Natural transformation and viral-mediated transduction are the main avenues of horizontal gene transfer in Firmicutes. Bacillus subtilis SPP1 is a generalized transducing bacteriophage. Using this lytic phage as a model, we have analyzed how viral replication and recombination systems contribute to the transfer of plasmid-borne antibiotic resistances. Phage SPP1 DNA replication relies on essential phage-encoded replisome organizer (G38P), helicase loader (G39P), hexameric replicative helicase (G40P), recombinase (G35P) and in less extent on the partially dispensable 5'→3' exonuclease (G34.1P),
Поиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
OBJECTIVES: In this study we assess the antibiotic resistance genes in three metronidazole-resistant Prevotella bivia clinical isolates.
METHODS: Strains were whole-genome sequenced. De novo assembly was performed and genes were annotated in RAST. Manual adjustments were made, when required, to the annotation and length of the genes.
RESULTS: In all three strains a novel nim gene, nimK, was encountered located on a mobile genetic element (MGE). The nimK gene was associated with an IS1380 family transposase. On the same MGE, genes encoding an efflux small MDR (SMR) transporter were present an
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Mercury pollution has emerged as a major problem in industrialized zones and presents a serious threat to environment and health of local communities. Effectiveness and wide distribution of mer operon by horizontal and vertical gene transfer in its various forms among large community of microbe reflect importance and compatibility of this mechanism in nature. This review specifically describes mer operon and its generic molecular mechanism with reference to the central role played by merA gene and its related gene products. The combinatorial action of merA and merB together maintains broad spe
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Systemic messenger RNA (mRNA) delivery to organs outside the liver, spleen, and lungs remains challenging. To overcome this issue, we hypothesized that altering nanoparticle chemistry and administration routes may enable mRNA-induced protein expression outside of the reticuloendothelial system. Here, we describe a strategy for delivering mRNA potently and specifically to the pancreas using lipid nanoparticles. Our results show that delivering lipid nanoparticles containing cationic helper lipids by intraperitoneal administration produces robust and specific protein expression in the pancreas.
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
In Gram-negative pathogens, multiple antibiotic resistance is common and many of the known resistance genes are contained in mobile gene cassettes. Cassettes can be integrated into or deleted from their receptor elements, the integrons, or infrequently may be integrated at other locations via site-specific recombination catalysed by an integron-encoded recombinase. As a consequence, arrays of several different antibiotic resistance genes can be created. Over 40 gene cassettes and three distinct classes of integrons have been identified to date. Cassette-associated genes conferring resistance t
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Bacterial genomes are dynamic, shaped by gene gain, loss, and horizontal transfer; yet selection preserves the colocalization of functionally coupled genes into recurrent modules known as syntons. Many large-scale approaches do not explicitly account for phylogenetic relatedness between genomes which can inflate support for associations that are simply shared by close relatives. To address this, we introduce a scalable framework that clusters gene-family occurrences by genomic neighborhood and counts co-occurrences across distinct genomic contexts, reducing redundancy from vertical inheritance
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Whole genome sequences (WGSs) of Enterococcus faecalis S3 and Staphylococcus haemolyticus S5, isolated from gymnasium equipment in Tennessee, USA, were analyzed. The genome sizes of E. faecalis S3 and S. haemolyticus S5 were approximately 3.0 Mb and 2.5 Mb, respectively. Both isolates were found to harbor genes conferring resistance to multiple antibiotics, including tetracycline, fluoroquinolone, and macrolide. Gene cluster analysis revealed a cyclic lactone inducer cluster in both strains, which is critical for quorum sensing-mediated pathogenicity. Multilocus sequence typing (MLST) identifi
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Electrochemotherapy combined with peritumoral interleukin-12 (IL-12) gene electrotransfer was used for treatment of mast cell tumours in 18 client-owned dogs. Local tumour control, recurrence rate, as well as safety of combined therapy were evaluated. One month after the therapy, no side effects were recorded and good local tumour control was observed with high complete responses rate which even increased during the observation period to 72%. IL-12 gene electrotransfer resulted in 78% of patients with detectable serum IFN-γ and/or IL-12 levels. In the treated tumours vascular changes as well a
Клиническое исследованиеСтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
OBJECTIVES: The aim of this study was to determine the occurrence of extended-spectrum β-lactamase (ESBL)-producing Escherichia coli at an equine clinic and a horseback riding centre, and to discuss the impact of antimicrobial treatment on resistance selection.
METHODS: Faeces from horses, environmental smears and flies were sampled at both the clinic and riding centre. Staff at the equine clinic were also examined. The samples were cultivated on MacConkey agar with cefotaxime (2 mg/L) to isolate ESBL-producing E. coli. The presence of bla and qnr genes was tested by PCR, and transferability
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The presence of multi-drug resistant (MDR) bacteria in ready-to-eat foods comprises a threat for public health due to their ability to acquire and transfer antibiotic-resistant determinants that could settle in the microbiome of the human digestive tract. In this study, Enterococcus faecium UC7251 isolated from a fermented dry sausage was characterized phenotypically and genotypically to hold resistance to multiple antibiotics including aminoglycosides, macrolides, β-lactams, and tetracyclines. We further investigated this strain following a hybrid sequencing and assembly approach (short and l
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Bacterial viruses contribute to the dynamics of the microbiome communities, as they are involved in the horizontal gene transfer. Previously we studied changes in the gut microbiome of the two healthy individuals over the course of a 6-days antibiotics treatment and subsequent 28 days recovery time (Willmann et al., 2015). Now, from the same samples, the virus-like particles were isolated and sequenced. As the phage sequences are currently poorly represented in reference databases, the reads had to be assembled, annotated and their abundance had to be evaluated via reads mapping. We analyzed a
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The genome of the Antarctic bacterium Pseudomonas extremaustralis was analyzed searching for genes involved in environmental adaptability focusing on anaerobic metabolism, osmoregulation, cold adaptation, exopolysaccharide production and degradation of complex compounds. Experimental evidences demonstrated the functionality of several of these pathways, including arginine and pyruvate fermentation, alginate production and growth under cold conditions. Phylogenetic analysis along with genomic island prediction allowed the detection of genes with probable foreign origin such as those coding for
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) is one of the most important causes of hospital infections worldwide. High-level resistance to methicillin is caused by the mecA gene, which encodes an alternative penicillin-binding protein, PBP 2a. To determine the clonal relationships between methicillin-susceptible S. aureus (MSSA) and MRSA, we typed 1,069 S. aureus isolates (493 MSSA isolates and 576 MRSA isolates), collected mainly in North American and European hospitals between the 1960s and the year 2000, using pulsed-field gel electrophoresis and ribotyping. Of 10 widespread S. aureu
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
To understand antimicrobial resistance (AMR) patterns and mechanisms of horizontal gene transfer in human-associated environments is essential to AMR surveillance. Gram-negative bacteria (1122 isolates) from food-animal environments were characterized for antimicrobial susceptibility and AMR genes. Seventy five per cent of the isolates (837 of 1122) were resistant to at least one of the antibiotics tested. Resistance to more than three groups of antimicrobials (multidrug resistance) was observed in 43 isolates with most often encountered (12 of 43) resistance to β-lactams, tetracycline, quinol
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Streptococcus suis is a zoonotic swine pathogen and a major public health concern in Asia, where it emerged as an important cause of bacterial meningitis in adults. While associated with food-borne transmission in Asia, zoonotic S. suis infections are mainly occupational hazards elsewhere. To identify genomic differences that can explain zoonotic potential, we compared whole genomes of 98 S. suis isolates from human patients and pigs with invasive disease in the Netherlands, and validated our observations with 18 complete and publicly available sequences. Zoonotic isolates have smaller genomes
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Leptospirosis, caused by pathogenic Leptospira spp., has recently been recognized as an emerging infectious disease worldwide. Despite its severity and global importance, knowledge about the molecular pathogenesis and virulence evolution of Leptospira spp. remains limited. Here we sequenced and analyzed 102 isolates representing global sources. A high genomic variability were observed among different Leptospira species, which was attributed to massive gene gain and loss events allowing for adaptation to specific niche conditions and changing host environments. Horizontal gene transfer and gene
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Many metagenomic studies lack the ability to measure the temporal dynamics of the intestinal resistome (the collection of antibiotic resistance genes [ARGs]) and mobilome (the collection of all mobile genetic elements that enable their transfer) and link the genetic features to specific species in the gut. We applied Hi-C sequencing and shotgun metagenomics to study fecal matter from children (n = 15) living in semi-rural communities of Quito, Ecuador. We sampled at three different periods, with a 4- to 6-month interval between each sample collection. To understand the dynamics of ARGs from di
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
This study aimed to evaluate the virulence of 36 clinical isolates estimated as blood culture contaminants (BCCs). MALDI-TOF MS classified all isolates as coagulase-negative staphylococci (CoNS) with the highest percentage of S. epidermidis (77.78%). All tested strains formed biofilms with greater ability at room temperature than 37 °C. CoNS were sensitive to vancomycin (0% resistance) and had relatively low resistance to linezolid and rifampicin (8.33 and 22.22% resistance). The highest resistance was observed for penicillin (94.44%). Moreover, we observed the transfer of antibiotic resistanc
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
To investigate the presence and location of erm(T) in clinical Streptococcus suis isolates and explore the transmission ability and fitness cost of erm(T)-carrying mobile genetic elements among S. suis isolates, MICs were determined by broth microdilution. The presence of erm(T) in S. suis was detected by PCR. The genetic environment of erm(T) in S. suis was explored by whole-genome sequencing (WGS) analysis. Intraspecies and interspecies transmission were examined by electrotransformation. The fitness cost associated with the carriage of an erm(T)-harboring plasmid or an integrative and conju
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Horizontal transfer of plasmid-mediated antibiotic resistance has rarely been documented in vivo. Utilizing long-read (Oxford Nanopore) and short-read (Illumina) sequencing, we confirmed that a gut-colonizing Escherichia coli and a hypervirulent Klebsiella pneumoniae ST23, isolated from a surgical site culture of a patient receiving cefuroxime therapy, harboured a 100% identical blaCTX-M-14-harbouring plasmid, indicative of a potential transfer in vivo.
Клинический случайСтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования