BACKGROUND: Viruses are typically characterized by high mutation rates, which allow them to quickly develop drug-resistant mutations. Mining relevant rules from mutation data can be extremely useful to understand the virus adaptation mechanism and to design drugs that effectively counter potentially resistant mutants.
RESULTS: We propose a simple statistical relational learning approach for mutant prediction where the input consists of mutation data with drug-resistance information, either as sets of mutations conferring resistance to a certain drug, or as sets of mutants with information on
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
As information regarding microarray data sets and toxicogenomic biomarkers grows rapidly, the process of analyzing data and interpreting the results is increasingly complicated. To facilitate data analysis, a simple expression ratio-based scoring method called the TGP1 score was previously proposed [Kiyosawa, N., Shiwaku, K., Hirode, M., Omura, K., Uehara, T., Shimizu, T., Mizukawa, Y., Miyagishima, T., Ono, A., Nagao, T., Urushidani, T., 2006. Utilization of a one-dimensional score for surveying chemical-induced changes in expression levels of multiple biomarker gene sets using a large-scale
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
We compare the frequency distribution of gene family sizes in the complete genomes of six bacteria (Escherichia coli, Haemophilus influenzae, Helicobacter pylori, Mycoplasma genitalium, Mycoplasma pneumoniae, and Synechocystis sp. PCC6803), two Archaea (Methanococcus jannaschii and Methanobacterium thermoautotrophicum), one eukaryote (Saccharomyces cerevisiae), the vaccinia virus, and the bacteriophage T4. The sizes of the gene families versus their frequencies show power-law distributions that tend to become flatter (have a larger exponent) as the number of genes in the genome increases. Powe
Сравнительное исследованиеСтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Three topics affecting cobalamin, folate, and homocysteine that have generated interest, activity, and advances in recent years are discussed. These are: (I). the application of an expanded variety of tools to the diagnosis of cobalamin deficiency, and how these affect and are affected by our current understanding of deficiency; (II). the nature of the interaction between homocysteine and vascular disease, and how the relationship is affected by vitamins; and (III). the improved understanding of relevant genetic disorders and common genetic polymorphisms, and how these interact with environmen
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) has been widely applied to discover new cell types by detecting sub-populations in a heterogeneous group of cells. Since scRNA-seq experiments have lower read coverage/tag counts and introduce more technical biases compared to bulk RNA-seq experiments, the limited number of sampled cells combined with the experimental biases and other dataset specific variations presents a challenge to cross-dataset analysis and discovery of relevant biological variations across multiple cell populations. In this paper, we introduce a method of variance-driven multitask c
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Despite a trend towards universal testing, best practice to screen patients presenting with gynaecological malignancy for Lynch syndrome (LS) is uncertain. We report our institutional experience of a co-ordinated gynaecological LS screening program. All patients with endometrial carcinoma or carcinosarcoma, or gynaecological endometrioid or clear cell carcinomas undergo reflex four panel immunohistochemistry (IHC) for MLH1, PMS2, MSH2 and MSH6 followed by cascade somatic hypermethylation analysis of the MLH1 promoter locus for dual MLH1/PMS2 negative tumours. On the basis of these results, gen
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Alzheimer's disease (AD) is a genetically complex and heterogeneous disorder. To date four genes have been established to either cause early-onset autosomal-dominant AD (APP, PSEN1, and PSEN2(1-4)) or to increase susceptibility for late-onset AD (APOE5). However, the heritability of late-onset AD is as high as 80%, (6) and much of the phenotypic variance remains unexplained to date. We performed a genome-wide association (GWA) analysis using 484,522 single-nucleotide polymorphisms (SNPs) on a large (1,376 samples from 410 families) sample of AD families of self-reported European descent. We id
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
This study was undertaken with the hypothesis that certain common morphologic features of ovarian carcinomas are predictably associated with BRCA1 and BRCA2 deficiencies. We selected 43 high-grade serous carcinomas diagnosed at Memorial Sloan-Kettering Cancer Center that were studied as part of The Cancer Genome Atlas pilot project. In addition to 12 randomly selected nonfamilial BRCA-unassociated cases, all 31 Memorial Sloan-Kettering Cancer Center cases with BRCA1 or BRCA2 abnormality were included (n=43). Slides were examined to assess tumor architecture, mitotic index, tumor-infiltrating l
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
CONTEXT: Identifying families at high risk for the Lynch syndrome (ie, hereditary nonpolyposis colorectal cancer) is critical for both genetic counseling and cancer prevention. Current clinical guidelines are effective but limited by applicability and cost.
OBJECTIVE: To develop and validate a genetic counseling and risk prediction tool that estimates the probability of carrying a deleterious mutation in mismatch repair genes MLH1, MSH2, or MSH6 and the probability of developing colorectal or endometrial cancer.
DESIGN, SETTING, AND PATIENTS: External validation of the MMRpro model was condu
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАВалидационное исследованиеПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Rapid advances in cancer genetics and genomics, pathophysiology, diagnostics, and therapeutics have substantially increased the complexity of clinical oncology. Integrating large and diverse data streams into timely, patient-specific decisions provides a compelling rationale for incorporating artificial intelligence (AI) into cancer care. Generative artificial intelligence (GenAI) encompasses several classes of models capable of generating new content. This clinically focused review concentrates on GenAI applications based primarily on large language models (LLMs) and vision-language models (V
СтатьяОбзорПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Neuroimmune mechanisms are central to Alzheimer's disease (AD), but a single continuum of "more inflammation" does not explain why similar amyloid-β (Aβ) and tau burdens are associated with different clinical trajectories, tissue responses, and treatment risks. We present a testable neuroimmune-state framework that integrates, rather than replaces, the AT(N) system, cellular-phase models, and transcriptional descriptions of disease-associated microglia and reactive astrocytes. The framework treats neuroimmune states as multidimensional, regionally heterogeneous configurations defined by pathol
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Background: Homologous recombination deficiency (HRD) is emerging as a clinically relevant biomarker across diverse tumor types, in addition to ovarian cancer. In this study, we evaluated the genomic instability score (GIS) across multiple tumor types using the TruSight Oncology 500 HRD assay, which incorporates the Myriad Genetics GIS algorithm, a widely used reference standard for HRD assessment. Methods: A total of 162 tumor samples (17 ovarian cancers and 145 non-ovarian tumors) underwent next-generation sequencing using the TruSight Oncology 500 HRD assay. Results: A total of 14 tumors we
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
This study presents a mechanism-driven analysis of spanwise folding kinematics in bird-inspired ornithopters, in which the folding motion is generated by a planar crank-rocker mechanism augmented with a folding loop. A closed-form position analysis of the linkage yields an analytical expression for the folding phase angleas a function of the flapping-loop link lengths alone, and a two-stage genetic-algorithm optimization identifies the linkage geometry that minimizesfor prescribed inner-wing kinematic targets. An in-house integrated simulation framework, which couples a modified unsteady vorte
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Motivated by the growing imperative for greener and more sustainable machining practices, this investigation evaluates the potential of eco-benign lubricants to mitigate frictional interactions at the tool–workpiece interface. Particular attention is directed toward nanofluids derived from vegetable oils, which are examined as viable and environmentally responsible substitutes for conventional metalworking fluids. In the present study, coconut oil was systematically enhanced by dispersing alumina and silica nanoparticles in the range of 0–1.4%, after which the prepared nanofluid samples were t
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Tandem repeats (TRs) are genomic regions consisting of consecutively repeated units with variable copy numbers and possible mutations. They are used in DNA fingerprinting and have been implicated in complex traits and genetic disorders, including neurodegenerative and developmental diseases. The vast and expanding number of TR loci in the human genome underscores the need for fast and scalable tools for accurate genotyping and visualization. An accurate tool for characterizing these variants is essential for understanding their functional impacts and associations with phenotypes. We developed
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
While shotgun metagenomics is often used to profile antibiotic resistome in gut microbial communities, few studies have investigated if the choice of sequencing platform and assembly strategy affect what mobile genetic elements and antimicrobial resistance genes are recovered. In this study, we compared three platforms (Illumina, Oxford Nanopore, and PacBio HiFi) and seven assembly strategies on gut metagenomes from cattle, pig, and human as case studies. Long-read assemblies recovered 5- to 7-fold more plasmid sequence than Illumina in cattle and pig (mean 17.0 Mb vs. 3.1 Mb), while Illumina
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Urban landscape planning faces growing complexity that demands more effective tools for element recognition and spatial layout optimization. This paper presents an automated framework integrating image segmentation and object detection to streamline the identification and design of landscape elements. We develop a multi-scale feature fusion segmentation network with domain-adapted attention modules and a boundary-aware loss, achieving 81.2% mean Intersection over Union (mIoU), a gain of + 5.4% over the DeepLab v3 + baseline. A dual-branch architecture that jointly performs object detection and
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
This study addresses the inverse design of carbon fibre-reinforced polymer laminated plates with prescribed natural frequencies. The problem is difficult because stacking sequences are discrete, the design space is large, and multiple layups may produce nearly identical frequency spectra. This study does not seek to introduce a new tandem-network architecture. Rather, it adapts the established tandem inverse-design strategy to the discrete and non-unique vibration design of carbon fibre-reinforced polymer laminated plates. In the proposed framework, a trainable inverse network is coupled to a
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Machine learning (ML)-assisted Raman spectroscopy has become a powerful analytical tool for the classification and identification of analytes; however, technical challenges impacting its detection accuracy have not been thoroughly investigated. This study explores experimental factors affecting classification performance. Among the evaluated ML models, ML algorithms show minimal impact on classification accuracy. Instead, experimental factors, including spectral similarity between tested samples and data quality, dominate detection performance. Increases in spectral noise and spectral similari
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Sepsis poses a significant global health burden, and ICU patients are disproportionately exposed to di(2-ethylhexyl) phthalate (DEHP), an immunotoxic plasticizer that leaches from PVC medical devices; however, whether this exposure causally influences sepsis outcomes remains unclear. To investigate this relationship, we conducted a prospective cohort study comparing 90 ICU sepsis patients with 50 controls, quantifying urinary DEHP metabolites using LC-MS/MS. Sepsis patients demonstrated significantly elevated DEHP metabolite levels (p < 0.001), and high exposure (≥341.58 μg/g creatinine) was i
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования