BACKGROUND: Following injury and disruption of the retinal barrier, retinal pigment epithelium can differentiate into a fibroblastic phenotype, leading to proliferation and migration, thereby resulting in pathological conditions such as proliferative vitreoretinopathy and diabetic retinopathy. Previous studies have detected the specific expression of serine/arginine-rich splicing factor 10 (SRSF10) in the retina; however, its specific function has not been thoroughly studied. SRSF10 has been hypothesized to play an important role in retinal function.
METHODS: We used Oxford Nanopore Technolog
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
INTRODUCTION: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 25 (MED25), a crucial component of the transcriptional coactivator complex, plays a significant role in the transcription of most RNA polymerase II-dependent genes. Mutations in MED25 have been linked to various genetic syndromes, including Basel-Vanagaite-Smirin-Yosef Syndrome (BVSYS) and Intellectual Disability (ID). This study elucidated the molecular mechanism through which compound heterozygous mutations in the MED25 gene impaired pre-mRNA splicing, ultimately causing BVSYS.
METHODS: Whole exome sequencing (WES) was perfor…
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Rare oncogenic driver events, particularly affecting the expression or splicing of driver genes, are suspected to substantially contribute to the large heterogeneity of hematologic malignancies. However, their identification remains challenging.
METHODS: To address this issue, we generated the largest dataset to date of matched whole genome sequencing and total RNA sequencing of hematologic malignancies from 3760 patients spanning 24 disease entities. Taking advantage of our dataset size, we focused on discovering rare regulatory aberrations. Therefore, we called expression and sp
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Physical activity is essential for maintaining muscle mitochondrial function and aerobic capacity. The molecular mechanisms underlying such protective effects are incompletely understood, in part because it is difficult to separate the effects of disease status and physical activity. We explored the association of human skeletal muscle transcriptomic with four measures of energetics and mitochondria oxidative capacity in healthy individuals.
METHODS: Using RNA sequencing of vastus lateralis muscle biopsies from 82 GESTALT participants (52 males, aged 22-89 years), we explored gene
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
AIM: The aim of this study was to analyze the pathogenicity of rare/novel synonymous or intronic variants identified in ABCB11 heterozygotes presenting as progressive intrahepatic cholestasis with low γ-glutamyltransferase.
METHODS: The enrolled variants were identified in ABCB11 between October 2009 and June 2016. The effects on pre-RNA splicing were analyzed by in silico tools and minigene splicing assay.
RESULTS: There were three intronic (c.908 + 5G > A, c.2815-8A > G, and c.612-15_-6del10bp) and two synonymous (c.1809G > A, p.K603 K and c.2418C > T, p.G806G) variants with unknown signif…
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Dysfunction of transactive response DNA-binding protein 43 (TDP-43) drives neurodegeneration in amyotrophic lateral sclerosis (ALS) and Alzheimer's disease (AD), in part through inducing aberrant RNA splicing. However, whether such mis-splicing yields stable, pathogenic proteins remains unclear. Here, we identify a TDP-43-repressed cryptic exon in Protein kinase N1 (PKN1), designated PKN1-5a1, which is activated in ALS patient brains and introduces a premature termination codon. This aberrant transcript escapes nonsense-mediated decay and is translated into a truncated peptide, PKN1-N207 (PKN2…
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Spondyloepiphyseal dysplasia, Kondo-Fu (SEDKF) type is a rare skeletal dysplasia caused by biallelic variants in MBTPS1. To date, only seven … predicted splicing variant and a complete gene deletion in the patient. Functional validation using RNA splicing assays confirmed aberrant splicing, establishing the molecular diagnosis of SEDKF. This case broadens the clinical and molecular spectrum of MBTPS1-related disorders by presenting a novel combination of variants and phenotypic features.
Клинический случайСтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Targeting RNA drastically expands our target space to therapeutically modulate numerous cellular processes implicated in human diseases. Of particular interest, drugging pre-mRNA splicing appears a very viable strategy; to control levels of splicing product by promoting the inclusion or exclusion of exons. After describing the concept of "splicing modulation", this chapter will cover the outstanding progress achieved in this field, by highlighting the breakthrough accomplished recently for the treatment of spinal muscular atrophy using two therapeutic modalities: splice switching oligonucleoti…
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Mandibulofacial dysostosis with microcephaly (MFDM) is a rare autosomal dominant disorder caused by pathogenic variants in the EFTUD2 gene, presenting with craniofacial anomalies, microcephaly, and systemic abnormalities. Despite several reported cases, the genetic and molecular mechanisms underlying MFDM remain inadequately understood. This case study identifies and analyzes a previously unreported EFTUD2 splice variant (NM_004247.4:c.492+1del), investigates its clinical phenotype, and analyzes genotype-phenotype correlations to improve early recognition and diagnosis of MFDM.
CA
Клинический случайСтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Exonic (i.e. coding) variants in genes associated with disease can exert pathogenic effects both at the protein and mRNA level, either by altering the amino acid sequence or by affecting pre-mRNA splicing. The latter is often neglected due to the lack of RNA analyses in genetic diagnostic testing. In this study we considered both pathomechanisms and performed a comprehensive analysis of nine exonic nucleotide changes in OPA1, which is the major gene underlying autosomal dominant optic atrophy (DOA) and is characterized by pronounced allelic heterogeneity. We focused on the GTPase-encoding doma…
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Pathogenic variants in the AP4B1 gene lead to a rare form of hereditary spastic paraplegia (HSP) known as SPG47. We report on a patient with a clinical suspicion of complicated HSP of the lower limbs with intellectual disability, as well as a novel homozygous noncanonical splice site variant in the AP4B1 gene, in which the effect on splicing was validated by RNA analysis. We sequenced 152 genes associated with HSP using Next-Generation Sequencing (NGS). We isolated total RNA from peripheral blood and generated cDNA using reverse transcription-polymerase chain reaction (RT-PCR). A region of AP4
Клинический случайСтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: The activity of synthetic antisense oligonucleotides (splicomers) designed to block pre-mRNA splicing at specific exons has been demonstrated in a number of model systems, including constitutively spliced exons in mouse dystrophin RNA. Splicomer reagents directed to Duchenne muscular dystrophy (DMD) RNAs might thus circumvent nonsense or frame-shifting mutations, leading to therapeutic expression of partially functional dystrophin, as occurs in the milder, allelic (Becker) form of the disease (BMD).
METHODS: Functional and hybridisation array screens have been used to select optim…
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Modification of RNA splicing represents a promising therapeutic strategy for treating genetic diseases. Several splice-switching drugs have already been approved, notably for spinal muscular atrophy and specific genotypes of Duchenne muscular dystrophy. While peripheral blood mononuclear cells and fibroblasts are commonly used to evaluate the efficacy of these drug candidates in patient-derived samples, such approaches may lead to misleading conclusions due to the cell type-specific nature of RNA splicing.Induced pluripotent stem cells (iPSCs), which can be differentiated into various somatic …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Splicing mutations that lead to devastating genetic diseases are often located in nonconserved or weakly conserved sequences that normally do not affect splicing. Thus, the underlying reason for the splicing defect is not immediately obvious. An example of this phenomenon is observed in the neurodevelopmental disease familial dysautonomia (FD), which is caused by a single-base change in the 5' splice site (5'ss) of intron 20 in the IKBKAP gene (c.2204+6T>C). This mutation, which is in the sixth position of the intron and results in exon 20 skipping, has no phenotype in many other introns. To d
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Rheumatoid arthritis (RA), one of the most common autoimmune diseases, is characterized by immune cell infiltration, fibroblast-like synovial cell hyperproliferation, and cartilage and bone destruction. To date, numerous studies have demonstrated that immune cells are one of the key targets for the treatment of RA. N6-methyladenosine (m6A) is the most common internal modification to eukaryotic mRNA, which is involved in the splicing, stability, export, and degradation of RNA metabolism. m6A methylated-related genes are divided into writers, erasers, and readers, and they are critical for the r
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
TDP-43 (TAR DNA-binding protein 43) aggregation and redistribution are recognised as a hallmark of amyotrophic lateral sclerosis and frontotemporal dementia. As TDP-43 inclusions have recently been described in the muscle of inclusion body myositis patients, this highlights the need to understand the role of TDP-43 beyond the central nervous system. Using RNA-seq, we directly compare TDP-43-mediated RNA processing in muscle (C2C12) and neuronal (NSC34) mouse cells. TDP-43 displays a cell-type-characteristic behaviour targeting unique transcripts in each cell-type, which is due to characteristi
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The biological mechanisms through which most nonprotein-coding genetic variants affect disease risk are unknown. To investigate gene-regulatory mechanisms, we mapped blood gene expression and splicing quantitative trait loci (QTLs) through bulk RNA sequencing in 4,732 participants and integrated protein, metabolite and lipid data from the same individuals. We identified cis-QTLs for the expression of 17,233 genes and 29,514 splicing events (in 6,853 genes). Colocalization analyses revealed 3,430 proteomic and metabolomic traits with a shared association signal with either gene expression or sp
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Alternative splicing expands proteomic diversity and is tightly regulated by splicing factors, including the serine/arginine-rich (SR) protein family. Here, we analyze the poorly characterized protein SRSF12. Although SRSF12 is conserved across vertebrates, it is lowly expressed in most mammals, and we find that SRSF12 knockout mice do not display overt physiological or transcriptomic alterations. In contrast, SRSF12 is more highly expressed in primates, where it is predominantly transcribed in the testes, oocytes, and brain. SRSF12 colocalizes with other splicing components to nuclear speckle
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Myotonic dystrophy (DM) is caused by expanded CTG/CCTG repeats, causing symptoms in skeletal muscle, heart, and central nervous system (CNS). CNS issues are debilitating and include hypersomnolence, executive dysfunction, white matter atrophy, and neurofibrillary tangles. Here, we generate RNA-seq transcriptomes from DM and unaffected frontal cortex and identify 130 high-confidence splicing changes, most occurring only in cortex, not skeletal muscle or heart. Mis-spliced exons occur in neurotransmitter receptors, ion channels, and synaptic scaffolds, and GRIP1 mis-splicing modulates kinesin as
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Progressive loss of muscle mass and function due to muscle fiber atrophy and loss in the elderly and chronically ill is now defined as sarcopenia. It is a major contributor to loss of independence, disability, need of long-term care as well as overall mortality. Sarcopenia is a heterogenous disease and underlying mechanisms are not completely understood. Here, we newly identified and used Tmem158, alongside Cdkn1a, as relevant senescence and denervation markers (SDMs), associated with muscle fiber atrophy. Subsequent application of laser capture microdissection (LCM) and RNA analyses revealed
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования