Ribonucleases can cleave RNAs internally in endoribonucleolytic mode or remove one nucleotide at a time from either the 5' or 3' end through exoribonuclease action. To show the direct implication of an RNase in a specific pathway of RNA maturation or decay requires the setting up of in vitro assays with purified enzymes and substrates. This chapter complements the previous Chap. 24 on assays of ribonuclease action in vivo by providing detailed protocols for the assay of B. subtilis RNases with prepared substrates in vitro.
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
DEAD-box RNA helicases are widespread ATP-driven enzymes that reshape RNA structures and RNA-protein complexes during many steps of RNA metabolism. In bacteria, DEAD-box RNA helicases support cellular growth and responses to stress by contributing to ribosome biogenesis, RNA degradation, and translation initiation. Growing evidence indicates that several DEAD-box RNA helicases can also form liquid-liquid phase-separated condensates that concentrate RNA and partner proteins. This behavior adds a new layer of control to RNA regulation, although the molecular factors that promote or tune liquid-l
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Ribonucleases remodel RNAs to render them functional or to initiate their degradation. Our laboratory studies these pathways in detail using a variety of techniques, ranging from the isolation of RNAs in various RNase mutants to determine their implication in maturation or decay pathways by Northern blot, to proving their direct roles in RNA cleavage reactions using purified enzymes and in vitro-transcribed RNA. In this chapter, we provide in-depth protocols for the techniques we regularly use in the laboratory to assay RNase activity in vivo, with detailed notes on optimization of these metho
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Medical implants are frequently used to treat musculoskeletal and dental conditions, with titanium materials standing out for their high biocompatibility. Atomic force microscopy (AFM), as an imaging and force spectroscopy tool, has emerged as a valuable technique to investigate cell-implant interactions at the nanoscale level. Here, we describe different AFM-based methodologies for the structural and nanomechanical characterization of titanium-based materials to be used as implant scaffolds in tissue engineering. These new applied methodologies may help on validating the osteointegrative pote
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Transcriptional fusions to the lacZ gene from Escherichia coli can be used to study gene expression. Here, we describe protocols for using a miniTn5 derivative to generate random insertions of the lacZY operon in the genome of Salmonella enterica serovar Typhimurium, to analyze the expression of transcriptional lac fusions under different conditions, and to identify the genomic location of some fusions.
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Analyses of virulence functions of Salmonella enterica demand generation of plasmids for complementation of mutated genes, expression of tagged alleles of effector proteins of the type III secretion systems, or fusions to reporter genes for investigation of regulation of expression, or protein localization and fate after translocation into host cells. Here, a simple and versatile approach for generation of plasmids from modular DNA fragments is described. The Modular Cloning approach is based on Gibson assembly and uses standardized overlap sequences that enable various combinations and reuse
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Polymerase chain reaction (PCR) is a molecular-based technology that has revolutionized diagnostics and characterization of pathogens, thus affecting how we understand the disease landscape. This technology has been found amenable to application on various strategies for management and control of infectious diseases. The main advantage with PCR technologies, when applied optimally, is the high sensitivity, specificity, efficiency, and short-turn-around time for results, thus rendering the strategy attractive to researchers in infectious diseases and public health. In this chapter, we describe
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Atomic force microscopy (AFM) is not only a high-resolution imaging technique but also a sensitive tool able to study biomechanical properties of biosamples (biomolecules, cells) in native conditions-i.e., in buffered solutions (culturing media) and stable temperature (mostly 37°C). Micromechanical transducers (cantilevers) are often used to map surface stiffness geometry, elastic, and contact parameters of living cells; however, they can also be used to monitor time course of dynamic forces (beating), their rate, and other biomechanical properties of cardiomyocyte contractility. Here we descr
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The 3'→5' RNA helicase YTHDC2 is a posttranscriptional regulator of gene expression in reproductive cells, where it is essential for the progression of meiosis. But a detailed understanding of its molecular mechanism is currently lacking. Cross-linking and immunoprecipitation (CLIP) followed by high-throughput sequencing is a well-established method for transcriptome-wide identification of the positions of protein-RNA interactions and has played a critical role in studies of RNA-binding proteins. In this chapter, we present an optimized protocol for performing YTHDC2 CLIP in mouse testes to id
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Stress granules (SGs) are cytoplasmic, membrane-less ribonucleoprotein (RNP) granules that form in response to cellular stress following the inhibition of translation initiation. Their assembly, composition, and crosstalk with processing bodies (P-bodies) are mediated by protein-protein, RNA-protein, and RNA-RNA interactions. DEAD/DEAH-box RNA helicases are key regulators of stress granules. Here, we present standardized protocols for (i) immunofluorescence of stress granule and P-body scaffold proteins and helicases, (ii) single-molecule RNA fluorescence in situ hybridization (smRNA FISH), an
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Biochemical testing plays a crucial role in the detection and confirmation of Salmonella spp. Since the cultural characteristics of Salmonella often resemble those of other enteric pathogens, differentiation based solely on growth features can be challenging. Biochemical tests allow for accurate identification by exploiting the distinct metabolic traits of Salmonella. In this study, we described three key tests, including methyl red, hydrogen sulfide production, and urease production, which are particularly important for the confirmation of Salmonella.
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Salmonella is an important zoonotic pathogen that is widely distributed in livestock, poultry, and other animals. Salmonella contamination not only affects the healthy development of the livestock industry but also poses a serious threat to public health. Therefore, establishing detection methods capable of simultaneously identifying different Salmonella serotypes is crucial. Among current detection methods for Salmonella, immunological detection methods using MAbs offer high throughput, shorter processing times, and enhanced specificity, making them useful for rapid Salmonella detection. The
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Salmonella can form biofilms, which are structured microbial communities composed of cells that adhere irreversibly to surfaces or to other cells. The formation of Salmonella biofilms may enhance the bacterial resistance to drugs, environmental stress, and the host immune system. Crystal violet staining is one of the most classical and widely used methods for measuring biofilms in laboratories. Its principle is primarily based on the binding of crystal violet to various components within the biofilm. Here, we describe the crystal violet assay protocol to measure the formation of Salmonella bio
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
A rapid and simple electrochemical immunosensor enables the detection of Salmonella in milk. Bacteria are captured and concentrated from samples by antibody-coated magnetic beads and simultaneously labeled with a horseradish peroxidase (HRP) conjugate. The complexes are captured onto an electrode to achieve, upon the addition of HRP substrate, an amperometric signal proportional to the bacterial load. The method detects about 104 CFU mL-1 in diluted milk within 50 min without enrichment. After an 8-h pre-enrichment step, the sensitivity improves to below 1 CFU mL-1, equivalent to ~1-3 CFU in 2
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
DEAD-box helicases DDX5 and DDX17 play a key role in regulating gene expression and RNA processing in mammalian cells. In particular, they are involved in alternative splicing and in the 3' end processing of nascent transcripts associated with the termination of transcription. In this chapter, we present experimental protocols and computational tools that altogether enable the prediction and validation of various types of changes in the neuroblastoma cell transcriptome upon the depletion of both helicases. This includes protocols for monitoring variations in alternative splicing, readthrough t
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Conventional analysis of RNA products synthesized by bacterial RNA polymerase (RNAP) in in vitro transcription assays relies on radioactive labeling, followed by separation of labeled RNAs by denaturing urea-polyacrylamide gel electrophoresis (PAGE). This approach provides excellent resolution across a wide range of RNA lengths (from 2 nt to several hundred nucleotides), but the use of radioisotopes requires specialized facilities, strict waste-disposal procedures, and is often restricted. To circumvent these limitations, we adapted a standard in vitro transcription assay for use with the Agil
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Helicases are versatile enzymes. Superfamily 2 (SF2) is the largest and most diverse group of helicases. SF2 helicases are involved in fundamental processes dealing with nucleic acids in the three domains of life and can be specific to DNA, RNA, or DNA:RNA hybrids. They are known to catalyze unwinding reactions in vitro or disrupt duplexes in vivo. More recently, it has emerged that they can also anneal single strands to form duplexes. Here, we describe biochemical assays used to investigate the activities of the Ski2-like helicases ASH-Ski2 and Hel308, as well as the Lhr-like helicase Lhr2 fr
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
DEAD-box RNA helicases (DDXs) are a family of enzymes that participate in nearly all aspects of cellular RNA metabolism by remodeling RNA structures. Among them, DDX3X plays key roles in diverse physiological processes, including the translational regulation of gene expression, and its malfunction is frequently associated with the onset of disease. To elucidate the molecular mechanisms of DDX3X, solution nuclear magnetic resonance (NMR) spectroscopy provides unique insights into its RNA-binding properties, dynamic behavior, and intermolecular interactions, complementing conventional structural
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
AA is an important unsaturated fatty acid that has many biological actions in the body. Hence, a close look at its metabolism and functions in the body is needed. In this chapter, an outline of the metabolism and functions of AA is given.
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
One of the major issues in human health and disease is to find the basic physiology of various cellular processes and understand the root cause(s) of various diseases. It is true that various cellular processes are complex. It is estimated that in a single cell at any given point in time, a minimum of 1 trillion reactions or processes are occurring simultaneously. If this is true, it is almost mind-boggling to imagine how many processes or reactions are occurring in the whole body at a single point in time. Because it is nearly impossible to grasp all cellular or enzymatic reactions at once, r
Introductory Journal ArticleПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.