The PA gene of the 2009 pandemic H1N1 (pdm09/H1N1) lineage is derived from avian influenza virus (AIV). Together with other polymerase subunits, it enhances the adaptation of avian-origin influenza virus to mammals. However, the functional region of the PA protein remains unclear. Using reverse genetics, we mapped functional domains of pdm09/H1N1 PA in an avian-origin H9N2 canine influenza virus (CIV) background. The N-terminal 169-252 region conferred high intrinsic polymerase activity yet failed to support efficient viral replication alone, revealing a dissociation between catalytic potentia
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
We have studied the relative contribution of inversions, transpositions, deletions, and nucleotide substitutions to the evolution of Chlamydia trachomatis and Chlamydia pneumoniae. The minimal number of rearrangement events required for converting the gene order structure of one genome into that of the other was estimated to 59 +/- 6 events, including 13% inversions, 38% short inversions, and 49% transpositions. In contrast to previous findings, no examples of horizontal gene transfer subsequent to species divergence were identified, nor any evidence for an excessive number of tandem gene dupl
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Fiber autoradiograms prepared from radioactive DNA of diploid skin fibroblasts and lymphocytes from normal adult humans show patterns of replication of chromosomal DNA that are closely similar to those from other mammalian cells. The rate of replication fork movement is 0.64 micrometer/min and 0.42 micrometer/min for fibroblasts and lymphocytes respectively. In both types of cells, replication units show a median length of about 70 micrometer. Replication proceeds bidirectionally from a central origin in most units and adjacents units initiate synthesis synchronously. In skin fibroblasts from
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The Mus81 endonuclease resolves recombination intermediates and mediates cellular responses to exogenous replicative stress. Here, we show t … . Despite an increase in replication initiation frequency, cells lacking Mus81 use the same pool of replication origins as Mus81-expressing cells. Therefore, decelerated DNA replication in Mus81-deficient cells does not initiate from cryptic or latent origins not used during normal growth. These results indicate that Mus81 plays a key role in determining the rate of …
СтатьяResearch Support, N.I.H., IntramuralПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The ATR-Chk1 pathway is critical for DNA damage responses and cell-cycle progression. Chk1 inhibition is more deleterious to cycling cells than ATR inhibition, raising questions about ATR and Chk1 functions in the absence of extrinsic replication stress. Here we show that a key role of ATR in S phase is to coordinate RRM2 accumulation and origin firing. ATR inhibitor (ATRi) induces massive ssDNA accumulation and replication catastrophe in a fraction of early S-phase cells. In other S-phase cells, however, ATRi induces moderate ssDNA and triggers a DNA-PK and Chk1-mediated backup pathway to sup
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Viral quasispecies refers to a population structure that consists of extremely large numbers of variant genomes, termed mutant spectra, mutant swarms or mutant clouds. Fueled by high mutation rates, mutants arise continually, and they change in relative frequency as viral replication proceeds. The term quasispecies was adopted from a theory of the origin of life in which primitive replicons) consisted of mutant distributions, as found experimentally with present day RNA viruses. The theory provided a new definition of wild type, and a conceptual framework for the interpretation of the adaptive
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The functional ori1 of the 5.6kb gonococcal R-plasmid pSJ5.6 contains an A-T rich region followed by four 22bp direct repeats and one 19bp inverted repeat. The replication region of the plasmid also contains a gene encoding for a 39kD RepA protein. We have further assessed the functionality of the replication region in pSJ5.6, an-iteron type plasmid, using in vivo complementation assays in Escherichia coli. A 2.1kb PstI-RsaI fragment containing the ori1 and repA gene of pSJ5.6 was cloned into vector pZErO -2 to obtain pZA-MRR. The pUC origin in pZA-MRR was deleted to render the plasmid dependa
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Proper timing of DNA replication relies on sufficient nucleotide pools and replication machinery. The upstream regulatory programs that supp … transcription of tRNA charging enzymes that sustain translation of a subset of proteins involved in replication origin firing. Consequently, ATF4 inhibition limits nucleotide biosynthesis and replication machinery, thereby disrupting DNA replication timing and leading to leukemia cell differentiation and death. Our findings indicate that ATF4 coordinates metabolic a …
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Reassortant Eurasian avian-like (EA) H1N1 virus, possessing 2009 pandemic (pdm/09) and triple-reassortant (TR)-derived internal genes, namely G4 genotype, has replaced the G1 genotype EA H1N1 virus (all the genes were of EA origin) and become predominant in swine populations in China. Understanding the pathogenicity of G4 viruses in pigs is of great importance for disease control. Here, we conducted comprehensive analyses of replication and pathogenicity of G4 and G1 EA H1N1 viruses in pigs. G4 virus exhibited enhanced replication, increased duration of virus shedding, and caused more severe r
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The spatiotemporal program of metazoan DNA replication is regulated during development and altered in cancers. We have generated novel OK-seq, Repli-seq and RNA-seq data to compare the DNA replication and gene expression programs of twelve cancer and non-cancer human cell types. Changes in replication fork directionality (RFD) determined by OK-seq are widespread but more frequent within GC-poor isochores and largely disconnected from transcription changes. Cancer cell RFD profiles cluster with non-cancer cells of similar developmental origin but not with different cancer types. Importantly, re
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Transcription-replication conflicts (TRCs) drive genomic instability and are linked to tumorigenesis and treatment response. Replication stress exacerbates TRCs, but how cells coordinate transcription and replication to limit these conflicts remains unclear. Here, we identify NONO as a key regulator that maintains transcription-replication balance via BRD4 under replication stress. Replication stress triggers NONO acetylation at K243, enhancing BRD4 binding. On single-stranded DNA, NONO-BRD4 form condensates that block paused RNA polymerase II (RNAP2) release, fine-tuning elongation. NONO loss
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Single-stranded DNA (ssDNA) is used as a readout of replication stress, yet it arises in several contexts. It is a normal intermediate of DNA replication but can accumulate and persist after replication challenges and is also generated by replication-independent processes. These structures differ in strand origin, architecture, biological consequence, and therapeutic response, so ssDNA detection alone rarely identifies the underlying molecular intermediate or how it was generated. Here, we describe the principal sources of replication-associated ssDNA and review how different methods capture d
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Kaposi’s sarcoma-associated herpesvirus (KSHV) belongs to the human gammaherpesvirus subfamily and is associated with malignancies of endothelial origin (Kaposi’s sarcoma, KS) and B-cell origin [primary effusion lymphoma (PEL) and multicentric Castleman’s disease (MCD)]. Viral lytic replication is known to be required for KS and MCD. As KSHV-related tumours mostly develop in human subjects when the immune system is compromised by immunosuppressive regimen, human immunodeficiency virus infection or some genetic deficiencies, KSHV-specific immune responses are believed to be important in the con
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
We have examined mechanisms of recombination in mammalian cells infected with herpes simplex virus type 1 (HSV-1). Amplification of plasmids containing a viral origin of replication, oriS, in cells superinfected with HSV-1 revealed that linear DNA could be efficiently converted to templates for replication. Two distinct pathways were observed: imprecise end joining and nonconservative homologous recombination. We noted that direct repeats of the viral a sequence promoted efficient nonconservative homologous recombination in BHK cells as well as human repair-proficient 1BR.3N cells and xeroderm
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
When the dnaB37 initiation mutant of Bacillus subtilis is returned to a permissive temperature following a period at 45 degrees C, a synchronous round of DNA replication immediately ensues. Using this system we have been able to analyse the first fragments to be replicated while avoiding the use of thymine starvation or inhibitors of DNA replication. Such treatments are necessary to achieve even modest synchrony in germinating spores. Our results showed that the first fragment to be replicated was a 4 kb BamHI-SalI restriction fragment, BS6. In contrast, when the analysis was performed out in
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Staphylococcus simulans biovar staphylolyticus contains five plasmids, designated pACK1-pACK5. Recently, the nucleotide sequences of three of these plasmids, pACK1, pACK3, and pACK4, were reported. In order to complete the characterization of these five plasmids, the nucleotide sequences of the two remaining plasmids, pACK2 (37683 bp) and pACK5 (3191 bp), were determined. pACK5 is comprised of two regions, one with 85% identity at the nucleotide level to a region of pWBG1773 and another region with an ORF that shares no significant similarity to sequences previously described in GenBank. pACK2
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Accurate genome duplication requires tight-regulation of replication fork progression, and disruptions to this process are a major source of genomic instability, yet how fork dynamics are controlled during unperturbed S-phase remains unclear. We found replication forks elongate slowly in early S (ES) and faster in late S, independent of transcription or nucleotide availability. Elevated origin firing coupled with low TOP2A in ES generates torsional stress, causing replisome uncoupling, reduced fork speed, and basal ATR-CHK1 activation. Overexpression of TOP2A enhances fork speed and reduces re
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Progressive Multifocal Leukoencephalopathy (PML) is caused by lytic replication of JC virus (JCV) in specific cells of the central nervous system. Like other polyomaviruses, JCV encodes a large T-antigen helicase needed for replication of the viral DNA. Here, we report the development of a luciferase-based, quantitative and high-throughput assay of JCV DNA replication in C33A cells, which, unlike the glial cell lines Hs 683 and U87, accumulate high levels of nuclear T-ag needed for robust replication. Using this assay, we investigated the requirement for different domains of T-ag, and for spec
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
We have previously demonstrated that over-expression of c-myc facilitates the replication of SV40 DNA in human Burkitt lymphoma cells (BL). In this paper we investigated the ability of N-myc and L-myc to substitute for c-myc in promoting SV40 DNA replication. Vectors expressing either a chimeric N-myc/c-myc, N-myc or L-myc gene were constructed and co-transfected with a plasmid containing the SV40 origin of replication and the early genes encoding SV40 T antigens (Tag). The chimeric N-myc/c-myc and the N-myc proteins enhance SV40 replication in the human lymphoma line BJAB at levels comparable
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка службы здравоохранения СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Initiation of DNA replication occurs with high frequency within oribeta, a short region 3' to the Chinese hamster dhfr gene. Homodimers of RIP60 (replication initiation-region protein 60 kDA) purified from nuclear extract bind two ATT-rich sites in oribeta and foster the formation of a twisted 720 bp DNA loop in vitro. Using a one hybrid screen in yeast, we have cloned the cDNA for human RIP60. RIP60 contains 15 C(2)H(2)zinc finger (ZF) DNA binding motifs organized in three clusters, termed hand Z1 (ZFs 1-5), hand Z2 (ZFs 6-8) and hand Z3 (ZFs 9-15). A proline-rich region is located between ha
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования