where the cells are and what they are doing. Foxp3 is a transcription factor that Tregs need to develop and function. Mutations on Foxp3
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Flow cytometric analysis can provide valuable information on the viability, phenotype, and therapeutic potential of cell therapy products using a minimal amount of cell numbers. In this chapter, we describe methods for the analysis of clinical products that incorporate extra considerations within the protocols to help maintain consistency and confidence of staining. This can include methods for evaluating the transduction efficiency for T cells expressing chimeric antigen receptors (CAR-T), characterizing the frequency of diverse lymphocyte populations within polyclonal cell cultures and posti
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The capillary-based Organic Electronic Ion Pump (cOEIP) is an emerging bioelectronic delivery tool that enables precise and electronically controlled delivery of charged biomolecules to biological targets without inducing bulk fluid flow. Traditional treatment methods often induce mechanical disturbances or secondary signaling that obscure the direct physiological effects of the delivered compounds. In contrast, the iontronic devices enable precise, flow-free ionic delivery, allowing the isolation of responses specifically attributable to the applied biomolecule. Here, we present a detailed pr
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
In plant roots, the diversity of tissues along the radial axis and of developmental stages along the longitudinal axis implies a highly dynamic and heterogeneous gene expression. Many master regulators of gene expression exhibit distinctive temporal expression patterns or are restricted to specific cell types, making whole-root molecular analyses insufficient to resolve their roles in developmental and physiological processes. Here, we report a protocol for fluorescence-activated cell sorting (FACS)-coupled RNA sequencing to analyze, reconstruct, and ultimately dissect the gene regulatory netw
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
This section details the optimized methods for single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) in Medicago truncatula roots and nodules. We describe a detailed experimental workflow, comprising plant growth and bacteria application, protoplast isolation, quality control, and library processing according to 10× Genomics®, suitable for both long- and short-read sequencing. This protocol can serve as a starting point for establishing robust, high-quality scRNA-seq workflows to study nodulation and root development in legumes.
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The plasma membrane (PM) is the primary interface between plant cells and their environment, and its resident proteins mediate key processes such as extracellular signal perception and downstream cellular reprogramming. Yet, PM proteins are typically underrepresented in total protein extracts, and existing enrichment strategies are often laborious and require extensive optimization. Here, a simple and robust workflow is described for enriching PM proteins from Arabidopsis thaliana seedlings using total microsomal membranes obtained by differential centrifugation as starting material. Sequentia
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Mass spectrometry-based proteomics allows the unbiased identification and quantification of proteins and phosphopeptides in biological materials. The nature of walled plant cells requires specific protocols for effective and efficient protein isolation, and, in general, the plant sciences can benefit from more accessible, optimized proteomics workflows. Advances in MS instrumentation now allow the measurement of large numbers of samples, shifting constraints in proteomics toward the accurate, high-throughput preparation of samples. Here, we describe a high-throughput (phospho)proteomics protoc
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Recent advances in multiomics technologies have revolutionized the study of immune-driven diseases by enabling high-dimensional, single-cell resolution analyses. This chapter provides a practical guide for integrating CyTOF (mass cytometry) and single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) data to address key challenges in this field. The integration of these modalities allows for consistent and reproducible cell type annotation, the transfer of annotations to assist in characterizing difficult-to-identify populations, and the transcriptional characterization of rare and heterogeneous subpopulations.
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Efficient and reproducible isolation of Botrytis species, including Botrytis cinerea and Botrytis pseudocinerea, is essential for studies on fungal biology, epidemiology, and host-pathogen interactions. The protocols described in this chapter provide practical methods for obtaining pure cultures from symptomatic and asymptomatic plant tissues, as well as from single spores and hyphal fragments. Each approach is detailed with step-by-step instructions, highlighting critical parameters for successful isolation and culture maintenance. The symptomatic and asymptomatic tissue methods enable rapid
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Extracellular vesicles (EVs) are universally conserved and essential players in the communication between cells across nearly all organisms of life. Botrytis cinerea produces and secretes EVs that are critical in its virulence on plants. Numerous studies in various fungal species reveal that EVs are important across different pathosystems to facilitate fungal infection. For characterization of the cargo and role of EVs in fungal growth and communication, it is necessary to carefully and precisely purify fungal EVs from fungal culture or the plant interaction interface. Here, we present a metho
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Proteomics has been revealed as a key set of technologies that provide a detailed description of the molecular processes involved in the development of a specific phenotype. "Omics" technologies can collect an incredible amount of information. Among them, proteomics is an invaluable tool for defining specific biological information by studying the complete set of proteins under specific conditions, the proteome; or specific subsets of proteins, the subproteome. It is a crucial instrument for describing protein post-translational modifications, the functional annotation of the genome, and the d
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR) and associated (Cas) systems have revolutionized the field of genome engineering by providing versatile, efficient, and programmable tools for precise genetic manipulation. Originally identified as an adaptive immune mechanism in prokaryotes, CRISPR/Cas systems have been extensively repurposed for a wide range of applications across molecular biology, biotechnology, and medicine. This chapter provides a comprehensive overview of the molecular mechanisms underlying CRISPR/Cas immunity. Furthermore, the classification of CRISPR/C
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Antimicrobial peptides (AMPs) represent the first line of host immune defense against a broad spectrum of microorganisms. Whether naturally occurring or synthetically designed, these small peptides can potently inhibit microbial growth and remain stable under diverse conditions. Most AMPs act by directly disrupting fungal or bacterial membranes. In this study, we identified a glycine-rich peptide with strong antifungal activity against Botrytis cinerea. We further investigated its mode of action (MOA) and demonstrated its preventive antifungal activity in plants. Our work focuses primarily on
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) has facilitated the studies of cellular heterogeneity in many different biological contexts, including how B cells function and mediate immune responses to infection, malignancies, and autoimmunity. scRNA-seq as applied to B cells requires specific bioinformatics strategies, which consider the distinct biology of B cells and biological processes unique to these cells, such as somatic hypermutation (SHM) and class switch recombination (CSR). We present here a protocol that analyses scRNA-seq alignments and count matrices, as well as B-cell receptor sequenc
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The nonstructural protein 2 (nsP2) of chikungunya virus (CHIKV) is an essential cysteine protease involved in viral polyprotein processing and replication complex regulation. Biochemical and structural studies of nsP2 require the availability of highly pure and enzymatically active protein. In this chapter, we describe a straightforward protocol for the heterologous expression and purification of CHIKV nsP2 protease domain (nsP2pro) in Escherichia coli. The protein is expressed at low temperature as a His-tagged construct and purified under native conditions by immobilized metal ion affinity c
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Chikungunya virus, a mosquito-borne alphavirus, poses a significant global health threat due to its rapid spread and lack of approved antiviral therapies. The viral nonstructural protein 2 protease (nsP2p) plays a critical role in processing the viral polyprotein to produce key viral enzymes, making it an attractive target for drug development. In this study, we describe the expression and purification of recombinant CHIKV nsP2 protease and establish a robust fluorogenic assay to measure its enzymatic activity using the acc-CHIK15-dnp peptide substrate. The assay enables real-time monitoring o
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Cas9-guide RNA ribonucleoprotein (RNP) complexes are widely used for genome editing because they provide rapid, transient nuclease activity without introducing exogenous DNA into target cells. Efficient RNP delivery requires a highly purified, correctly folded Cas9 protein that is free of contaminating nucleases and small-molecule impurities. This chapter describes the expression of N-terminally His-tagged Cas9 from a pET28b vector in Escherichia coli Rosetta strains, followed by purification using Ni-NTA immobilized metal affinity chromatography (IMAC) and size exclusion chromatography (SEC)
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Sugar fatty acid esters have a wide range of applications in food, cosmetic, detergent, and pharmaceutical industries due to their excellent surface and antimicrobial properties. Additionally, some sugar esters are insecticides and acaricides. In this work, we described the enzymatic synthesis of lactulose monoesters, their purification, and qualitative and quantitative chromatographic analysis.
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Intracellular calcium signaling plays a crucial role in intestinal epithelial function. In this chapter, we describe a method to monitor calcium dynamics in live pig small intestinal organoids using stably expressed genetically encoded FRET-based biosensor in combination with intensity-based ratiometric and fluorescence lifetime imaging (FLIM) microscopy readouts. The calcium biosensor Twitch-2B was introduced into organoids by electroporation. Despite the modest lifetime contrast, the biosensor provides a highly reliable ratiometric signal and is compatible with both conventional fluorescence
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования