BACKGROUND: Heterogeneous vancomycin-intermediate Staphylococcus aureus (hVISA) compromise the clinical efficacy of vancomycin. The hVISA isolates spontaneously produce vancomycin-intermediate Staphylococcus aureus (VISA) cells generated by diverse and intriguing mechanisms.
OBJECTIVE: To characterize the biomolecular profile of clinical hVISA applying genomic, transcriptomic and metabolomic approaches.
METHODS: 39 hVISA and 305 VSSA and their genomes were included. Core genome-based Bayesian phylogenetic reconstructions were built and alterations in predicted proteins in VISA/hVISA were int
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Antibiotic resistance and hospital acquired infections are on the rise worldwide. Vancomycin-resistant enterococci have been reported in clinical settings in recent decades. In this multiomics study, we provide comprehensive proteomic and transcriptomic analyses of a vancomycin-resistant Enterococcus faecalis clinical isolate from a patient with a urinary tract infection. The previous genotypic profile of the strain C2620 indicated the presence of antibiotic resistance genes characteristic of the vanB cluster. To further investigate the transcriptome of this pathogenic strain, we used whole ge…
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
A robust cell factory that can tolerate combined inhibitory lignocellulosic compounds is essential for the cost-effective lignocellulose-based production of second-generation bioethanol and other bulk chemicals. Following high-throughput phenotyping of a yeast genomic overexpression library, we identified a Saccharomyces cerevisiae mutant (denoted AFb.01) with improved growth and fermentation performance under combined toxicity of acetic acid and furfural. AFb.01 carries overexpression of TRX1, which encodes for thioredoxin, a cellular redox machinery. Through comparative proteomics and metabo
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Nonhistone acetylation is a key epigenetic mechanism in osteoarthritis (OA), but its specific role in cartilage degeneration remains unclear. Here, we integrated transcriptomics, proteomics, and acetyl-proteomics to systematically analyze molecular changes in rat OA cartilage. Multiomics coenrichment identified the ECM-receptor interaction pathway as the core target, reprogrammed by increased acetylation of Fn1, Tnc, and Itgb1. Using 113 machine-learning strategies, we identified 11 core diagnostic genes, with Wisp3 showing the highest efficacy validated in independent data sets. In vitro expe…
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Lineage plasticity and tumor heterogeneity limit the effectiveness of targeted therapies, yet the functional dependencies used to nominate therapeutic targets are often derived from homogeneous systems that fail to capture this complexity. Here, we establish a framework to resolve state-specific genetic vulnerabilities by integrating single-cell multiomics (RNA and ATAC) with pooled CRISPR-Cas9 screening across a large panel of patient-derived organoids (PDOs) from castrate-resistant prostate cancer (CRPC) and neuroendocrine prostate cancer (NEPC). We generate a single-cell multiome atlas span…
СтатьяПрепринтПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Mounting evidence suggests that per- and polyfluoroalkyl substances (PFASs), are key drivers of glycometabolism disorders. However, the extent to which this association persists in the elderly population, as well as the underlying mechanisms involved, remains insufficiently characterized. This study aimed to comprehensively investigate associations between PFASs exposure and glycometabolic markers in the healthy elderly using integrated multiomics approach, elucidating underlying biological mechanisms. A panel study was conducted among 76 healthy elderly aged 60-69 years living in Jinan City, …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Diffuse large B-cell lymphoma (DLBCL) is characterized by profound heterogeneity that underpins varied clinical outcomes. To decipher this complexity, we performed an integrated single-cell and genomic analysis. Using scRNA-seq data (GSE182434), we identified six distinct malignant B-cell subclusters (MB1-MB6) within the DLBCL ecosystem. Cell-cell communication analysis revealed intricate interaction networks, particularly involving the MIF and Complement pathways. Prognostic analysis of bulk transcriptomic data (GSE32918) identified the MB5-related gene signature as the most critical factor a
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Artificial intelligence (AI) can offer individualized dietary guidance based on multimodal data collected from various sources, including wearable sensors, high-dimensional multiomics and biomarker analyses, behavioral tracking, and self-reported dietary intake, enabling the emergence of precision nutrition. However, the predictive power and fairness of these models rely on the quality of the data inputs, and measurement errors in any of these underlying data streams can introduce systematic bias, degrade model performance, and disproportionately affect underserved populations. In this review,…
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Micro- (M-BC) and nanobiochar (N-BC) particles exhibit strong environmental mobility and superior adsorption capacity for heavy metals. This raises concerns regarding their ecological risks to aquatic ecosystems. However, systematic studies on the toxicity of contaminant-laden M-BC and N-BC to aquatic biota remain scarce. Here, we prepared the cadmium (Cd(II))-loaded complexes (M-BC-Cd and N-BC-Cd), identified the acute toxicity of M-BC-Cd and N-BC-Cd on zooplankton Daphnia magna, and emphasized the response in D. magna induced by N-BC and N-BC-Cd. The results indicated that N-BC alone induced
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Treatment with curcumin following gas explosion-induced traumatic brain injury (TBI) can mitigate inflammatory brain damage; however, the un … dings of therapeutic relevance to the central nervous system, and address modes of action including multiomics, systems biology, quantitative measurements biomarkers, histopathology, etc. So, we think it is appropriate for this journal.
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
This review discusses the implications of frameworks leveraging genetic admixture and multiomics data for advancing gene discovery in cardiovascular and kidney disease research. By broadening gene discovery efforts to additional populations that have a disproportionately high risk of disease and leveraging genetic diversity in admixed populations, studies can identify population-enriched risk variants that traditionally have been missed in genome-wide association studies. The use of multiomics approaches, including the transcriptome, proteome, and metabolome, advances a mechanistic understandi…
ОбзорLectureПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
OBJECTIVE: The leaves of Malus hupehensis (MH) are a medicinal and edible TCM with good liver protection, although its underlying mechanism remains unclear. In this study, a network pharmacology-integrated multiomics method was used to explore the hepatoprotective mechanism of MH.
METHODS: The in vivo and in vitro components of MH were identified using ultra-performance liquid chromatography coupled with Q Exactive Orbitrap mass spectrometry (UPLC-Q Exactive Orbitrap-MS), and the targets and related pathways through which MH inhibits acute liver injury (ALI) were predicted by network pharmaco…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Chronic renal failure (CRF) is a major risk factor for acute myocardial infarction (AMI) progression and poor outcomes, but the molecular, m … enine and decreased glucose, were also identified and correlated with altered taxa. This integrated multiomics analysis identified candidate immune-related genes, microbiota features, and serum metabolites associated with AMI combined with CRF, providing preliminary evidence for future validation.
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Single-cell nucleosome, methylome, and transcriptome (scNMT) sequencing is a recently developed method that allows multiomics profiling of single cells. In this scNMT protocol, we describe profiling of cells from mouse brain and pancreatic organoids, using liquid handling platforms to increase throughput from 96-well to 384-well plate format. Our approach miniaturizes reaction volumes and incorporates the latest Smart-seq3 protocol to obtain higher numbers of detected genes and genomic DNA (gDNA) CpGs per cell. We outline normalization steps to optimally distribute per-cell sequencing depth. F…
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Phosphate (Pi) allocation during the grain-filling stage is a major determinant of crop yield, supporting macromolecule synthesis, energy me … rdinating the balance of Pi, sugar, starch and phytate, along with other metabolites. Network-based multiomics integration further identified 126 genes involved in nutrient storage and stress tolerance, with myo-inositol-1-phosphate synthase (OsMIPS1) and starch synthase 3 (OsSSIII) as key genes. CRISPR/Cas9-generated osphr3 knockout lines confirmed the crit …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Single-cell multiomics provides critical insights into how disease-associated variants identified through genome-wide association studies (GWASs) influence transcription factor eRegulons within a specific cellular context; however, the regulatory roles of genetic variants in aging and disease remain unclear. Here, we present scMORE, a method that integrates single-cell transcriptomes and chromatin accessibility with GWAS summary statistics to identify cell-type-specific eRegulons associated with diseases. scMORE effectively captures trait-relevant cellular features and demonstrates robust perf…
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
People living with human immunodeficiency virus (HIV) (PLWH) might have an increased risk of developing coronavirus disease 2019 (COVID-19); however, the impact of their gut microbiota and metabolites on the progress of COVID-19 is unknown. Herein, we analyzed the temporal changes in the gut microbiota composition and metabolites of PLWH at baseline and during severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) infection. We analyzed the gut microbiota and metabolites by integrating 16 S rRNA gene sequencing and liquid chromatography-mass spectrometry untargeted metabolomics of 36 PLW
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Vitiligo is a complex autoimmune disease characterized by the loss of melanocytes, leading to skin depigmentation. Despite advances in understanding its genetic and molecular basis, the precise mechanisms driving vitiligo remain elusive. Integrating multiple layers of omics data can provide a comprehensive view of disease pathogenesis and identify potential therapeutic targets. The study aims to delineate the genetic and molecular mechanisms of vitiligo pathogenesis using an integrative multiomics strategy. We focus on exploring the regulatory influence of the JAK/STAT pathway on Cathepsin S, …
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: The dried root of Gongronemopsis tenacissima (Roxb.) S. Reuss, Liede & Meve, traditionally known as Dai-Bai-Jie, is a medicinal plant used by the Dai ethnic group, primarily for detoxification. Due to extensive use, wild resources have become increasingly scarce, prompting domestication efforts in China. However, the accumulation patterns of secondary metabolites-particularly flavonoids, the main detoxifying components-and their biosynthetic mechanisms remain unclear.
METHODS: This study investigated differences in flavonoid accumulation and transcriptional regulation in Dai-Bai-J
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования