High-grade B-cell lymphomas with 11q aberrations (HGBL-11q) represent a World Health Organization-defined group of lymphomas that harbor recurrent chromosome 11q aberrations involving proximal gains and telomeric losses. Although a limited number of HGBL-11q cases evaluated thus far appear to show a similar course and prognosis as Burkitt lymphoma (BL), many molecular differences have been appreciated, most notably the absence of MYC rearrangement. Despite biological differences between BL and HGBL-11q, histomorphologic and immunophenotypic distinction remains challenging. Here, we provide a c
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Mass spectrometry proteomics data are typically evaluated against publicly available annotated sequences, but the proteogenomics approach is a useful alternative. A single genome is commonly utilized in custom proteomic and proteogenomic data analysis. We pose the question of whether utilizing numerous different genome assemblies in a search database would be beneficial. We reanalyzed raw data from the exoprotein fraction of four reference Enterobacterial Repetitive Intergenic Consensus (ERIC) I-IV genotypes of the honey bee bacterial pathogen Paenibacillus larvae and evaluated them against th…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The debilitating disease kala-azar or visceral leishmaniasis is caused by the kinetoplastid protozoan parasite Leishmania donovani. The parasite is transmitted by the hematophagous sand fly vector of the genus Phlebotomus in the old world and Lutzomyia in the new world. The predominant Phlebotomine species associated with the transmission of kala-azar are Phlebotomus papatasi and Phlebotomus argentipes. Understanding the molecular interaction of the sand fly and Leishmania, during the development of parasite within the sand fly gut is crucial to the understanding of the parasite life cycle. Th
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
De novo peptide sequencing enables the identification of a broad repertoire of major histocompatibility complex class I-associated peptides, providing a valuable source of potential immunotherapeutic targets in cancer. Nevertheless, its practical utility remains limited by the absence of robust methods for confidently determining peptide-spectrum matches and interpreting their proteogenomic information. This chapter presents the pXg workflow, designed to comprehensively and reliably identify peptides derived from de novo sequencing in mass spectrometry-based immunopeptidomics, integrated with
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Head and neck squamous cell carcinoma (HNSCC) is a malignant tumor of the upper aerodigestive tract affecting the oral cavity, lips, paranasal sinuses, larynx, and nasopharynx. Proteogenomics combines proteomics and genomics and employs mass spectrometry and high-throughput sequencing technologies to identify novel peptides. The aim of this study was to identify potential protein biomarkers for clinical treatment of HNSCC. To achieve this, we utilized two sets of data, one on proteins from The Cancer Proteome Atlas (TCPA) and the other on gene expression from The Cancer Genome Atlas (TCGA) dat…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Understanding genetic variation associated with differences in plasma protein levels can elucidate human disease mechanisms. Here we demonstrate how untargeted nanoparticle-enriched mass spectrometry (MS)-based plasma proteomics delivers quantitatively and qualitatively different insights compared to two affinity-based assays in a sample of ~1,400 British South Asian individuals. We identify >1,200 significant locus-protein associations (P < 8.7 × 10-12; n = 895 cis-protein quantitative trait loci (pQTLs)), more than half of which have not been reported previously. Cross-platform comparison de
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Small cell lung cancer (SCLC) remains a highly lethal disease with limited targetable surface antigens beyond delta-like ligand 3 (DLL3). We sought to systematically identify and validate tumor-selective cell-surface targets in relapsed SCLC. To this end, we developed an integrated proteogenomic pipeline combining single-cell RNA sequencing, combinatorial optimization, mass spectrometry-based proteomics, and immunohistochemistry to systematically map the SCLC surfaceome of 49 tumors across 25 patients with relapsed SCLC. Using this approach we found claudin-3 (CLDN3) to be a consistently expre
СтатьяПрепринтПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
PURPOSE: Trastuzumab deruxtecan (T-DXd) has improved outcomes in metastatic breast cancer; however, a substantial subset of patients experie … tasis models treated with T-DXd alone or combined with the RAGE inhibitor TTP488.
RESULTS: Spatial proteogenomics revealed recurrent upregulation of S100 family alarmins in resistant tumor regions, associated with activation of a RAGE-centered pro-survival signaling program characterized by ERK, AKT, and STAT3 phosphorylation. Pharmacologic RAGE inhibition enha …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Cancer proteogenomics has revealed that RNA abundance often poorly predicts protein output, highlighting translation as a central determinant of malignant identity. In this issue of JCI, Mishra et al. showed that pharmacologic inhibition of eIF4E cap binding selectively rewired the prostate cancer translatome, suppressing basal keratin translation while promoting luminal features and renewed sensitivity to hormone therapy. More broadly, the study illustrates how tumors exploit selective translation to maintain lineage plasticity, survival, and therapeutic resistance. Targeting translational de…
СтатьяКомментарийПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The 5' mRNA leader regulates translation through its length and upstream open reading frames (uORFs), but its systematic remodeling in cancer remains unclear. We analyzed isoform-weighted 5' leader features across The Cancer Genome Atlas, the Genotype-Tissue Expression transcriptomes and the Clinical Proteomic Tumor Analysis Consortium proteogenomic cohorts. Tumor-associated shifts frequently opposed normal tissue aging trajectories, with the clearest signals in lung adenocarcinoma and lung squamous cell carcinoma. Raw closed-uORF burden defined the sharpest paired-supported lung cores, wherea
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Drought and heat stresses are among the most important environmental constraints limiting maize (Zea mays L.) productivity worldwide. Over t … Particular emphasis is placed on the integration of quantitative proteomics, phosphoproteomics, and proteogenomics as complementary approaches for characterizing stress-responsive molecular networks. We further evaluate current methodological limitations, including the predominance of bottom-up workflows, the underrepresentation of combined-stress studies and re …
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Parkinson's disease (PD) exhibits pronounced sex differences, yet the underlying genetic and molecular mechanisms remain poorly understood. We performed the largest-to-date meta-analysis of sex-stratified genome-wide association studies of PD followed by brain proteogenomics-based causal inference analyses. We nominated 10 candidate proteins that appear important to sex-biased PD risk, of which 2 female-biased, GALC and PSMG1, and 3 male-biased, ACTR1B, WDR41, and CD151, were most robustly prioritized. Together, our findings provide evidence for genetic sex differences in PD, prioritizing sex-…
СтатьяПрепринтПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
PURPOSE: Protein misfolding and aggregation result in proteotoxic stress and underlie the pathogenesis of many diseases. To overcome proteot … immunohistochemistry and we identified their impact on patients' outcomes. We then investigated the proteogenomics signature associated with aggresomes using whole-genome DNA methylation and proteomic analysis to define their role in the pathogenesis of pediatric CPTs.
RESULTS: Aggresomes were detected in 64.2% of samples and were distributed among different pa …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
UNLABELLED: ELIOS (NCT03239340) prospectively compared tumor biopsies obtained pre-treatment and post-progression to characterize acquired resistance mechanisms to first-line osimertinib in epidermal growth factor receptor (EGFR)-mutant advanced non-small cell lung cancer (NSCLC). Of 154 patients enrolled, 52 patients had next-generation sequencing (NGS) results from paired tissue biopsies. The most common acquired alterations at progression were MET amplification (17%), deletion of CDKN2A/CDKN2B (15%) and MTAP (13%), and EGFR C797S (13%). Proteogenomic analysis (n = 32 at baseline and n = 18
Клиническое исследование II фазыСтатьяМногоцентровое исследованиеПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Breast cancer therapy is limited by heterogeneous tumor states and adaptive resistance that may be missed by single-layer biomarkers. This review focuses on the clinically actionable integration of multi-omics in breast cancer, emphasizing therapeutic stratification, response prediction, resistance monitoring, and implementation readiness. We discuss how genomic, epigenomic, transcriptomic, proteomic, metabolomic, spatial, and liquid-biopsy data can be used jointly to infer functional tumor states; how proteogenomics and surfaceomics refine pathway and antibody-drug conjugate (ADC) target inte…
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Coagulation factor V (FV) is a key protein in maintaining the hemostatic balance, with abnormal plasma levels associated with both thrombotic and hemorrhagic conditions. We propose a comprehensive bioinformatic analysis integrating large-scale proteogenomics and transcriptomic data from original and public data sets. We identify a biological fingerprint of 26 new proteins and loci involved in the regulation of plasma FV levels. Furthermore, the messenger RNA expression levels of 10 of these components demonstrate strong correlation in the liver. In addition, we provide experimental evidence fo…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The modifications of transfer RNA (tRNA) add an extra layer of post-transcriptional gene regulation in cancer biology. While translation initiation and termination have been extensively studied, the role of tRNA modifications in elongation remains largely unexplored. These chemical changes, particularly in the anticodon loop, enhance codon–anticodon pairing and translation fidelity, but their impact on cancer, especially breast cancer, is not well defined. We analyzed 73 tRNA modification–related genes across 33 TCGA cancer types and breast cancer subtypes by integrating transcriptomic and pro
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Small proteins, known as microproteins, typically consisting of fewer than 150 amino acids, have recently emerged as a previously unrecognized class of functional genes in biology. Advances in ribosome profiling, proteogenomics, and genome-wide functional screens have revealed that thousands of small open reading frames are actively translated, producing microproteins, some of which regulate essential processes in metabolism, immunity, cancer, and neurodegeneration. These discoveries have challenged long-held assumptions that gene function is confined to large, conserved proteins and have unde…
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Leishmania donovani is a kinetoplastid protozoan parasite which causes the fatal disease visceral leishmaniasis in humans. Genome sequencing … ections have been confirmed by mass spectrometry derived peptide data from our previous comparative proteogenomics study in L. donovani.
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
OBJECTIVE: Postpartum depression (PPD) is one of the most common and debilitating complications of childbirth, yet the candidate proteins linking genetic risk to disease remain poorly defined. Building on recent genome-wide association studies (GWAS), we sought to integrate cross-tissue proteogenomic data to identify candidate proteins for PPD and explore therapeutic opportunities.
METHODS: We conducted two-sample Mendelian randomization (MR) using genome-wide significant cis-protein QTLs from brain (n = 608 proteins), cerebrospinal fluid (CSF; n = 214), and plasma (n = 612). PPD summary stat
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования