Despite substantial progress in single-cell screening techniques, antibody (Ab) repertoires still remain enigmatic. Here we show that Ab sequences can be linked to their functionality by using big data obtained from high-throughput sequencing. Using the expansive SARS-CoV-2 pandemic data, we develop an AI-based method to reveal the neutralization potential of Ab repertoires. We employ machine learning to process public 3D structural data of Ab-RBD complexes and create a comprehensive tool, RBD-AIM ( https://rbdaim.2a2i.org/ ), for high-throughput prediction of structural Ab epitopes based on A
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
OBJECTIVE: To explore the clinical significance of metagenomic next-generation sequencing (mNGS) technology in diagnosing and treating periprosthetic joint infection (PJI) following total hip arthroplasty (THA).
METHODS: From September 2018 to September 2024, 15 patients with periprosthetic infection after total hip arthroplasty were admitted. There were 11 males and 4 females; ages ranged from 28 to 87 years old, with an average of 63 years old. Infection occurred 6 to 42 months after total hip arthroplasty, with an average of 22.7 months. The infection lasted between 15 and 115 days, averag
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Next-generation sequencing (NGS) has improved genomic analysis depth in precision oncology. This study analyzed genomic biomarker testing in stage IV NSCLC, focusing on brain metastasis and clinicopathological correlations.
OBJECTIVE: To study molecular markers and clinicopathological correlations in stage IV NSCLC patients, with and without brain metastasis.
METHODS: A total of 169 stage IV NSCLC patients were studied from April 2023 to May 2025. Demographic data, clinical presentations, and mutation analyses were assessed using NGS on tissue blocks or liquid biopsies.
RESULTS:
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Transient receptor potential ankyrin 1 (TRPA1) is a cation channel originally identified in lung fibroblasts and extensively studied in sensory neurons, where it is associated with pain and neurogenic inflammation. We and others have recently shown that TRPA1 is also expressed in lung epithelial cells and that its expression is regulated by the cytokine environment. In the present study, we used next-generation sequencing to analyse the role of TRPA1 and the effects of its inhibition on human A549 lung epithelial cell phenotype under inflammatory conditions. Two different TRPA1 inhibitors (HC-
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Mitochondrial DNA m.3243A>G variant causes maternally inherited diabetes with deafness. We developed a droplet digital PCR (dPCR) assay to quantify m.3243A>G heteroplasmy and investigated its prevalence in Chinese Han early-onset diabetes patients.
METHODS: The dPCR method was validated using plasmid mixtures (104 copies) for sensitivity, specificity, dynamic range (10-105 copies/μL), accuracy, and precision. We screened 1506 unselected early-onset diabetes patients, analyzing blood and urinary sediment DNA. This population comprised 1474 diagnosed type 2 diabetes patients (97.88%
СтатьяВалидационное исследованиеПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Human non-polio enteroviruses (NPEVs) cause a plethora of infections in humans, ranging from mild to severe neurological diseases including aseptic meningitis. NPEVs are the leading cause of aseptic meningitis in both children and adults worldwide. In Russia, reports of NPEV infections have surged, especially in the post-COVID era starting in 2022, with elevated infection rates into 2023. A comprehensive examination of the whole genome is crucial for understanding the evolution of NPEV genes and for predicting potential outbreaks. This study focused on identifying the circulating NPEV strains
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: HER2 expression is described along a biological continuum from null to positive and serves as a critical biomarker for therapeutic guidance in breast cancer (BC). While HER2-low and ultra-low categories have emerged as actionable targets for antibody-drug conjugates (ADCs) in female BC, their molecular and immune characteristics remain largely unexplored in male breast cancer.
METHODS: We profiled 214 male breast tumors using next-generation sequencing and whole-transcriptome sequencing to assess mutational, transcriptomic, and immune landscapes. Tumor mutational burden (TMB) was
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Background: Next-generation sequencing (NGS)-detected ERBB2 amplification occurs in a subset of urothelial carcinomas, but its role as a treatment-selection marker for trastuzumab deruxtecan (T-DXd) remains uncertain. Methods: We retrospectively reviewed four patients with metastatic urothelial carcinoma treated with T-DXd in routine practice from 2024. Treatment selection was based on NGS-detected ERBB2 amplification because HER2 immunohistochemistry and in situ hybridization were unavailable. Results: Four men aged 65-76 years received T-DXd: one in the second line and three in the fourth or
Клинический случайСтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
In acute myeloid leukemia with NPM1 mutation, analysis of measurable residual disease (MRD) with reverse transcription quantitative polymerase chain reaction (RT-qPCR) is recommended for response assessment and monitoring after treatment. For rare mutations in NPM1, this is not readily available. Therefore, we evaluated the prognostic value of deep sequencing covering all NPM1 exon 11 variants, using retrospectively analyzed bone marrow samples from 97 patients in remission during treatment. MRD positivity was defined as NPM1 mutation at ≥0.05% variant allele frequency based on a previous comp
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Only a limited number of biomarkers guide personalized management of pancreatic neuroendocrine tumors (PanNETs). Transcriptome profiling of microRNA (miRs) and mRNA has shown value in segregating PanNETs and identifying patients more likely to respond to treatment. Because miRs are key regulators of mRNA expression, we sought to integrate expression data from both RNA species into miR-mRNA interaction networks to advance our understanding of PanNET biology.
METHODS: We used deep miR/mRNA sequencing on six low-grade/high-risk, well-differentiated PanNETs compared with seven non-dis
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
PURPOSE: Racial disparities in pancreatic ductal adenocarcinoma (PDAC) incidence and outcomes persist even after adjusting for access to care and treatment received, suggesting a role for tumor-specific molecular factors. This study aimed to compare the mutational landscape of PDAC tumor samples across racial groups using a large, diverse patient cohort.
METHODS: Genetic variations were analyzed using data from the AACR Project GENIE registry. Adult patients with PDAC treated at Memorial Sloan Kettering Cancer Center or Dana-Farber Cancer Institute who underwent next-generation sequencing wer
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Medullary thyroid carcinomas (MTCs) are 75% sporadic and 25% hereditary. This study aimed to determine the histopathological parameters and molecular changes of sporadic MTCs in a university hospital by targeted next-generation sequencing (NGS) including 62 genes. All RET mutations were missense mutations. EIF1AX was suggested by artificial intelligence as a gene of interest for further analysis; subsequent testing revealed a pathogenic missense mutation in this gene in a patient with advanced-stage disease, who died at the 25th month of follow-up due to liver metastasis. We identified differe
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The specificity of T cells is determined by T cell receptor (TCR) α and β chain sequences. While bulk TCR sequencing enables cost-effective repertoire profiling without chain pairing information, single-cell approaches provide paired data but are costly and limited in throughput. Here we present throughput-intensive rapid TCR library sequencing (TIRTL-seq), an experimental and computational methodology for paired TCR repertoire sequencing (TCR-seq). TIRTL-seq is based on the parallel generation of hundreds of TCR libraries in 384-well plates at less than US$200 per plate, allowing cohort-scale
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
PURPOSE: This study aimed to elucidate the reliability of clinical impressions based on ocular manifestations in patients suspected of heritable connective tissue disorders (HCTDs) compared to the final genetic diagnosis. Furthermore, it sought to determine the optimal diagnostic strategy for patients with HCTDs through pathogenicity analysis.
METHODS: Clinical characteristics of 58 patients suspected of HCTDs were analyzed to establish provisional clinical diagnoses. Subsequently, next-generation sequence and Sanger sequence was performed to obtain genetic diagnoses. Pathogenicity of identif
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Ventilator-associated pneumonia (VAP) carries a high mortality rate in the intensive care units (ICUs) due to its widespread drug resistance. Traditional microbial cultures limited by speed and sensitivity, are often unable to help clinicians make effective diagnosis and treatment. Therefore, there is an urgent need for a rapid and accurate test that can identify both pathogens and their antimicrobial resistance (AMR) to improve the prognosis of patients with VAP.
STUDY DESIGN: We analyzed samples from ICU patients with suspected VAP using both microbial tests and targeted next-ge
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Lynch syndrome (LS) is a prevalent cause of hereditary gynecological cancers. DNA mismatch repair (MMR) defects are important players in LS tumorigenesis, but the developmental steps leading to malignancy are incompletely understood. We undertook a deep sequencing approach with a panel of ~1,000 cancer-associated genes to detect somatic changes in retrospective specimens from 33 LS carriers who had developed endometrial carcinoma (EC) or ovarian carcinoma (OC). Consecutive samples of atypical endometrial hyperplasia (AH) and EC or OC (64 samples plus blood) were available from a screening peri
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Objective: To investigate the clinicopathological features, genetic characteristics, and differential diagnosis of glomangiomatosis with uncertain malignant potential. Methods: Two cases of glomangiomatosis with uncertain malignant potential were collected at Henan Provincial People's Hospital from 2013 and 2023. Immunohistochemistry and next generation sequencing (DNA-seq) were used to detect the related protein and gene variation. Patients were followed up. Results: Case 1 was male, 34 years old; and case 2 was female, 28 years old. Both had tumor recurrence in the original site. There were
СтатьяКлинический случайАннотация на английскомПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
PURPOSE: Cell-free mitochondrial DNA (cf-mtDNA) has emerged as a promising non-invasive method to predict embryo implantation potential. This study presents the first sequencing of cf-mtDNA in follicular fluid, aiming to explore the impact of ovarian stimulation treatment on the accumulation of mtDNA mutations and assess their implications for IVF outcomes.
METHODS: We selected 24 women aged 27 to 35 from the Assisted Reproduction Unit based on inclusion criteria requiring them to be undergoing their first IVF cycle without known infertility issues. For each participant, blood samples were co
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
OBJECTIVES: The study aimed to clarify the co-infection patterns in adult patients with severe influenza A (H1N1) pneumonia using Metagenomic Next-Generation Sequencing (mNGS) and to examine their impact on clinical outcomes, particularly focusing on the differences between severe and critical patient groups.
METHODS: This retrospective analysis evaluated bronchoalveolar lavage fluid (BALF) from 53 adult patients diagnosed with severe influenza A (H1N1) pneumonia. Patients were categorized into severe and critical groups depending on the need for invasive ventilation. mNGS was utilized to det
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Multiple myeloma (MM) is a heterogeneous disease, the full understanding of whose pathogenesis remains elusive. While B-cell receptors are known to play a pivotal role in myeloma pathogenesis, the characterization of immunoglobulin heavy-chain (IGH) gene repertoire and their clinical significance in Chinese patients has not been fully explored. In this study, we analyzed the profiling of clonal IGH gene rearrangements via NGS assay, and its cytogenetic abnormalities by FISH in a cohort of 301 Chinese patients with newly diagnosed MM. We identified a particular subgroup, which was characterized
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования