Целый филогенетический анализ генома четырех мексиканских вирусов бешенства, изолированных от скота.

Филогенетический анализ вируса бешенства в молекулярной эпидемиологии традиционно проводился на частичных последовательностях генома, таких, как гены N, G и P; однако этот подход вызывает обеспокоенность по поводу дискриминационной силы по сравнению с последовательности целых геномов. В этом исследовании мы описали четыре штамма вируса бешенства, изолированного от скота в Керетаро, Мексика, сравнивая всю последовательность генома с штаммами на американском, европейском и азиатском континентах. В ходе исследования использовались четыре образца головного мозга, положительные к бешенству и характеризующиеся как AgV11, генотип 1. Последовательность CDNA была генерирована при обратном транскрипции PCR (RT-PCR) с использованием олиго dT. CDNA были секвенированы на платформе Illuum NextSeq 500. Филогенетический анализ был проведен с использованием МЕГА 6.0. Минимальная эволюция филогенетических деревьев была построена с помощью метода < < сосед-соседи > > , и они были забиты 1000 репликациями. Три больших и семь небольших скоплений были сформированы с 26 последовательности. Крупнейшая группа сгруппировала штаммы различных видов в Южной Америке: Бразилия и Французская Гайана. Вторая группа сгруппировала пять штаммов из Мексики. Мексиканский штамм, о котором сообщалось в другом исследовании, был в значительной степени связан с нашими четырьмя штаммами, что указывает на общий источник инфекции. Филогенетический анализ показывает, что тип хостинга различен для различных регионов американского континента; бешенство больше связано с летучими мышами. Был сделан вывод о том, что вирус бешенства в центральной части Мексики генетически стабилен и передается вампирской битой Десмодусом гнилундусом.