Predicting protein-protein binding free energy (ΔG) from structure remains a central challenge in computational biophysics. Here, we present GULP (Graph-based Unified Learning for Protein binding), a graph neural network (GNN) that jointly learns from a residue-level graph representation of the binding interface and global physicochemical descriptors. We systematically investigate how training data distribution affects model performance by comparing a full training set with a balanced subset enriched for extreme-affinity complexes. GULP is computationally efficient and provides interpretable i…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Mindbomb protein 2 (MIB2) is an E3 ubiquitin ligase that plays critical roles in immune regulation, inflammation, apoptosis, and cancer progression. Recent studies identified MIB2 as a host factor that binds Ebola virus (EBOV) protein VP35 (eVP35). Disruption of MIB2-VP35 binding diminishes EBOV-induced cytotoxicity, but the molecular basis of this interaction remains incompletely defined. How MIB2 function is regulated by eVP35 is not well understood. Here, we use biophysical and mass spectrometry (MS)-based approaches, including crosslinking-MS (XL-MS) and hydrogen-deuterium exchange-MS (HDX
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The lytic bacteriophage T4 employs multiple phage-encoded early proteins to takeover the Escherichia coli host. However, the functions of many of these proteins are not known. In this study, we have characterized the T4 early gene motB, located in a dispensable region of the T4 genome. We show that heterologous production of MotB is highly toxic to E. coli, resulting in cell death or growth arrest depending on the strain and that the presence of motB increases T4 burst size 2-fold. Previous work suggested that motB affects middle gene expression, but our transcriptome analyses of T4 motBam vs.
СтатьяResearch Support, N.I.H., IntramuralПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Heteroclitic monoclonal antibodies are characterized by the ability to bind multiple epitopes with little or no similarity. Such antibodies have been reported earlier, but insight into to the molecular basis of this propensity is limited. Here we report that the KIM185 antibody to human CD18 reacts with the plasma protein C4b-binding protein (C4BP). This was revealed during affinity purification procedures where human serum was incubated with surfaces coated with monoclonal antibodies to CD18. Other monoclonal antibodies to CD18 (KIM127 and TS1/18) showed no such interaction with C4BP. We cons
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
YY1 is a multifunctional transcription factor implicated in both positive and negative regulation of gene expression as well as in initiation of transcription. We show that YY1 is ubiquitously expressed in growing, differentiated, and growth-arrested cells. The protein is phosphorylated and has a half-life of 3.5 h. To define functional domains, we have generated a large panel of YY1 mutant proteins. These were used to define precisely the DNA-binding domain, the region responsible for nuclear localization, and the transactivation domain. The two acidic domains at the N terminus each provide a
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Several types of radioactive isotopes are used for cancer treatment. While most are embedded in chelating agents, 223Ra is given as RaCl2 salt and 90Y in microspherical particles. If ionic radionuclides are free, they have the potential to bind to proteins instead of their endogenous ions, interfere with their activity and be transported by them. In this study, a computational approach was used to estimate the binding affinities of Y3+, Ra2+ and Pb2+ (207Pb is the decay product of 223Ra) to proteins, instead of their native cofactors Ca2+ and Mn2+. Y3+ was found to bind strongly to proteins wi
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Sulfonamides are one of the most important pharmacophores in medicinal chemistry, and sulfonamide analogues have gained substantial interest in recent years. However, the protein interactions of sulfonamides and especially of their analogues are underexplored. Using FKBP12 as a model system, we describe the synthesis of optically pure sulfenamide, sulfinamide, and sulfonimidamide analogues of a well characterized sulfonamide ligand. This allowed us to precisely determine the binding contributions of each sulfonamide oxygen atom and the consequences of nitrogen replacements. We also present hig
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Age-related macular degeneration (AMD) is one of the leading causes of blindness in the industrialized world, affecting over 8 million patients in the United State alone. While the wet (exudative) form of the disease is treated with intraocular injections, there are currently no approved therapies available for the dry (non-exudative) form of the disease which often affects both eyes in patients with AMD. Current research has focused on developing drugs that can be injected into the eye, but the treatment burden associated with monthly injections limits the effectiveness of this approach. Henc
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Tyrosinase-related protein 1 (TYRP1) is one of the three human melanogenic enzymes involved in the biosynthesis of melanin, a pigment responsible for the color of the skin, hair, and eyes. It shares high sequence identity with tyrosinase, but has two zinc ions in its active site rather than two copper ions as in tyrosinase. Typical tyrosinase inhibitors do not directly coordinate to the zinc ions of TYRP1. Here, we show, from an X-ray crystal structure determination, that phenylthiourea, a highly potent tyrosinase inhibitor, does neither coordinate the active site zinc ions, but binds differen
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Although mechanical ventilation is often lifesaving, it can also cause injury to the lungs. The lung injury is caused by not only high pressure and mechanical forces but also by inflammatory processes that are not fully understood. Heparin-binding protein (HBP), released by activated granulocytes, has been indicated as a possible mediator of increased vascular permeability in the lung injury associated with trauma and sepsis. We investigated if HBP levels were increased in the bronchoalveolar lavage fluid (BALF) or plasma in a pig model of ventilator-induced lung injury (VILI). We
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
OBJECTIVE: Vascular smooth muscle cell (SMC) migration is regulated by cytoskeletal remodeling as well as by certain transient receptor potential (TRP) channels, nonselective cation channels that modulate calcium influx. Proper function of multiple subfamily C TRP (TRPC) channels requires the scaffolding protein Homer 1, which associates with the actin-binding protein Drebrin. We found that SMC Drebrin expression is upregulated in atherosclerosis and in response to injury and investigated whether Drebrin inhibits SMC activation, either through regulation of TRP channel function via Homer or th
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Infectious diseases remain a major health problem, where sepsis and other severe infectious diseases are common causes of morbidity and mortality. The importance of early and appropriate treatment of sepsis and severe bacterial infections has been underlined by the successes of measures like the Surviving Sepsis Campaign, among others. Thus, there is a need for clinical and laboratory tools to identify a patient with severe infection early and to distinguish between bacterial and non-bacterial conditions. Heparin-binding protein (HBP) is also called azurocidin, or cationic antimicrobial protei
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАОбзорПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The Borrelia burgdorferi BmpA outer surface protein plays a significant role in mammalian infection by the Lyme disease spirochete and is an important antigen for the serodiagnosis of human infection. B. burgdorferi adheres to host extracellular matrix components, including laminin. The results of our studies indicate that BmpA and its three paralogous proteins, BmpB, BmpC, and BmpD, all bind to mammalian laminin. BmpA did not bind mammalian type I or type IV collagens or fibronectin. BmpA-directed antibodies significantly inhibited the adherence of live B. burgdorferi to laminin. The laminin-
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Pick disease (PiD) is a frontotemporal dementia characterized by frontal and temporal atrophy, neuronal loss, gliosis, ballooned neurons that are positive for alpha-B crystallin and neurofilament, and the presence of tau- and ubiquitin-positive Pick bodies. TAR-DNA binding protein 43 (TDP-43) has been found to be a component of ubiquitinated inclusions in other neurodegenerative diseases, including frontotemporal lobar degeneration with ubiquitinated inclusions and amyotrophic lateral sclerosis. Fifteen cases of PiD were examined using immunohistochemical methods, and 5 cases with both Pick bo
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The sulfur-binding protein of Thiobacillus ferrooxidans ATCC 23270 was investigated. The protein composition of the bacterium's cell surface changed according to the culture substrate. Sulfur-grown cells showed greater adhesion to sulfur than iron-grown cells. The sulfur-grown cells synthesized a 40-kDa surface protein which was not synthesized by iron-grown cells. The 40-kDa protein had thiol groups and strongly adhered to elemental sulfur powder. This adhesion was not disturbed by Triton X-100, which can quench hydrophobic interactions. However, adhesion was disturbed by 2-mercaptoethanol, w
Сравнительное исследованиеСтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Because patients with Kawasaki disease have low serum concentrations of salicylates despite high doses, and because the free (unbound) drug is responsible for the pharmacologic effects of salicylates, we assessed salicylate protein binding in patients with Kawasaki disease. During the acute phase of the disease, protein binding of salicylate in 36 children with Kawasaki disease was 73 +/- 12%, significantly lower than during the subacute phase (90.4 +/- 8.7%; p less than 0.0005). Mean serum albumin concentration was 29.2 +/- 6.4 gm/L during the acute phase and 36.7 +/- 7.8 gm/L during the subs…
Сравнительное исследованиеСтатьяПоддержка службы здравоохранения СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Hybridomas secreting specific monoclonal antibodies against the Pseudomonas aeruginosa ferripyochelin-binding protein (FBP) were isolated. These monoclonal antibodies reacted with FBP in immunoblots of outer membrane preparations from all serotypes of P. aeruginosa. Two of the monoclonal antibodies also reacted with FBP in strains of P. putida, P. fluorescens, and P. stutzeri. These antibodies did not react with outer membranes of P. cepacia, "P. multivorans," P. maltophilia, or other gram-negative organisms. The monoclonal antibodies were opsonophagocytic and blocked the binding of [59Fe]ferr
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The binding of drugs to proteins is an important pharmacokinetic parameter. Many methods are available for the study of drug protein binding phenomena and there are also many ways to interpret the binding data. Although much emphasis has been placed on the binding of drugs in the plasma, binding also takes place in the tissues. Displacement interactions involving plasma or tissue binding sites have been implicated as the causative mechanisms in many drug interactions. However, the importance of plasma binding displacement as a mechanism of drug interactions. However, the importance of plasma b…
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования