Enhancers control tissue-specific gene expression across animals1. Although deep learning2,3 has enabled enhancer prediction and design in mammalian cell lines and non-mammalian model organisms4-10 (reviewed in a previous publication11), it remains unclear whether such approaches can operate within the regulatory complexity of mammalian genomes and tissues in vivo. Here we present a general strategy for designing tissue-specific enhancers that function reliably in mice. We use deep learning to train compact convolutional neural networks on curated chromatin accessibility data and fine-tune the
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Within the recent years, RNA interference (RNAi) has become an almost-standard method for in vitro knockdown of any target gene of interest. Now, one major focus is to further explore its potential in vivo, including the development of novel therapeutic strategies. From the mechanism, it becomes clear that small interfering RNAs (siRNAs) play a pivotal role in triggering RNAi. Thus, the efficient delivery of target gene-specific siRNAs is one major challenge in the establishment of therapeutic RNAi. Here we show that in vivo application of targeted nonvirally delivered synthetic bcr-abl siRNA
Клинический случайСтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Autophagy is a conserved pathway where cytoplasmic contents are engulfed by autophagosomes, which then fuse with lysosomes enabling their degradation. Mutations in core autophagy genes cause neurological conditions, and autophagy defects are seen in neurodegenerative diseases such as Parkinson's disease and Huntington's disease. Thus, we have sought to understand the cellular pathway perturbations that autophagy-perturbed cells are vulnerable to by seeking negative genetic interactions such as synthetic lethality in autophagy-null human cells using available data from yeast screens. These reve
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The retinoid cycle enzymes regenerate the visual chromophore 11-cis retinal to enable vision. Mutations in the genes encoding the proteins of the retinoid cycle are the leading cause for recessively inherited retinal dystrophies such as retinitis pigmentosa, Leber congenital amaurosis, congenital cone-rod dystrophy and fundus albipunctatus. Currently there is no treatment for these blinding diseases. In previous studies we demonstrated that oral treatment with the 9-cis-β-carotene rich Dunaliella Bardawil algae powder significantly improved visual and retinal functions in patients with retinit
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
V(D)J recombination, which joins V, D, and J genes across immunoglobulin loci, is essential for antibody diversity. To unlock the inherent constraints of V(D)J recombination, we systematically designed, assembled, and shuffled a synthetic human immunoglobulin heavy chain locus (SynIgh). SynIgh was designed de novo, incorporating 60 VH, 31 D, and 13 JH from global populations, along with 63 synthetic rearrangement sites, endowing it with modularity, extensibility, and dynamicity. We then synthesized the repetitive SynIgh sequence with a stabilizer. Using this construct, we generated a SynIgh mo
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Antimicrobial peptides (AMPs) have potential antifungal activities; however, their intracellular protein targets are poorly reported. Proteome microarray is an effective tool with high-throughput and rapid platform that systematically identifies the protein targets. In this study, we have used yeast proteome microarrays for systematical identification of the yeast protein targets of Lactoferricin B (Lfcin B) and Histatin-5. A total of 140 and 137 protein targets were identified from the triplicate yeast proteome microarray assays for Lfcin B and Histatin-5, respectively. The Gene Ontology (GO)
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Klebsiella pneumoniae (Kp) is a leading cause of bacterial nosocomial infections. The rapid emergence of multidrug-resistant (MDR) Kp strains poses a significant global health threat, challenging current antibiotic-based therapies. While bacteriophage therapy offers a promising alternative, its effectiveness is often limited by the narrow host ranges of natural phages and the rapid emergence of phage resistance. Synthetic phages, with their diverse and customizable genomes, have the potential to overcome these limitations. In this study, we engineered synthetic bacteriophage variants using two
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Organ transplantation is now the treatment of choice for end stage organ failure. The ultimate goal in transplantation remains the development of strategies to induce specific tolerance to the allograft. The major histocompatibility complex (MHC) antigens are the principal targets of the immune response to allografts and T cell recognition of allo-MHC is the initial event which initiates allograft rejection. The availability of sequences of MHC genes in mice, rats and humans has made it possible to prepare synthetic peptides for the study of the role of MHC peptides in allorecognition and tole
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка службы здравоохранения СШАОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The challenges associated with the escalating global population and climate change in crop production and food security are substantial. This underscores the necessity for improvements in crop nutrition, yield, and resilience to environmental stresses. Plant metabolic pathways directly influence growth, nutrient accumulation, and stress responses, rendering them prime targets for crop enhancement. Advances in plant synthetic biology and gene editing are facilitating more precise modifications of genes, regulatory elements, and metabolic pathways. This review highlights the primary technologies
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Chronic Pseudomonas aeruginosa lung infections are a feature of cystic fibrosis (CF) that many patients experience even with the advent of highly effective modulator therapies. Identifying factors that impact P. aeruginosa in the CF lung could yield novel strategies to eradicate infection or otherwise improve outcomes. To complement published P. aeruginosa studies using laboratory models or RNA isolated from sputum, we analyzed transcripts of strain PAO1 after incubation in sputum from different CF donors prior to RNA extraction. We compared PAO1 gene expression in this "spike-in" sputum model
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка NIH: внешняя программаResearch Support, N.I.H., IntramuralПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Penicillin biosynthesis by Penicillium chrysogenum is one of the best-characterized biological processes from the genetic, molecular, biochemical, and subcellular points of view. Several omics studies have been carried out in this filamentous fungus during the last decade, which have contributed to gathering a deep knowledge about the molecular mechanisms underlying improved productivity in industrial strains. The information provided by these studies is extremely useful for enhancing the production of penicillin or other bioactive secondary metabolites by means of Biotechnology or Synthetic B
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Norgestrel (NGT), a synthetic progestin, is frequently detected in aquatic environments and known to disrupt fish endocrine systems. In this study, zebrafish embryos were exposed to low NGT concentrations (9 and 66 ng/L) for 90 days post-fertilization (dpf), covering embryonic-juvenile (0-30 dpf) and juvenile-adult stages (31-90 dpf, with/without continuous exposure to NGT). Body length, weight, hormone levels of whole fish, and gene expression related to sex differentiation, hypothalamic-pituitary-gonadal (HPG) and hypothalamic-pituitary-thyroid (HPT) axes were analyzed. The results showed th
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Using gene-specific synthetic oligonucleotides the expression and regulation of kallikrein-like genes in the human prostatic cancer cell line LNCaP were studied. Prostate-specific antigen (PSA) and human glandular kallikrein (hGK-1) together constitute a subfamily of serine proteases exclusively produced in the human prostate. RNA analysis revealed that both genes are expressed in LNCaP cells with PSA basal levels being 2-fold higher than hGK-1 levels. Both mRNAs are induced over a period of 24 h in the presence of 3.3 nM of the synthetic androgen mibolerone. Stimulation of PSA RNA is about 5-
Сравнительное исследованиеСтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Carotenoids are a large class of structures that are important in human health and include both provitamin A and nonprovitamin A compounds. Vitamin A deficiency is a global health problem that can be alleviated by enriching provitamin A carotenoids in a range of food crops. Suitable plants for biofortification are those with high levels of the provitamin A biosynthetic precursor, lycopene, which is enzymatically converted by lycopene β-cyclase (LCYB) to β-carotene, a provitamin A carotenoid. Crops, such as citrus, naturally accumulate high levels of provitamin A and other health-promoting caro
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
In recent years, there has been an increase in the number of reported cases of Mycobacterium microti infection in various animals, which can interfere with the ante-mortem diagnosis of animal tuberculosis caused by Mycobacterium bovis. In this study, whole genome sequencing (WGS) was used to search for protein-coding genes to distinguish M. microti from M. bovis. In addition, the population structure of the available M. microti genomic WGS datasets is described, including three novel Belgian isolates from infections in alpacas. Candidate genes were identified by examining the presence of the r
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The escalating climate crisis underscores the urgent need for sustainable development, with CO2 utilization emerging as a pivotal approach to mitigating greenhouse gas emissions. Among various technological approaches, metabolic engineering of microorganisms for CO2 utilization offers significant potential. This review covers the engineering of endogenous CO2 fixation pathways, the construction of novel synthetic pathways, and strategies to optimize metabolic flux, enhance cofactor availability, and manipulate regulatory genes to improve CO2 assimilation efficiency. It also explores the roles
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
In 2016, researchers at the J. Craig Venter Institute produced JCVI-Syn3.0, a derivative of Mycoplasma mycoides subsp. capri Large Colony strain GM12 with a re-engineered, minimized genome. The minimal synthetic genome of 532 kbp encodes 473 genes, selected from ∼910 parent genes on the basis of their indispensability, that is, a lethal phenotype caused by a knockout of each such gene. Among these genes, 438 genes encode proteins, of which ∼150 were not assigned a molecular function or predicted cellular role. A decade later, despite community annotation efforts, 50-60 of these putative protei
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
A proof-of-concept reversible genetic logic circuit in tobacco plants is presented. The genetic circuit implements a Boolean NOR function using a Cas6-based translational repression system, with exposure to estradiol and ethanol as inputs, and expression of GFP as the output. Expressed in the presence of the inducers, two Cas6 proteins are used to selectively prevent the translation of GFP. The circuit yields a 40-90% reduction in GFP expression in the presence of the inducers. A mathematical model of the circuit's mechanism of action is proposed and validated using experimentally acquired dat
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Pathogenic meningococci have acquired a 24 kb capsule synthesis island (cps) by horizontal gene transfer which consists of a synthetic locus and associated capsule transport genes flanked by repetitive Regions D and D'. Regions D and D' contain an intact gene encoding a UDP-galactose epimerase (galE1) and a truncated remnant (galE2), respectively. In this study, GalE protein alleles were shown to be either mono-functional, synthesising UDP-galactose (UDP-Gal), or bi-functional, synthesising UDP-Gal and UDP-galactosamine (UDP-GalNAc). Meningococci possessing a capsule null locus (cnl) typically
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Bacillus methanolicus, a unique plasmid-dependent and thermophilic methylotroph, is an ideal chassis for one-carbon (C1) biomanufacturing. Despite its evolutionary uniqueness and industrial promise, the synthetic biology toolkit remains limited in comparison to that of conventional model microorganisms. Here, we present a comprehensive toolkit comprising a high-efficiency electroporation protocol, a CRISPR-Cas9 method enabling robust and multiplex genome editing, diverse neutral loci for gene integration, and a cloud-based genome-scale metabolic model iBM822 for user-friendly biodesign. Levera
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования