A chromosome-level Bourbon assembly revealed that protein-coding homeologs are predominantly co-regulated between subgenomes. In contrast, intergenic lncRNAs display a modest, but statistically consistent bias toward subgenome E across diverse developmental and stress contexts. Coffea arabica is an allotetraploid species derived from natural hybridization between C. canephora and C. eugenioides, which contributed the C and E subgenomes, respectively. This genomic origin poses major challenges for genome assembly, annotation, and the interpretation of gene regulation. In this study, a high-qual
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The transcription factor GATA4 is a key mediator of cardiogenesis, regulating this process through the expression of downstream target genes, only a subset of which have been identified. Using a gain-of-function model based on pluripotent ectoderm explants from Xenopus embryos expressing GATA4, we identified a set of GATA4 targets that are also regulated by cardiogenic Nodal signalling. GATA4 was shown to be required for the expression of the target genes tbx2 and prdm1, both of which were subsequently found to have roles of their own in vivo, as downregulation of tbx2, a positive target, and
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Single-cell multi-omics technologies profile multiple molecular layers in individual cells, but existing methods often struggle to integrate transcriptomic, proteomic, and epigenomic measurements into an interpretable representation while preserving relationships among cells. Here, we present the single-cell multi-omics adversarial graph convolutional autoencoder (scMAGCA), which constructs cell graphs and uses adversarial alignment to learn interpretable shared embeddings that capture cellular heterogeneity and regulatory complexity. Across diverse datasets, scMAGCA outperforms existing metho
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Precise and scalable control of gene expression across biological contexts remains a fundamental challenge in synthetic biology and therapeutic development, and massively parallel reporter assays (MPRAs) have emerged as a transformative platform for systematically interrogating cis-regulatory elements (CREs) and enabling high-throughput and quantitative dissection of sequence-dependent transcriptional activity to address this challenge. Beyond their original role in empirical characterization, the convergence of barcoded MPRA technologies with deep learning-based modeling has substantially exp
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Metabolic dysfunction-associated steatohepatitis (MASH) is characterized by lipotoxic hepatocellular injury, inflammation, and fibrosis, with excess hepatic cholesterol contributing to disease pathogenesis. While the SCAP-INSIG-SREBP2 pathway classically regulates cholesterol biosynthetic gene expression via sterol sensing at the endoplasmic reticulum, the epigenetic mechanisms coupling cellular sterol status to gene expression remain unclear. Here, we investigated the role of sirtuin 6 (SIRT6), a nuclear histone deacetylase, in sterol-induced feedback regulation of cholesterol biosynthetic ge
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The CD161 protein encoded by the killer cell lectin-like receptor subfamily B member 1 (KLRB1) gene is a key immunoregulatory molecule, primarily expressed in natural killer (NK) cells and specific T cell subsets, playing a significant role in tumors and various immune-related diseases. With the application of multi-omics big data and single-cell sequencing technologies, the mechanisms by which KLRB1 functions in tumorigenesis, progression, and immune microenvironment regulation are becoming increasingly clear. This paper elucidates the mechanism by which KLRB1 mediates immune activation and i
СтатьяОбзорПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
In brief: Activation of ER signaling during spermatogenesis in rats alters sperm epigenetic marks and decreases male fertility. This study shows that altered sperm DNA methylation marks can be transmitted to the developing embryo and impede its development, thereby contributing to decreased male fertility. Abstract: Activation of estrogen receptors (ER) signaling in adult male rats leads to subfertility, and whole-genome bisulfite sequencing revealed large-scale genome-wide changes in sperm DNA methylation. In this study, we further probed the developmental consequences of altered sperm methyl
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
In the canonical model of VDJ recombination, a single diversity (D) gene is incorporated into the complementarity-determining region 3 (CDR3) to produce a T cell receptor δ (TCRδ; TRD) or TCRβ (TRB) chain. But by constructing a dataset of more than 2.7 million TRD CDR3 sequences from 6 species (human, mouse, cattle, sheep, naked mole-rat, and rabbit), we found that incorporation of more than one D gene in the same CDR3 is strikingly high and evolutionarily conserved in the TRD CDR3, while remaining minimal in the TRB CDR3. These high frequencies are favored by TRD locus architecture and config
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
UNLABELLED: Stable intercellular bridges that form through incomplete cytokinesis are present in a wide variety of cell types but their function in somatic cell differentiation is not well understood. Using super-resolution confocal microscopy, we identified a stepwise process of ring canal development in the follicle cells of the Drosophila ovary. Using a custom-trained deep learning model to aid in 3D image segmentation and follicle cell quantification, we found that ring canals are more heterogeneous at the early prefollicle stages compared to the more differentiated later stages. In additi
СтатьяПрепринтПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Total intravenous anaesthesia (TIVA) has many advocates and offers potential benefits, yet the direct costs of this technique are commonly greater than those of inhalation-based alternatives. Although many advantages are claimed for TIVA, in reality all modern anaesthetics are effective and have good safety and tolerability profiles, rendering these differences of less importance now than was perhaps once the case. The majority of direct comparisons between inhaled and intravenous anaesthetics have failed to demonstrate significant differences in recovery times, yet they have consistently show
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The actin polymerization machinery, comprising the ARP2/3 complex and its activators, the WASP family proteins, has been implicated in regulating a broad spectrum of nuclear processes, such as transcriptional regulation and nuclear organization. Here, using clustered protocadherin (cPcdh) and β-globin genes as model systems, we showed that WAVE2, a member of the WASP family, regulates chromatin organization by maintaining heterochromatin dynamics. Specifically, by CRISPR DNA-fragment editing, in conjunction with integrated analyses of ChIP-seq, MeDIP-seq, ATAC-seq, QHR-4C, and RNA-seq, we show
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Fluorescent labeling is a powerful tool in microbiology allowing live cell imaging and providing insights into dynamic cellular processes, quantification of gene expression, and protein subcellular localization. Although multicolor imaging is widely used in Streptococcus pneumoniae and S. mutans, this is less common in other streptococcal species. To address this gap in the streptococcal molecular toolbox, we benchmarked five different fluorescent proteins. They were fused to the C-terminus of S. pneumoniae HlpA, a small non-specific DNA binding histone-like protein. These reporters, combined
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Malaria-causing Plasmodium parasites are transmitted by some Anopheles mosquito species. The genetic and immunity basis for vector competence, the mosquitoes' intrinsic ability to transmit pathogens, has been extensively studied in major vectors such as Anopheles gambiae and Anopeles stephensi. In An. gambiae, Lola-type motifs were identified in immunity-related cis-regulatory elements; the Lola transcription factor is known to be involved in Drosophila development. Here, the potential role of lola in mosquito antimicrobial defence was investigated in Anopheles albimanus, a malaria vector in t
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Grain chalkiness is an undesirable trait that significantly compromises rice quality, attracting considerable attention from both consumers and breeders. In this study, we characterized the role of the autophagy-related gene OsATG4b in rice grain development. OsATG4b was predominantly expressed in the endosperm. Compared with wild-type plants, OsATG4b-overexpressing lines exhibited significantly reduced grain chalkiness, whereas OsATG4b knockout mutants displayed a marked increase in chalkiness. Importantly, OsATG4b had no significant effect on other major agronomic traits. Ultrastructure anal
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Apoptosis is a common host response to virus infection. The extent and timing of apoptosis following infection is controlled by the balance between the strength of signals that activate death-inducing and survival-promoting pathways in cells. In many cell types, infection with mammalian orthoreovirus (reovirus) results in induction of cell death by apoptosis late in infection. In this study, we uncovered that WD repeat-containing protein 81 (WDR81) is required for apoptosis induction after reovirus infection. The requirement for WDR81 for apoptosis induction is not unique to reovirus because c
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
INTRODUCTION: Recent studies emphasize the role of immune dysregulation and inflammation in endometriosis (ES). While hormonal therapy remains the primary treatment, emerging research is exploring synergistic approaches that target inflammation. In this study, we investigate the potential of H1-antihistamines (H1-As) in ES management from a gene-regulation viewpoint.
METHODS: We perform differential gene expression analysis on two gene-sequencing datasets from ES patients, with a primar focus on inflammatory signaling [nuclear factor-kappa B (NF-κB), tumor necrosis factor (TNF), and cytokine-
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The human fungal pathogen Candida glabrata is closely related to the budding yeast Saccharomyces cerevisiae. The sexual cycle in S. cerevisiae has been extensively characterized. Haploid cells 'a' and alpha secrete pheromones involved in mating of the opposite cell type leading to the formation of a diploid cell. Under harsh conditions, diploid cells undergo meiosis for the formation of four haploid spores. In C. glabrata, cells are also found as 'a' and alpha and this organism possesses most S. cerevisiae homologous genes involved in meiosis and mating. However, mating has never been observed
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Determining the genetic variations of candidate genes in affected subjects will help identify early pathological biomarkers of Alzheimer's disease (AD) and develop effective treatments. It has recently been found that some genes that are linked share an increase in intron retention (IR). In this review, we discuss a few instances of mRNA-IR in various genes linked to AD, including APOE, MAPT-Tau, Psen2, Farp1, Gpx4, Clu, HDAC4, Slc16a3, and App genes. These genes are vulnerable to IR, encompassing additional crucial proteins for brain functionality, but they are frequently involved in pathways
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
It has been more than 20 years since the AIRE gene was discovered. The mutations in the AIRE gene cause a rare and life-threatening autoimmune disease with severe manifestations against a variety of organs. Since the identification of the AIRE gene in 1997, more than two decades of investigations have revealed key insights into the role of AIRE and its mode of action. These studies have shown that AIRE uniquely induces the expression of thousands of tissue-restricted self-antigens in the thymus. These self-antigens are presented to developing T cells, resulting in the deletion of the self-reac
СтатьяОбзорПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: The progression of ischemic heart disease results from various forms of cardiomyopathies, which begin with cardiac remodelling. Pyruvate Dehydrogenase Kinase 1 (PDK1) is one of the basic kinase family components responsible for oxidative phosphorylation. However, due to the lack of a suitable research model, there is no evidence that remodelling pathogenesis in humans causes death by PDK1 knockout (KO). In the current study, we established a PDK1-deficient human cardiomyocyte (CM) model under conditions imitating the human PDK1-KO model. We determined the role of PDK1 in myocardial
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования