This chapter details the methodology for generating DNA barcoded strains of Salmonella using a tri-parental conjugation. While this protocol was developed using S. typhimurium, it should remain applicable to additional Salmonella serotypes as well as other Gram-negative bacteria. The subsequently constructed library of DNA barcoded strains can be implemented, when complemented with next-generation sequencing or quantitative PCR, to quantitatively examine the impact of this pathogen on bacterial populations or transmission throughout a host.
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Whole-genome sequencing (WGS) provides high-resolution evidence for investigating bacterial transmission during outbreaks of invasive non-typhoidal Salmonella (iNTS). Here we describe a reproducible workflow for genomic tracing of transmission dynamics using short-read sequencing data. The protocol includes read quality assessment, genome assembly, reference-based single nucleotide polymorphism (SNP) calling, core-genome alignment, pairwise SNP distance analysis, phylogenetic reconstruction, and characterization of mobile genetic elements (MGEs) and antimicrobial resistance (AMR) determinants.
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
AA has several physiological functions. Its various metabolites also have many significant actions and thus participate in innumerable physiological and pathological processes. There is strong evidence to suggest that AA and its metabolites play a significant role in the pathophysiology of diabetes mellitus (DM), hypertension (HTN), and coronary heart disease. In addition, high-fat diet (HFD), high-cholesterol diet (HCD), calorie-dense foods (CDF), high-salt and low-potassium diet, low magnesium, lack of exercise, sedentary lifestyle, and aging alter the generation of AA from its dietary precu
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
AA is an important unsaturated fatty acid and serves as the precursor of several pro- and anti-inflammatory metabolites. As an important constituent of all cell membranes, it regulates the traffic of molecules from the extracellular environment into the cell and vice versa. In view of its importance, the structure and synthesis of AA are detailed in the current chapter.
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Parkinson's disease (PD) is due to degeneration of dopaminergic neurons in substantia nigra pars compacta. PD neuropathology is characterized by the presence of Lewy bodies that contain aggregated α-synuclein, which has been implicated in a range of interactions with phospholipid membranes and free fatty acids. I propose that α-synuclein interacts with arachidonic acid (AA) to regulate the function of dopaminergic neurons. α-Synuclein sequesters AA, whereas AA induces the formation of oligomers that are alpha-helical; resistant to fibril formation; more prone to disaggregation, enzymatic diges
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
AA is an important unsaturated fatty acid that has many biological actions in the body. Hence, a close look at its metabolism and functions in the body is needed. In this chapter, an outline of the metabolism and functions of AA is given.
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
One of the major issues in human health and disease is to find the basic physiology of various cellular processes and understand the root cause(s) of various diseases. It is true that various cellular processes are complex. It is estimated that in a single cell at any given point in time, a minimum of 1 trillion reactions or processes are occurring simultaneously. If this is true, it is almost mind-boggling to imagine how many processes or reactions are occurring in the whole body at a single point in time. Because it is nearly impossible to grasp all cellular or enzymatic reactions at once, r
Introductory Journal ArticleПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
AA is known to play a significant role in male fertility. AA metabolites, prostaglandins (PGs), were first discovered in the seminal fluid. It was assumed at the time of its discovery that PGs were formed by the prostate and hence were named as prostaglandins. PGs are crucial for sperm function. Lower PGE2 in the semen was found in those who are infertile. NSAIDs (nonsteroidal anti-inflammatory drugs such as ibuprofen) are known to affect male fertility, sperm function, and semen parameters. These results suggest that potential use of AA and PGE2 to enhance male fertility needs to be studied.
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Obesity and MASLD (NAFLD) are chronic, low-grade systemic inflammatory diseases resulting from complex interactions among diet, adipose tissue, gut microbiota, liver, muscle, pancreas, and the brain. Central to this integrative framework are AA and other polyunsaturated fatty acids (PUFAs), which regulate inflammation, insulin sensitivity, neuroendocrine signaling, and energy homeostasis.Excess consumption of energy-dense foods rich in saturated and trans fats leads to adipocyte hypertrophy, altered membrane fluidity, increased antigenicity, and enhanced recruitment of macrophages and T cells
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
AA is a crucial fatty acid in pregnancy, especially for the growth and development of the fetus and its central nervous system (CNS). As already discussed in the previous chapters, AA regulates inflammation, immune response, and cell signaling. AA has a modulatory action on gene expression, serves as a mechanotransducer, and regulates cell membrane fluidity. By regulating cell membrane fluidity, AA modulates the expression and binding of several receptors located on the cell membrane. Eicosanoids derived from AA have both beneficial and harmful effects on pregnancy. For instance, (i) AA metabo
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
AA is essential for several tissues in the body, as they are involved in many physiological and pathological processes. Its regulatory role in inflammation, immune response regulation, cell cycle, and membrane structural organization and its ability to control the expression and function(s) of several receptors and convey messages to and from the nucleus are of particular significance. Fine-tuning the metabolism of AA may lead to the development of prevention and management strategies for several diseases, including but not limited to sepsis, inflammatory bowel disease, diabetes mellitus, canc
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Inflammation and immune dysregulation are at the center of various diseases, including autoimmune diseases, especially rheumatoid arthritis (RA) and systemic lupus erythematosus (lupus). In general, corticosteroids, disease-modifying drugs, and monoclonal antibodies against IL-6 and TNF-α, JAK inhibitors, and various other immunomodulators are extensively used in the treatment of RA and lupus. It is known that EFA (essential fatty acid) metabolism, especially that of AA, is altered in RA and lupus. It is proposed that metabolism of AA and of other PUFAs may play a role in predicting disease pr
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Polyunsaturated fatty acids (PUFAs), especially gamma-linolenic acid (GLA), arachidonic acid (AA), eicosapentaenoic acid (EPA), and docosahexaenoic acid (DHA), can block HMG-CoA reductase activity and thus decrease cholesterol synthesis/formation. Cholesterol has antioxidant actions and thus reduces the formation of ROS (reactive oxygen species). In contrast, PUFAs augment the generation of ROS. PUFAs undergo peroxidation to form lipid peroxides that are toxic to tumor cells but not normal cells. GPX4 (glutathione peroxidase) reduces the formation of lipid peroxides and thus enhances tumor cel
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Cell-type identification is a crucial step in single-cell RNA-seq (scRNA-seq) data analysis, for which supervised methods are preferred due to their accuracy and efficiency. The quality of the reference data plays an important role in cell-type identification performance, but systematic strategies for selecting and reconstructing reference data remain limited. We present Target-Oriented Reference Construction (TORC), a widely applicable strategy for constructing reference data from available labeled cells given a target dataset. TORC alleviates the differences in data distribution and cell-typ
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Single-cell RNA sequencing (scRNA-seq), which revolutionized the field of biology, is used to analyze gene expression at the individual cell level, providing insights into cellular heterogeneity and rare cell populations that are often masked by traditional bulk RNA sequencing. The technique has been applied in entomology to define cellular heterogeneity and response to pathogens in insects. In this chapter, we describe how to perform scRNA-seq of adult Aedes aegypti midgut.
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Alterations in chromatin state, mediated through histone modifications and the incorporation of histone variants, are fundamental to establishing transcriptional networks and cell identity. Recent advances in low-input epigenome profiling methods, such as CUT&Tag and CUT&RUN, have enabled the study of chromatin states from very limited starting materials. In this chapter, we describe procedures for generating CUT&Tag libraries to profile histone modifications and histone variants in early-developing zebrafish embryos.
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
10× Visium is a widely used spatial transcriptomics platform that enables joint profiling of gene expression and the spatial locations of cells. However, the histology images generated by the 10× Visium platform often contain technical artifacts, including fiducial markers and background noise, which degrade image quality. Here, we describe how a computational method, Vispro, can be applied to process and enhance these images. The resulting high-quality images lead to improved performance across a range of downstream analyses.
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
This chapter describes a detailed molecular biology protocol for introducing specific point mutations into the chikungunya virus (CHIKV) genome using a reverse genetics strategy. The method utilizes an overlapping PCR-based approach to generate a mutated DNA fragment, which is then cloned into a pre-engineered CHIKV infectious clone plasmid. The protocol covers all major steps, from the initial PCRs to create the mutated insert to its digestion and ligation into the vector. It also includes procedures for bacterial transformation, colony screening via PCR and Sanger sequencing to confirm the m
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Human essential hypertension is driven by a network of interacting nutritional, metabolic, inflammatory, and endothelial mechanisms in which AA and other PUFAs play a critical role. Beyond excess sodium intake, population data supports the role of inadequate calcium, potassium, and magnesium intake and low antioxidant vitamin status in shaping blood pressure regulation. These nutrients influence vascular smooth muscle tone and act as cofactors that support Δ6 and Δ5 desaturase activities, thereby governing tissue availability of AA, EPA, and DHA and downstream formation of vasodilator and anti
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The human brain is rich in AA and DHA, which are crucial for normal brain growth and development and memory. They form a major structural component of neurons of the cerebral cortex and photoreceptor cells in the retina. AA and DHA support synaptic plasticity and contribute to efficient neurotransmission. Adequate amounts of AA and DHA support neuronal growth and the formation of new synapses and thus are crucial for memory and cognitive function.Depression, anxiety, schizophrenia, and other neurological diseases occur more frequently in those with coronary heart disease (CHD) and vice versa.
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.