BACKGROUND: Abdominal aortic aneurysm (AAA) poses a significant health risk and is influenced by various compositional features. This study aimed to develop an artificial intelligence-driven multiomics predictive model for AAA subtypes to identify heterogeneous immune cell infiltration and predict disease progression. Additionally, we investigated neutrophil heterogeneity in patients with different AAA subtypes to elucidate the relationship between the immune microenvironment and AAA pathogenesis.
METHODS: This study enrolled 517 patients with AAA, who were clustered using k-means algorithm t…
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Peg-IFNα is one of the current therapeutic strategies for Hepatitis B virus (HBV) seroclearance. Nevertheless, the underlying mechanisms are not yet adequately understood. The objective of this study was to explore the potential mechanisms using multiomics approach. For the first time, we revealed the transcriptomic, proteomic, and metabolomic characterizations of Peg-IFNα-induced HBsAg seroclearance. We found that Peg-IFNα caused significant changes during the treatment. Patients who achieved HBsAg seroclearance were characterized as having decreased transcriptional activity of genes involved…
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Psychological health risk is one of the most severe and complex risks in manned deep-space exploration and long-term closed environments. Recently, with the in-depth research of the microbiota-gut-brain axis, gut microbiota has been considered a new approach to maintain and improve psychological health. However, the correlation between gut microbiota and psychological changes inside long-term closed environments is still poorly understood. Herein, we used the "Lunar Palace 365" mission, a 1-year-long isolation study in the Lunar Palace 1 (a closed manned Bioregenerative Life Suppor
Video-Audio MediaСтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Acute respiratory distress syndrome (ARDS) is a major disease that threatens the life and health of neonates. Vitamin A (VA) can participate … natal ARDS by affecting immunity, metabolism, barriers and other pathways. In this article, we used multiomics analysis to find that VAD may aggravate ARDS mainly through the Fc epsilon RI signaling pathway, the HIF-1 signaling pathway, glutathione metabolism, and valine, leucine and isoleucine degradation signaling pathways, which may provide the molecular …
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: This study investigates the role of fatty acid metabolism (FAM)-related genes in lymph node metastasis (LNM) and prognosis of lung adenocarcinoma (LUAD) and elucidates the underlying mechanisms. METHODS: Transcriptomic and single-cell RNA-seq data from TCGA and GEO were integrated to identify FAM-related genes. Non-negative matrix factorization clustering and univariate Cox regression were applied to develop a FAM-based prognostic risk model (FScore). Associations of FScore with gene mutations and tumor microenvironment features were analyzed. Immunohistochemistry, and functional a
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
OBJECTIVE: Compromises to the integrity of articular cartilage, whether genetic, post-traumatic or age-related, lead to debilitating chronic degenerative diseases including osteoarthritis. In this study, our objective was to leverage multiomic and spatial transcriptomic datasets to identify gene regulatory networks that drive human articular cartilage cell fate, and build a foundation from which novel therapeutics to overcome degenerative disease could be developed.
DESIGN: We jointly profiled the transcriptome and open chromatin regions in individual nuclei recovered from distal femora at 2
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
PURPOSE: NLRP3 inflammasome plays a pivotal role in the pathogenesis of intervertebral disc (IVD) degeneration (IDD). This study aimed to identify NLRP3 inflammasome-related biomarkers in IDD and analyze their functions.
METHODS: First, the differentially expressed genes (DEGs) (IDD vs. control) in GSE124272 were detected. The NLRP3 inflammasome-related genes (NIRGs) scores for all samples were calculated using single-sample gene set enrichment analysis (ssGSEA). Subsequently, the key module with the strongest correlation with NIRGs scores was selected using weighted gene coexpression network
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Age-related macular degeneration (AMD) is a leading cause of vision loss worldwide. Genome-wide association studies (GWASs) of AMD have identified dozens of risk loci that may house disease targets. However, variants at these loci are largely noncoding, making it difficult to assess their function and whether they are causal. Here, we present a single-cell gene expression and chromatin accessibility atlas of human retinal pigment epithelium (RPE) and choroid to systematically analyze both coding and noncoding variants implicated in AMD. We employ HiChIP and activity-by-contact modeling to map
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Alzheimer's disease (AD) is characterized by complex and distinct spatial and molecular changes in the brain that contribute to its onset and progression, which includes disruptions in proteins, lipids, and neuroinflammatory pathways. In this study, we introduce a three-dimensional (3D) spatial multi-omics imaging approach that integrates lipid mass spectrometry imaging (MSI) with targeted proteomic analysis using 10-plex photo-cleavable mass tag (PC-MT) probes. Brain tissues from wild-type (WT) and AD model mice were sectioned at four coronal levels, spaced 1500 μm apart, enabling the reconst
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
INTRODUCTION: Multiomics pleural mesothelioma (PM) studies have identified prognostic molecular subsets of PM histologic types, epithelioid (ePM), biphasic (bPM), and sarcomatoid (sPM), defined by relative tumor cell content. However, the underlying biology modulating survival remains unknown.
METHODS: Using 93 samples from 40 patients, we performed single-cell RNA sequencing (scRNA-seq), bulk exome and RNA sequencing, optical genome mapping, spatial transcriptomics, and histologic analyses to identify candidate drivers and prognostic biomarkers of malignant cell (MC) state.
RESULTS: We iden…
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Although the human cerebellum is known to be neuropathologically impaired in Alzheimer's disease (AD) and AD-related dementias (ADRD), the cell type-specific transcriptional and epigenomic changes that contribute to this pathology are not well understood. Here, we report single-nucleus multiome (snRNA-seq and snATAC-seq) analysis of 103,861 nuclei isolated from both cerebellum and frontal cortex of AD/ADRD patients and normal controls. Using peak-to-gene linkage analysis, we identified 431,834 significant linkages between gene expression and cell subtype-specific chromatin accessibility region
СтатьяПрепринтПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Aberrant alterations in genome copy number, chromatin accessibility, and transcriptional programs all play pivotal roles in cancer. The Numbat algorithm has been widely adopted to perform copy number variation (CNV) inference from single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) data. Here, we introduce Numbat-multiome that extends the capabilities of Numbat to perform CNV inference from both scRNA-seq and accessible chromatin profiles (through single-cell Assay of Transposase [Tn5]-Accessible Chromatin sequencing [scATAC-seq] data), either separately or in an integrated manner. Our approach unifies dat
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Glioblastoma undergoes a complex and dynamic evolution involving genetic and epigenetic changes. Understanding the mechanisms underlying this evolution is vital for the development of efficient therapeutic strategies. Although treatment resistance is associated with intratumoral heterogeneity in glioblastoma, it remains uncertain whether hypometabolic and hypermetabolic lesions observed through clinical positron emission tomography (PET) imaging are influenced by spatial intratumoral genomic evolution.
METHODS: In this study, we precisely isolated autologous hypometabolic and hype
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Hirschsprung disease (HSCR) is characterized by absence of enteric ganglia (aganglionosis) along variable lengths of the distal intestine. This disorder results from deficient colonization of fetal intestine by enteric neural crest-derived cells (ENCDCs). HSCR exhibits complex, multifactorial inheritance with penetrance and severity varying widely even within a family. SOX10 is among causal genes that predispose to aganglionosis. Yet, how gene interactions influence severity of HSCR aganglionosis is not understood. We previously used an F1-intercross strategy to map genetic modifie
СтатьяПрепринтПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Mixed phenotype acute leukemia (MPAL) is a leukemia whose biologic drivers are poorly understood, therapeutic strategy remains unclear, and prognosis is poor. We performed multiomic single cell (SC) profiling of 14 newly diagnosed adult MPAL patients to characterize the immunophenotypic, genetic, and transcriptional landscapes of MPAL. We show that neither genetic profile nor transcriptome reliably correlate with specific MPAL immunophenotypes. However, progressive acquisition of mutations is associated with increased expression of immunophenotypic markers of immaturity. Using SC transcription
ПрепринтСтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Cardiac cachexia is a deadly consequence of advanced heart failure that is characterised by the dysregulation of adipose tissue homeostasis. … with cardiac cachexia had higher levels of sphingolipids, including Cer and S1P. Moreover, combined multiomics analysis suggested that the sphingolipid metabolic pathway was associated with inflammatory-fibrotic changes in adipose tissue. Finally, the key indicators were validated by experiments. In conclusion, this study described a mechanism by which the s …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Water deficit limits maize establishment, but coordinated hormonal and metabolic responses remain incompletely understood. Physiological phenotyping, RNA sequencing, widely targeted metabolomics, and phytohormone profiling were integrated to characterize B73 seedlings during PEG-induced osmotic stress and early recovery. Stress reduced growth and leaf water status and increased the level of oxidative injury. The 266 differentially expressed genes (DEGs) and 47 differentially accumulated metabolites (DAMs) were associated with abscisic acid (ABA) and jasmonate (JA) signaling, amino acid (AA) me
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
OBJECTIVES: CD4+ T cells play key roles in regulating immune responses during pregnancy, therefore we aimed to understand the CD4+ T cell surface proteome and transcriptome during pregnancy.
METHODS: CD4+ T cells were analysed in blood and decidua from term-pregnancies (>37 weeks), and non-pregnant blood. >350 surface proteins were screened via flow cytometry, and transcriptomes were analysed using single-cell RNA sequencing with >130 CITE-seq barcoded antibodies.
RESULTS: Surface protein screening identified changes to ILT4/CD85d, CD9, IFN-γ receptor β-chain, CX3CR1 and CCR5 in the pregnant
СтатьяПрепринтПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Antidepressant prescribing in major depressive disorder (MDD) remains dominated by sequential trial and error, particularly when illness becomes difficult to treat (DTD) or meets conventional treatment-resistant depression (TRD) criteria.
OBJECTIVE: This narrative review evaluates pharmacogenomics (PGx), therapeutic drug monitoring (TDM), metabolomics/lipidomics, immune-inflammatory markers, proteomics, transcriptomics, epigenomics, microbiomics, and multi-omics machine learning according to their capacity to improve defined pharmacological decisions.
METHODS: Evidence was identi
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Fucoidan (FUC2), purified from Scytosiphon lomentaria, improved glucose and lipid metabolism in mice by modulating the gut-liver/pancreas axis through structural remodeling of the gut microbiota. Structural characterization revealed that FUC2 is a homogeneous acidic heteropolysaccharide mainly composed of fucose-, mannose-, and galactose-rich regions with possible glycosidic linkages. Mice experiments demonstrated that FUC2 attenuated insulin resistance and oxidative stress by activating the AMPK and Nrf2 signaling pathways. FUC2 administration significantly increased the abundance of benefici
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования