PAR-CLIP is a widely used method for identifying binding sites of RNA-binding proteins (RBPs) transcriptome-wide. A characteristic T-to-C transition in the sequenced complementary DNA pinpoints the site of RBP-RNA crosslinking and is induced by the use of a photoreactive uridine analogue, 4-thiouridine (4SU). As with other system-wide methods, PAR-CLIP, too, is prone to false discoveries, as the T-to-C signal might result from systematic noise, pre-existing SNPs, and polymerase chain reaction errors. Therefore, rigorous statistical methods are required for analyzing PAR-CLIP data. The few exis
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
FLT3-internal tandem duplication measurable residual disease testing for patients in remission from acute myeloid leukemia is now recommended by the recently updated clinical standard-of-care guidelines. This companion technical note provides important laboratory and clinical recommendations regarding such testing.
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The assembly of plant mitochondrial genomes presents unique challenges due to difficulties in isolating mitochondrial DNA (mtDNA) and plant mitochondrial genome characteristics, such as low interspecific conservation; sequence sharing among mitochondrial, nuclear and plastid DNAs; and complex structural variations. Our laboratory has sequenced and assembled a dozen plant mitochondrial genomes, testing various strategies and identifying numerous assembly issues. This review compared the advanced methods and tools for plant mitochondrial genome assembly, categorizing assembly algorithms into thr
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Tissue availability is often a limiting factor in obtaining comprehensive genomic profiling to identify actionable oncogenic drivers in tumors from patients with cancer. The utility of performing complementary DNA and RNA sequencing to better identify targetable gene fusions was previously reported. Here, we report our experience using RNA recovered from lysate material, following DNA extraction, to perform targeted RNA sequencing and identify gene fusions and oncogenic transcript variants in a large cohort of patients with solid tumors. To validate this approach, RNA-sequencing results of lys
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Dual RNA-sequencing (dual RNA-seq) holds significant promise for deciphering bacterial virulence mechanisms during systemic infections. However, its application in sepsis research is hindered by technical challenges, including a low bacterial burden in blood and limited sample volumes and RNA yield from vulnerable populations, such as neonates. We developed an optimized protocol [dual RNA isolation from blood (DRIB)] for simultaneous stabilization, isolation and purification of high-quality host leukocyte and bacterial RNA from low-volume whole blood samples (0.5 ml). This protocol is compatib
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: The RNA virosphere's extensive diversity and its role in emerging infectious diseases underscore the importance of non-targeted sequencing for identifying unknown or rare pathogens, including co-infections. However, enriching low-abundance viral sequences in RNA metaviromics, particularly in the preparation of cDNA libraries and their compatibility with next-generation sequencing (NGS) and third-generation sequencing (TGS), remains challenging. Therefore, our objective is to develop and systematically assess a practical RNA metavirome methodology specifically tailored for the enric
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
UNLABELLED: Burkholderia pseudomallei (Bp) is a gram-negative bacterium found in soil and surface water. It is also the pathogen that causes melioidosis disease in humans and animals. This study aimed to obtain the whole genome sequence of the endemic strain of Bp in Hainan, using third-generation sequencing (TGS) technology, and elucidate the genome structure, function, and genetic evolution. Additionally, the study aimed to achieve rapid and specific identification of these endemic strains using specific high-sensitivity enzymatic reporter unlocking (SHERLOCK) detection technology, providing
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The novel HLA-B*18:243 allele, first described in a potential bone marrow donor from Brazil.
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The novel HLA-DRB1*03:215 allele, first described in a potential bone marrow donor from Brazil.
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Cytogenetic information about the product of conception (POC) is important to determine the presence of recurrent chromosomal abnormalities that are an indication for preimplantation genetic testing for aneuploidy or structural rearrangements. Although microscopic examination by G-staining has long been used for such an evaluation, detection failures are relatively common with this method, due to cell-culture-related issues. The utility of low-coverage whole-genome sequencing (lcWGS) using short-read next-generation sequencing (NGS) has been highlighted recently as an alternative cytogenomic a
СтатьяСравнительное исследованиеПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Differences of sex development (DSDs) are a heterogeneous group of congenital conditions in which chromosomal, gonadal, or anatomical sex does not match. The broad spectrum of phenotypes associated with DSDs requires accurate diagnosis, which influences the care and quality of life of affected patients. The decreasing costs of next-generation sequencing (NGS) and international research collaborations in rare diseases have allowed the identification of new genes associated with DSDs. Recently, Hughes et al. in 2020 reported the association of loss-of-function (LoF) variants in PPP1R12A with mor
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Cross-species post-transcriptional regulatory potential of plant derived small non-coding microRNAs (miRNAs) has been well documented by plenteous studies. MicroRNAs are transferred to host cells via oral ingestion wherein they play a decisive role in regulation of host genes; thus, miRNAs have evolved as the nascent bioactive molecules imparting pharmacological values to traditionally used medicinal plants. The present study aims to investigate small RNA profiling in order to uncover the potential regulatory role of miRNAs derived from Andrographis paniculata, one of the most widely used herb
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Hereditary repeat diseases are caused by an abnormal expansion of short tandem repeats in the genome. Among them, spinocerebellar ataxia (SCA) is a heterogeneous disease, and currently, 16 responsible repeats are known. Genetic diagnosis is obtained by analyzing the number of repeats through separate testing of each repeat. Although simultaneous detection of candidate repeats using current massively parallel sequencing technologies has been developed to avoid complicated multiple experiments, these methods are generally expensive. This study developed a cost-effective SCA repeat panel [Flongle
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Structural variation (SV), which ranges from 50 bp to [Formula: see text] 3 Mb in size, is an important type of genetic variations. Deletion is a type of SV in which a part of a chromosome or a sequence of DNA is lost during DNA replication. Three types of signals, including discordant read-pairs, reads depth and split reads, are commonly used for SV detection from high-throughput sequence data. Many tools have been developed for detecting SVs by using one or multiple of these signals.
RESULTS: In this paper, we develop a new method called EigenDel for detecting the germline submi
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Hereditary spastic paraplegia refers to rare genetic neurodevelopmental and/or neurodegenerative disorders in which spasticity due to length-dependent damage to the upper motor neuron is a core sign. Their high clinical and genetic heterogeneity makes their diagnosis challenging. Multigene panels allow a high-throughput targeted analysis of the increasing number of genes involved using next-generation sequencing. We report here the clinical and genetic results of 1550 index cases tested for variants in a panel of hereditary spastic paraplegia related genes analysed in routine diagnosis. A caus
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Adequate access to fresh or frozen normal adrenal tissue has been a primary limitation to the enhanced characterization of the adrenal zones via RNA sequencing (RNAseq). Herein, we describe the application of targeted RNAseq to formalin-fixed paraffin-embedded (FFPE) normal adrenal gland specimens. Immunohistochemistry (IHC) was used to visualize and guide the capture of the adrenocortical zones and medulla. Following IHC-based tissue capture and isolation of RNA, high-throughput targeted RNAseq highlighted clear transcriptomic differences and identified differentially expressed genes among th
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Ureteral stents are commonly used medical devices that harbor a unique and patient-specific microbial community. This protocol describes an optimized procedure for high-quality DNA extraction from both urine and ureteral stent samples for the purpose of downstream microbiota characterization by amplicon sequencing. Detailed instruction is provided for 16S rRNA gene V4 region sequencing with the Illumina platform, which enables accurate and reproducible microbiota profiling of low bacterial abundance urine and stent samples. For complete details on the use and execution of this protocol, please
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
In the current genomic era, knowledge of diversity of Leptospira, the spirochetal agents of leptospirosis, is changing rapidly. Next-generation sequencing has decreased in price and increased in scale, with the potential to democratize large-scale analysis of pathogens in resource-limited, low/middle-income (LMIC) regions. Consequently, the molecular classification of Leptospira, a pathogen disproportionately affecting LMIC countries, has changed dramatically over the last decade. Leptospira classification and molecular understandings of pathogen diversity have rapidly evolved, now most precis
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Dickeya solani is an important plant pathogenic bacterium causing severe losses in European potato production. This species draws a lot of attention due to its remarkable virulence, great devastating potential and easier spread in contrast to other Dickeya spp. In view of a high need for extensive studies on economically important soft rot Pectobacteriaceae, we performed a comparative genomics analysis on D. solani strains to search for genetic foundations that would explain the differences in the observed virulence levels within the D. solani population.
RESULTS: High quality ass
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Transposons are elements widely dispersed among organisms which are able to move and replicate fragments of genomes. The extensive variability in transposons present in most organisms requires extensive identification and interpretation of the resulting transposon mutants after transposon mutagenesis. However, much of this is reliant on utilizing randomness characteristics of transposon to identify essential genes for the organism of interest. Integration of the transposon mutant approach with commercialized next-generation sequencing (NGS) technology has helped to advance transposon identific
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования