PURPOSE: To identify susceptibility genes associated with hereditary predisposition to uveal melanoma (UM) in patients with no detectable germline BAP1 alterations.
DESIGN: Retrospective case series from academic referral centers.
PARTICIPANTS: Cohort of 154 UM patients with high risk of hereditary cancer defined as patients with 1 or more of the following: (1) familial UM, (2) young age (<35 years) at diagnosis, (3) personal history of other primary cancers, and (4) family history of 2 or more primary cancers with no detectable mutation or deletion in BAP1 gene.
METHODS: Whole exome sequen…
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Arrhythmogenic cardiomyopathy (ACM) is an inherited cardiac disease characterized by progressive fibro-fatty myocardial replacement, ventricular arrhythmia, heart failure, and sudden death. Causative mutations can be identified in 60% of patients, and most of them are found in genes encoding mechanical junction proteins of the intercalated disk.
METHODS: Whole-exome sequencing was performed on the proband of an ACM family. Sanger sequencing was used to screen for mutations the tight junction protein 1 ( TJP1) gene in unrelated patients. Predictions of local structure content and m…
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Oral mucosal melanoma (OMM) is a rare and aggressive subtype of melanoma with little known about its pathogenesis or carcinogenesis. We therefore performed whole-exome sequencing (WES) on 19 matched OMM tumor/normal pairs in order to gain insight into potential genetic drivers of tumor formation. For the first time, we describe the comprehensive mutational profile of OMM. Our data suggest that the genetic background of OMM differs from those of other melanoma subtypes. We identified recurrent mutations involving KIT, POLE, PTPRD, PTCHD2, and DMXL2. Notably, copy number analysis revealed recurr…
Клинический случайСтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Pulmonary arterial hypertension (PAH) is a rare disease characterized by pulmonary arteriole remodeling, elevated arterial press … screening for 2 common PAH risk genes, mutation-negative FPAH and all IPAH cases were evaluated by exome sequencing.
RESULTS: We observed similar frequencies of rare, deleterious BMPR2 mutations in pediatric- and adult-onset patients: ≈55% in FPAH and 10% in IPAH patients in both age groups. However, there was significant enrichment of TBX4 mutations …
Сравнительное исследованиеСтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Genome-wide association studies conducted on QRS duration, an electrocardiographic measurement associated with heart failure and sudden cardiac death, have led to novel biological insights into cardiac function. However, the variants identified fall predominantly in non-coding regions and their underlying mechanisms remain unclear.
RESULTS: Here, we identify putative functional coding variation associated with changes in the QRS interval duration by combining Illumina HumanExome BeadChip genotype data from 77,898 participants of European ancestry and 7695 of African descent in our…
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Neurofibromatosis type 1 (NF1) is a hereditary cancer predisposition syndrome characterized by frequent cutaneous and nervous system abnormalities. Patients with NF1 also have an increased prevalence of multiple gastrointestinal and peripancreatic neoplasms-neuroendocrine tumors of the ampulla that express somatostatin are particularly characteristic of NF1. In this study, we characterize the genetic alterations of a clinically well-characterized cohort of six NF1-associated duodenal neuroendocrine tumors using whole-exome sequencing. We identified inactivating somatic mutations in the NF1 gen…
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
OBJECTIVE: To perform whole exome sequencing in 928 Hispanic children and identify variants and genes associated with childhood obesity.
METHODS: Single-nucleotide variants (SNVs) were identified from Illumina whole exome sequencing data using integrated read mapping, variant calling, and an annotation pipeline (Mercury). Association analyses of 74 obesity-related traits and exonic variants were performed using SeqMeta software. Rare autosomal variants were analyzed using gene-based association analyses, and common autosomal variants were analyzed at the SNV level.
RESULTS: (1) Rare exonic v…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Melorheostosis (MEL) is the rare sporadic dysostosis characterized by monostotic or polyostotic osteosclerosis and hyperostosis often distri … th OPK, and a large epidermal nevus known to usually harbor a HRAS, FGFR3, or PIK3CA gene mutation. Exome sequencing was performed to ~100× average read depth for his two dermatoses, two areas of normal skin, and peripheral blood leukocytes. As expected for non-malignant tissues, the patient's mutation burden in his normal skin and leukocytes was low. H …
Клинический случайСтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Hirschsprung disease (HSCR), which is congenital obstruction of the bowel, results from a failure of enteric nervous system (ENS) progenitors to migrate, proliferate, differentiate, or survive within the distal intestine. Previous studies that have searched for genes underlying HSCR have focused on ENS-related pathways and genes not fitting the current knowledge have thus often been ignored. We identify and validate novel HSCR genes using whole exome sequencing (WES), burden tests, in silico prediction, unbiased in vivo analyses of the mutated genes in zebrafish, and expression ana…
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Alport syndrome (AS) is an inherited progressive renal disease caused by mutations in COL4A3, COL4A4, and COL4A5 genes. Despite simultaneous screening of these genes being widely available, mutation detection still remains incomplete in a non-marginal portion of patients. Here, we applied whole-exome sequencing (WES) in 3 Italian families negative after candidate-gene analyses. In Family 1, we identified a novel heterozygous intronic variant (c.2245-40A>G) -outside the conventionally screened candidate region for diagnosis- potentially disrupting COL4A5 exon29 splicing. Using a minigene-based …
Клинический случайСтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Arrhythmogenic Right Ventricular Cardiomyopathy/Dysplasia (ARVC/D) is an inherited cardiomyopathy mainly caused by heterozygous desmosomal gene mutations, the major gene being PKP2. The genetic cause remains unknown in ~50% of probands with routine desmosomal gene screening. The aim of this study was to assess the diagnostic accuracy of whole exome sequencing (WES) in ARVC/D with negative genetic testing.
METHODS: WES was performed in 22 patients, all without a mutation identified in desmosomal genes. Putative pathogenic variants were screened in 96 candidate genes associated with…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
One out of three pediatric sepsis deaths in high income countries occur in previously healthy children. Primary immunodeficiencies (PIDs) have been postulated to underlie fulminant sepsis, but this concept remains to be confirmed in clinical practice. Pseudomonas aeruginosa (P. aeruginosa) is a common bacterium mostly associated with health care-related infections in immunocompromised individuals. However, in rare cases, it can cause sepsis in previously healthy children. We used exome sequencing and bioinformatic analysis to systematically search for genetic factors underpinning severe P. aer…
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Thoracic aortic aneurysm (TAA) is a genetically heterogeneous disease involving subclinical and progressive dilation of the thoracic aorta, … we present 10 TAA patients who have a family history of disease and who enrolled in research-based exome testing. Nine of these ten patients had previous clinical genetic testing that did not identify the cause of disease. We sought to determine the number of rare variants in 23 known TAA associated genes identified by research-based exome testing. In …
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The objective of this study was to identify novel causal genes involved in the pathogenesis of Kashin-Beck disease (KBD). A representative grade III KBD sib pair with serious skeletal growth and development failure was subjected to exome sequencing using the Illumina Hiseq2000 platform. The detected gene mutations were then filtered against the data of 1000 Genome Project, dbSNP database, and BGI inhouse database, and replicated by a genome-wide association study (GWAS) of KBD. Ninety grade II or III KBD patients with extreme KBD phenotypes and 1627 healthy controls were enrolled in the GWAS. …
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
We used a combined approach of whole-exome sequencing and candidate mutation validation to identify the disease-causing gene in a hereditary spastic paraplegia (HSP) patient with lower motor neuron involvement, mild cerebellar signs and dysgenesis of the corpus callosum. HSP is a clinically and genetically heterogeneous neurodegenerative disorder characterized by degeneration of the corticospinal tract motor neurons and resulting in progressive lower limb spasticity, often with a complicated phenotype. We identified novel compound heterozygous mutations in the SPG11 gene in this patient as fol…
Клинический случайСтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
OBJECTIVE: To investigate the feasibility of whole exome sequencing (WES) and whole genome re-sequencing (WGS) in the prenatal diagnosis of achondroplasia (ACH).
METHODS: Eleven highly suspected with ACH or hypochondroplasia (HCH) fetuses and their parents were enrolled in this study. Routine prenatal examinations were carried out in all pregnant women. WGS was performed for the detection of copy number variation (CNV). WES was conducted to determine the mutation of fibroblast growth factor receptor 3 (FGFR3) gene in one special family with rickets and dwarfism. Moreover, all subjects were pe…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Although acute lymphocytic leukemia (ALL) is the most common childhood cancer, genetic predisposition to ALL remains poorly understood. Whole-exome sequencing was performed in an extended kindred in which five individuals had been diagnosed with leukemia. Analysis revealed a nonsense variant of TP53 which has been previously reported in families with sarcomas and other typical Li Fraumeni syndrome-associated cancers but never in a familial leukemia kindred. This unexpected finding enabled identification of an appropriate sibling bone marrow donor and illustrates that exome sequencing will reve…
Клинический случайСтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования