Cell-type identification is a crucial step in single-cell RNA-seq (scRNA-seq) data analysis, for which supervised methods are preferred due to their accuracy and efficiency. The quality of the reference data plays an important role in cell-type identification performance, but systematic strategies for selecting and reconstructing reference data remain limited. We present Target-Oriented Reference Construction (TORC), a widely applicable strategy for constructing reference data from available labeled cells given a target dataset. TORC alleviates the differences in data distribution and cell-typ
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Single-cell RNA sequencing (scRNA-seq), which revolutionized the field of biology, is used to analyze gene expression at the individual cell level, providing insights into cellular heterogeneity and rare cell populations that are often masked by traditional bulk RNA sequencing. The technique has been applied in entomology to define cellular heterogeneity and response to pathogens in insects. In this chapter, we describe how to perform scRNA-seq of adult Aedes aegypti midgut.
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Alterations in chromatin state, mediated through histone modifications and the incorporation of histone variants, are fundamental to establishing transcriptional networks and cell identity. Recent advances in low-input epigenome profiling methods, such as CUT&Tag and CUT&RUN, have enabled the study of chromatin states from very limited starting materials. In this chapter, we describe procedures for generating CUT&Tag libraries to profile histone modifications and histone variants in early-developing zebrafish embryos.
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
10× Visium is a widely used spatial transcriptomics platform that enables joint profiling of gene expression and the spatial locations of cells. However, the histology images generated by the 10× Visium platform often contain technical artifacts, including fiducial markers and background noise, which degrade image quality. Here, we describe how a computational method, Vispro, can be applied to process and enhance these images. The resulting high-quality images lead to improved performance across a range of downstream analyses.
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
This chapter describes a detailed molecular biology protocol for introducing specific point mutations into the chikungunya virus (CHIKV) genome using a reverse genetics strategy. The method utilizes an overlapping PCR-based approach to generate a mutated DNA fragment, which is then cloned into a pre-engineered CHIKV infectious clone plasmid. The protocol covers all major steps, from the initial PCRs to create the mutated insert to its digestion and ligation into the vector. It also includes procedures for bacterial transformation, colony screening via PCR and Sanger sequencing to confirm the m
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Human essential hypertension is driven by a network of interacting nutritional, metabolic, inflammatory, and endothelial mechanisms in which AA and other PUFAs play a critical role. Beyond excess sodium intake, population data supports the role of inadequate calcium, potassium, and magnesium intake and low antioxidant vitamin status in shaping blood pressure regulation. These nutrients influence vascular smooth muscle tone and act as cofactors that support Δ6 and Δ5 desaturase activities, thereby governing tissue availability of AA, EPA, and DHA and downstream formation of vasodilator and anti
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The human brain is rich in AA and DHA, which are crucial for normal brain growth and development and memory. They form a major structural component of neurons of the cerebral cortex and photoreceptor cells in the retina. AA and DHA support synaptic plasticity and contribute to efficient neurotransmission. Adequate amounts of AA and DHA support neuronal growth and the formation of new synapses and thus are crucial for memory and cognitive function.Depression, anxiety, schizophrenia, and other neurological diseases occur more frequently in those with coronary heart disease (CHD) and vice versa.
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
DNA undergoes a wide range of chemical reactions every day, and such DNA lesions might have deleterious consequences as they not only affect cellular components and biological processes but can also accumulate permanently in the genome. Since DNA alterations eventually lead to multiple detrimental consequences, including genomic instability and cancer predisposition, these lesions must be efficiently detected and repaired by tightly regulated mechanisms to maintain genome integrity. Various DNA repair mechanisms contribute to the correction of the alterations that occur every day to prevent ge
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Zygote electroporation (EP) is a widely used technique for the delivery of targeting constructs into the embryos and has become very popular in the last few years in transgenic facilities all over the world. Zygote electroporation is technically simple, as it does not require equipment for microinjection. Moreover, zygote electroporation is less invasive, resulting in higher survival rates in comparison to pronuclear microinjection, leading to a reduction in the number of animals needed. Another advantage of zygote electroporation is a higher number of zygotes that can be targeted simultaneous
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Nonhuman primate (NHP) models are important in biomedical research due to their close evolutionary relationship with humans, which provides a high degree of anatomical, genetic, and physiological similarity. This close resemblance is particularly valuable for studying complex biological processes and diseases that are difficult to model in other animals. NHPs have hematopoietic and immune systems that closely mirror those of humans, making them crucial for researching hematopoietic stem cell biology, immunology, infectious diseases, and vaccine development, offering insights that are more like
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Single-cell transcriptomics has revolutionized our understanding of cellular heterogeneity by enabling high-resolution gene expression profiling at the individual cell level. However, traditional single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) lacks direct protein quantification, limiting comprehensive immunophenotyping. Cellular Indexing of Transcriptomes and Epitopes by sequencing (CITE-seq) overcomes this limitation by integrating antibody-derived tag (ADT) quantification with scRNA-seq, allowing simultaneous measurement of surface protein and gene expression from the same cell. This multimodal appr
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The development of three-dimensional (3D) tissue constructs that accurately replicate the morphology and function of native tissues is critical for advancing tissue engineering and regenerative medicine. Two primary strategies are currently employed: scaffold-based and scaffold-free approaches. Both aim to reproduce a biomimetic microenvironment that supports cell-cell and cell-matrix interactions, enabling the formation of functional tissues. To circumvent the immunological and toxicological limitations related to the use of exogenous scaffold materials, scaffold-free tissue engineering has e
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Cardiac organoids are increasingly used to model human cardiac development and disease, but their small size often limits molecular characterization, especially if different approaches and protocols are necessary to extract and quantify metabolites and lipids. Here, we present a multistep workflow for combined targeted free amino-acid (FAA) based metabolomic and lipidomic profiling from a single pooled cardiac organoid sample. The protocol covers organoid harvesting, detergent-assisted lysis, and a modified Folch extraction that generates an organic phase for lipid analysis and an aqueous phas
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Studying the transcriptome and the proteome of cells is essential for gaining a detailed understanding of cellular behavior, development, drug action, and disease progression. Spatial biology emerges to advance our ability to study the expression of molecules within tissues while preserving their natural spatial context. These cutting-edge technologies enable the mapping of thousands of individual cells in their original environment by detecting the location and biological quantity of cellular contents, such as RNAs and proteins. Here, we present a protocol to combine spatial transcriptomics (
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Recent advances in multiomics technologies have revolutionized the study of immune-driven diseases by enabling high-dimensional, single-cell resolution analyses. This chapter provides a practical guide for integrating CyTOF (mass cytometry) and single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) data to address key challenges in this field. The integration of these modalities allows for consistent and reproducible cell type annotation, the transfer of annotations to assist in characterizing difficult-to-identify populations, and the transcriptional characterization of rare and heterogeneous subpopulations.
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR) and associated (Cas) systems have revolutionized the field of genome engineering by providing versatile, efficient, and programmable tools for precise genetic manipulation. Originally identified as an adaptive immune mechanism in prokaryotes, CRISPR/Cas systems have been extensively repurposed for a wide range of applications across molecular biology, biotechnology, and medicine. This chapter provides a comprehensive overview of the molecular mechanisms underlying CRISPR/Cas immunity. Furthermore, the classification of CRISPR/C
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Gene delivery strategies include two main approaches: viral and nonviral systems to deliver the genetic material to target cells. Although viral vectors have high transfection efficacy, their clinical usage has been limited due to the risks of immunogenicity and mutagenesis. Therefore, nonviral delivery strategies such as polymeric nanoparticles gained considerable interest, since they are safer and more flexible. In this chapter, we comprehensively explained the protocols for preparing chitosan, a natural polymer, as well as poly(beta-amino esters) and poly(lactic-co-glycolic acid) nanopartic
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Gene regulatory networks (GRNs) represent the complex interplay of transcription factors, regulatory elements, and target genes that orchestrate cellular identity and function, playing a crucial role in the differentiation and maintenance of stem cells. This chapter provides an overview of experimental and computational methodologies for inferring GRNs, with particular emphasis on single-cell approaches. We first review key experimental techniques for detecting transcription factor binding sites, chromatin accessibility, and DNA motifs, alongside essential databases that support GRN reconstruc
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) has facilitated the studies of cellular heterogeneity in many different biological contexts, including how B cells function and mediate immune responses to infection, malignancies, and autoimmunity. scRNA-seq as applied to B cells requires specific bioinformatics strategies, which consider the distinct biology of B cells and biological processes unique to these cells, such as somatic hypermutation (SHM) and class switch recombination (CSR). We present here a protocol that analyses scRNA-seq alignments and count matrices, as well as B-cell receptor sequenc
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Epigenetic regulation provides a dynamic and reversible layer of gene control that functions independently of changes in DNA sequence, primarily mediated by DNA methylation, histone modifications, and higher-order chromatin organization. Aberrant epigenetic states contribute to a wide range of human diseases. However, conventional epigenetic therapies based on small-molecule inhibitors lack locus specificity and often cause global chromatin disturbances. The emergence of programmable epigenetic editing technologies has transformed the field by enabling targeted rewriting of chromatin states at
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования