Sugarcane (Saccharum spp.) underpins global sugar and bioenergy supply and is increasingly valued as a renewable biomass feedstock. Sustained improvement in commercial traits and resilience is constrained by long breeding cycles, clonal propagation, multi-stage testing, and a highly polyploid, heterozygous, and frequently aneuploid genome with substantial non-additive genetic variation. Genomic selection has demonstrated value for predicting elite-clone performance, yet its operational use remains limited at earlier decision points, including family selection, parent evaluation, and cross desi
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Structural variants (SVs) underlie genomic diversity and human diseases; however, current short-read sequencing-based methods experience challenges in precisely identifying and determining SV composition, which often lead to incorrect interpretation and/or missing detection of clinically significant variants. Here, we introduce SCARD (split-read, chimeric read-pairs, and read-depth difference), an integrated approach optimized for the detection and characterization of rare SVs using short-read genome sequencing data. Firstly, we evaluated rare SV (with minor allele frequency <1%) detection per
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Mycobacterium shinjukuense, a rare non-tuberculous mycobacterial species closely related to Mycobacterium tuberculosis, remains poorly characterized at the genomic level. To obtain insights into its intraspecies genomic diversity and structure variation, we performed whole-genome sequencing on 18 clinical strains of M. shinjukuense collected from Japan between 2010 and 2017. Phylogenetic analysis revealed limited overall genetic diversity, with several clonal clusters likely representing identical strains. The phylogeny exhibited a largely star-like topology with few single nucleotide variatio
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Structural variants (SVs) are genomic rearrangements of 50 bp or more and contribute substantially to human genetic disorders. They are often incompletely resolved using cytogenetic and short-read sequencing approaches. Emerging technologies such as long-read sequencing (LRS) and optical genome mapping (OGM) provide complementary advantages for SV detection. This study aimed to evaluate the combined utility of OGM and LRS for the precise delineation of clinically relevant chromosomal rearrangements.
METHODS: Five patients with suspected chromosomal abnormalities were investigated
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Sparganum proliferum is an enigmatic, highly proliferative cestode that causes fatal sparganosis. We present a 681 Mb chromosome-level genome assembled from Oxford Nanopore, PacBio HiFi, Illumina, and Hi-C data, yielding nine chromosome-length scaffolds consistent with 2n = 18. The assembly exhibits strong intra-chromosomal Hi-C contact signals and a repeat content of 55.8%, dominated by LINEs. We annotated 29 231 protein-coding genes, including 6316 transposable element-associated loci, with BUSCO completeness scores of 91% (eukaryota_odb10) and 73% (metazoa_odb10). Macrosynteny is well conse
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Ticks are obligate blood-feeding parasites associated with a huge diversity of diseases globally. The hard tick Ixodes ricinus is the key vector of Lyme borreliosis and tick-borne encephalitis in Western Eurasia. Ixodes ticks have large and repetitive genomes that are not yet well characterized.
RESULTS: Here we generate two high-quality I. ricinus genome assemblies, with haploid genome assembly sizes of approximately 2.15 Gbp. We find transposable elements comprise at least 69% of the two I. ricinus genome assemblies, amongst the highest proportions found in animals. The transpos
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Recurrence of methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) bacteremia is a high risk complication for patients. Distinguishing persistent lineages from new infections is not standardized across clinical studies.
METHODS: We investigated factors contributing to recurrence of MRSA bacteremia among subjects in Philadelphia, Pennsylvania. Subject demographics and clinical history were collected and paired with whole-genome sequences of infection isolates. Recurrent bacteremia episodes were recorded and defined as relapse infections (same lineage) or new infections by genomic cri
СтатьяПрепринтПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Klebsiella pneumoniae is an important cause of nosocomial infections and community-acquired pneumonia. However, the evolutionary … hole genome sequencing (WGS) using high-throughput sequencing technologies, followed by comparative genomics and phylogenetic analysis.
RESULTS: Antimicrobial susceptibility testing revealed that the 6 MDR-KP strains exhibited a resistance rate of 59% to 21 commonly used antibiotics, with seven antibiotics showing a resistance rate of 100%. The sequencing …
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The recent emergence of new HIV-1 recombinant strains presents a new challenge to the control of HIV-1/AIDS and the development of an effective vaccine. We employed a near full-length genomic sequence analysis of a newly identified CRF85_BC recombinant strain in Ningxia, China, to determine its recombination pattern. Blood samples were collected from HIV-infected or AIDS patients in Ningxia in 2023. CRF85_BC subtype strains were detected from three samples using an in-house method, and one sample's near full-length genome sequence was also obtained. MEGA11, jpHMM, and Simplot software were use
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Multidrug-resistant (MDR) and Methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) are major opportunistic pathogens, particularly in healthcare settings. Despite the importance of such strains as a priority nosocomial pathogen, genomic data on Bangladeshi isolates remain limited. This study presents whole genome sequence (WGS) analysis of three MDR-MRSA strains (SA-18, SA-36, and SA-41) isolated from wound-infected patients in a tertiary care hospital in Bangladesh. Multi-locus sequence typing (MLST) identified SA-18 and SA-36 as sequence type ST6, and SA-41 as ST1930. All isolates carried the
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
OBJECTIVES: Genome-wide sequencing (GWS) is now used across the breadth of pediatric research. There is a greater potential to identify unexpected, clinically relevant findings with GWS than with the targeted genetic techniques used in prior decades. Individual research teams may not have the expertise to evaluate and manage these findings. The Hospital for Sick Children (SickKids) Genome Board is a no-cost consultation service for researchers with questions arising from genetic aspects of their studies.
METHODS: We reviewed all submissions to and recommendations from the Genome Board over th
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Irpex lacteus is a fungus typically found on angiosperm branches and trunks. Here, we report the isolation of a novel strain of I. lacteus from the cervix uteri of a female patient diagnosed with endometriosis and COVID-19 at Beijing Obstetrics and Gynecology Hospital, Capital Medical University. Using whole-genome sequencing, we generated a high-quality draft genome for this human-derived strain. Comparative genomic analysis revealed significant variations amongst I. lacteus strains colonizing distinct environments. Functional annotations indicated that environmental adaptation has influenced
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Anestrus, an infertility condition that affects several animal' species, is characterized by failing to display estrus. In pig production, it leads to the culling of 5 to 15% of the replacement gilts, resulting in significant losses impairing the swine female longevity. Despite that, little is known about the genetic mechanisms involved with anestrus in pigs. Hence, this study evaluated cyclic and non-cyclic F1 Landrace × Large White gilts to identify genomic regions associated with failure to display pubertal estrus through a genome-wide association study (GWAS), highlighting possible candida
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The soft tick family Argasidae contains vectors of medical and veterinary importance, but few molecular resources are available compared to hard ticks (Ixodidae). One example is Ornithodoros turicata, a recognized vector of Borrelia turicatae, causal agent of human relapsing fever, and a putative vector of African swine fever virus. To address the current lack of molecular resources for the Argasidae, we generated a chromosome-level genome assembly for O. turicata using PacBio sequencing in conjunction with an Illumina Hi-C library. The resulting reference genome has a total of 1.1 Gb in lengt
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Diseases caused by Capripoxviruses (CaPVs) are of great economic importance in sheep, goats, and cattle. Since CaPV strains are serologically indistinguishable and genetically highly homologous, typing of closely related strains can only be achieved by whole-genome sequencing. In this chapter, we describe a robust, cost-effective, and widely applicable protocol for reconstructing (nearly) complete CaPV genomes directly from clinical samples or commercial vaccine batches in less than a week. Taking advantage of the genetic similarity of CaPVs, a set of pan-CaPVs long-range PCRs was developed th
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Pristionchus pacificus is a free-living nematode that shares many features with Caenorhabditis elegans, such as its short generation time and hermaphroditism, but also exhibits novel traits, i.e., a mouth-form dimorphism that enables predation. The availability of various genetic tools and genomic resources make it a powerful model organism for comparative studies. Here, we present an updated genome of the P. pacificus strain PS1843 (Washington) that is most widely used for genetic analysis. Assembly of PacBio reads together with reference-guided scaffolding resulted in a chromosome-scale geno
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: The highly eusocial stingless bees are crucial pollinators of native and agricultural ecosystems. Nevertheless, genomic studies … .5% complete BUSCOs). Comparative analyses shed light on some evolutionary aspects of stingless bee genomics, including multiple chromosomal rearrangements in Melipona. Additionally, we explored the evolution of venom genes in M. bicolor and other stingless bees, revealing that, apart from two genes, the conserved repertoire of venom components remains und …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
AIMS: Our aim is to characterize through whole-genome sequencing (WGS) the antimicrobial resistance (AMR) and heavy metal tolerance (HMT) genes content, plasmid presence, virulence potential and genomic diversity of the rare non-typhoid Salmonella enterica serovar Orion (S. Orion) from 19 countries of the African, American, Eastern Mediterranean, European, Southeastern Asia and Western Pacific regions.
METHODS AND RESULTS: Totally 324 S. Orion genomes were screened for AMR, HMT and virulence genes, plasmids and Salmonella Pathogenicity Islands (SPIs). Genomic diversity was investigated using
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Persistent DNA double-strand breaks (DSBs) in neurons are an early pathological hallmark of neurodegenerative diseases including Alzheimer's disease (AD), with the potential to disrupt genome integrity. We used single-nucleus RNA-seq in human postmortem prefrontal cortex samples and found that excitatory neurons in AD were enriched for somatic mosaic gene fusions. Gene fusions were particularly enriched in excitatory neurons with DNA damage repair and senescence gene signatures. In addition, somatic genome structural variations and gene fusions were enriched in neurons burdened with DSBs in th
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Desmodium styracifolium is a medicinal plant from the Desmodieae tribe, also known as Grona styracifolia. Its role in the treatment of urolithiasis, urinary infections, and cholelithiasis has previously been widely documented. The complete chloroplast genome sequence of D. Styracifolium is 149,155 bp in length with a GC content of 35.2%. It is composed of a large single copy (LSC) of 82,476 bp and a small single copy (SSC) of 18,439 bp, which are separated by a pair of inverted repeats (IR) of 24,120 bp each and has 128 genes. We performed a comparative analysis of the D. styracifolium cpDNA w
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования