A multifunctional plant growth-promoting bacterial strain designated as B8 was isolated from the rhizosphere soil of tobacco under continuous cropping. According to morphological, biochemical, and physiological characteristics, and supported by genomic phylogenetic analysis, the strain was identified as Priestia aryabhattai. Phenotypic assays showed that B8 exhibits multiple plant growth-promoting traits, including indole-3-acetic acid (IAA) production, phosphate and potassium solubilization, and siderophore production. Whole-genome sequencing and functional annotation revealed that the genome
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
We report the whole-genome sequence of the multidrug-resistant Raoultella ornithinolytica strain w67, isolated from wastewater influent in Laramie, Wyoming, USA. The genome harbors blaCTX-M-15, blaOXA-1,blaTEM-1, along with additional antibiotic resistance genes and multiple virulence factors, offering genomic insights into the resistance mechanisms and pathogenic potential.
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Calotropis gigantea produces specialized secondary metabolites known as cardenolides, which have anticancer and antimalarial properties. Although transcriptomic studies have been conducted in other cardenolide-producing species, no nuclear genome assembly for an Asterid cardenolide-producing species has been reported to date. A high-quality de novo assembly was generated for C. gigantea, representing 157,284,427 bp with an N50 scaffold size of 805,959 bp, for which quality assessments indicated a near complete representation of the genic space. Transcriptome data in the form of RNA-sequencing
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Breeding programs increasingly need prediction systems that support reliable candidate selection across heterogeneous environments, which makes cross-environment genomic prediction an important component of multienvironment crop improvement. However, model evaluation still relies heavily on Pearson's correlation coefficient (r), a global summary that may not fully capture which top-ranked candidates would be advanced. Using maize and switchgrass datasets as focused case studies, we compared global predictive ability with phenotype-referenced candidate diagnostics across within-environment and
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The rapid growth of the plant-based meat analogues (PBMAs) market has sparked interest in its nutritional and environmental benefits, yet the microbial safety and spoilage dynamics of these products remain poorly characterized. In this study we isolated 60 lactic acid bacteria (LAB) from soy- (SBM) and pea-based meat (PBM) products stored at 4 °C or 22 °C until spoilage and performed whole-genome sequencing to characterize their phylogeny, metabolic capacity, and secondary-metabolite profiles. Phylogenomic analysis revealed that Latilactobacillus curvatus and Latilactobacillus sakei dominated
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Staphylococcus epidermidis (Se) is commonly regarded as a commensal organism; however, under specific conditions, it may act as an opportunistic pathogen. Here, we report the whole-genome sequencing and comparative genomic analysis of Se strain 252 (Se252), isolated from the rhizosphere of an endemic Brazilian plant. RESULTS: Se252 exhibits a unique repertoire of genes associated with environmental adaptation and virulence. These include two putative Type VII secretion system (T7SS) effectors and thirteen proteins involved in adhesion, toxin production, and immune evasion—among the
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Wastewater treatment plants (WWTPs) are considered hotspots for the environmental dissemination of antimicrobial resistance (AMR) determinants. Vancomycin-Resistant Enterococcus (VRE) are candidates for gauging the degree of AMR bacteria in wastewater. Enterococcus faecalis and Enterococcus faecium are recognized indicators of fecal contamination in water. Comparative genomics of enterococci isolated from conventional activated sludge (CAS) and biological aerated filter (BAF) WWTPs was conducted.
RESULTS: VRE isolates, including E. faecalis (n = 24), E. faecium (n = 11), E. cassel
Сравнительное исследованиеСтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Pseudomonas chlororaphis HT66, a plant growth-promoting rhizobacterium that produces phenazine-1-carboxamide with high yield, was compared with three genomic sequenced P. chlororaphis strains, GP72, 30-84 and O6. The genome sizes of four strains vary from 6.66 to 7.30 Mb. Comparisons of predicted coding sequences indicated 4833 conserved genes in 5869-6455 protein-encoding genes. Phylogenetic analysis showed that the four strains are closely related to each other. Its competitive colonization indicates that P. chlororaphis can adapt well to its environment. No virulence or virulence-related fa
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Extraction of intact quality DNA from plant tissues, especially those rich in secondary metabolites, is often challenging. Literally, hundreds of different DNA isolation protocols from various plant species have been published over the last decades. Although many commercial DNA isolation kits are convenient and designed to be safe, their cost and availability cause limitations in small molecular labs in many developing countries. In nearly all protocols and DNA isolation kits, phenol and chloroform are used to precipitate various classes of impurities. However, phenol is partially soluble in w
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Many biological processes are controlled by intricate networks of transcriptional regulators. With the development of microarray technology, transcriptional changes can be examined at the whole-genome level. However, such analysis often lacks information on the hierarchical relationship between components of a given system. Systemic acquired resistance (SAR) is an inducible plant defense response involving a cascade of transcriptional events induced by salicylic acid through the transcription cofactor NPR1. To identify additional regulatory nodes in the SAR network, we performed microarray ana
СтатьяПоддержка правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Specialized metabolism plays a central role in mediating ecological interactions and adaptive responses in plants, while leaving enduring signatures in genome structure and evolution. Here, we synthesize advances in genomics, biochemistry, and evolutionary biology into a metabolite-driven genetic diversification (MGD) framework, in which metabolite chemistry biases the generation, retention, and reuse of genetic variation. When metabolic flux produces reactive, inhibitory, or otherwise costly intermediates, pathways handling these liabilities recurrently recruit gene dosage changes, duplicatio
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
A major bottleneck in genome editing of many perennial plants is their recalcitrance to transformation and regeneration. To boost genome editing in such perennial crops, transcriptional reprogramming of morphogenic genes is introduced by CRISPR-Combo, a versatile system for simultaneous genome editing and transcriptional activation in plant cells. In potato, we screen 17 morphogenic genes and identify 4 genes (WOX11/12, ARF5, ABI3-1, and ABI3-2) that promote regeneration of genome-edited hairy roots, and 3 of the 4 genes are also found to boost shoot regeneration by Agrobacterium-mediated stab
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The root-lesion nematode Pratylenchus vulnus parasitizes a wide range of hosts, including woody perennials such as walnut (Juglans regia) and grapevine (Vitis vinifera), significantly damaging roots and reducing yields. Here, we present a high-quality, chromosome-level genome assembly of P. vulnus (61.7 Mb across six chromosomes). Comparative genomic analysis revealed high collinearity in protein-coding genes between P. vulnus and the root-knot nematode included in this analysis, Meloidogyne graminicola, indicating a close evolutionary relationship between these genera of plant parasites. Larg
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Developing climate-smart crops with enhanced crop productivity, nutritional quality, resistance to biological and environmental stressors is vital for global food security. While hybrid breeding forms the cornerstone of modern crop improvement, conventional breeding approaches are limited by genetic barriers and prolonged breeding cycles. CRISPR-Cas based genome editing has revolutionized plant biology by allowing precise, efficient, and multiplex genetic modifications. This review provides a comprehensive synthesis of a recent advances in CRISPR-Cas technologies and their strategic applicatio
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Transposable elements are mobile sequences that can move and insert themselves into chromosomes, activating under internal or external stimuli, giving the organism the ability to adapt to the environment. Annotating transposable elements in genomic data is currently considered a crucial task to understand key aspects of organisms such as phenotype variability, species evolution, and genome size, among others. Because of the way they replicate, LTR retrotransposons are the most common transposable elements in plants, accounting in some cases for up to 80% of all DNA information. To annotate the
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Plastids are descended from a cyanobacterial symbiosis which occurred over 1.2 billion years ago. During the course of endosymbiosis, most genes were lost from the cyanobacterium's genome and many were relocated to the host nucleus through endosymbiotic gene transfer (EGT). The issue of how many genes were acquired through EGT in different plant lineages is unresolved. Here, we report the genome-wide frequency of gene acquisitions from cyanobacteria in 4 photosynthetic eukaryotes--Arabidopsis, rice, Chlamydomonas, and the red alga Cyanidioschyzon--by comparison of the 83,138 proteins encoded i
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The filamentous fungus Penicillium rubens is well known as an industrial host for producing penicillin and also used as a promising chassis for secondary metabolite biosynthesis. Chromosomal position effect significantly influences the functional implementation of exogenous genetic modules, but it remains underexplored in filamentous fungi such as P. rubens. In this study, a PiggyBac (PB) transposon-mediated mutagenesis library was constructed in P. rubens. High-throughput sequencing confirmed a broadly distributed with moderate local hopping of PB insertions across this fungal genome. To char
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The Yao ethnomedicine "Xiaobai-beifeng" uses Aeschynanthus acuminatus, yet its chloroplast genome was uncharacterized. We report the first complete chloroplast genome (153,158 bp), a typical quadripartite structure encoding 125 unique genes. Phylogenomic analysis places A. acuminatus as sister to Lysionotus. This study provides a genomic resource for molecular identification and conservation of this medicinal plant.
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: The growing need for sustainable farming methods has led to increased efforts to understand plant-beneficial microbes that can serve as alternatives to chemical fertilizers and pesticides. Among these, bacteria from the Pseudomonas chlororaphis group have emerged as particularly promising candidates due to their metabolic versatility and ability to produce a diverse arsenal of bioactive compounds. RESULTS: In this study, we conducted an extensive comparative genomic analysis of two Pseudomonas chlororaphis strains, FS-2 (endophytic) and RP-4 (rhizoplane-associated), to explore thei
СтатьяСравнительное исследованиеПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Elcysma westwoodi is a major pest of cherry trees (Rosaceae), which contain high levels of cyanogenic glucosides that release toxic hydrogen cyanide upon tissue damage. To investigate the genomic basis of host-plant cyanogenic glucoside detoxification and the evolution of chemical defence genes, we generated a PacBio HiFi-based genome assembly of E. westwoodi. The final assembly spans 460.62 Mb with high contiguity (contig N50 > 15 Mb) and near-complete recovery of conserved genes (99.6% BUSCO completeness). We predicted 19,502 protein coding genes, with annotation completeness reaching 95.2%
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования