MedElevator
Войти в исследования DOI 10.1007/s00705-021-05319-0
Характеристика недавно выявленного сегмента РНК, полученного на основе генома Склеротинии склеротиорума реовируса 1.
Аннотация
Ранее сообщалось, что Sclerotinia sclerotiorium reovirus 1 (SsReV1) инфицирует гиповирулятивный штамм SCH941 фитопатогенного гриба Sclerotinia clerotiorum и содержит 11 сегментов с двойной структурой RNA (dsRNA) (S1-S11). Здесь мы сообщаем, что SsREV1 на самом деле состоит из 12 dsRNA сегментов вместо 11. Полная последовательность нуклеотида двенадцатого сегмента (S12) была определена с использованием сочетания методов РАСЕ и высокопроизводительной последовательности. S12 - это 1217 нуклеотидов в длину и имеет высоко сохранённые последовательности терминалов, похожие на остальные 11 сегментов SsReV1. S12 содержит одну открытую рамку считывания белка (VP12) из 311 аминокислот. Хотя регулярный анализ BLAST не выявил какого-либо сходства VP12 с известными последовательностями, было установлено, что он гомологичен для VP11 вируса тика Колорадо рода Колтивируса, когда был проведен анализ HHpred на основе скрытой модели Markov. Эксперимент по регенерации однопротопластовой системы показал, что S12 и S2 поддерживаются или теряются параллельно. Таким образом, геном SsREV1 состоит из 12 сегментов dsRNA.
Название и аннотация на языке оригинала
Characterization of a newly identified RNA segment derived from the genome of Sclerotinia sclerotiorum reovirus 1.
Sclerotinia sclerotiorum reovirus 1 (SsReV1) was previously reported to infect hypovirulent strain SCH941 of the phytopathogenic fungus Sclerotinia sclerotiorum and to contain 11 double-stranded RNA (dsRNA) segments (S1-S11). Here, we report that SsReV1 is actually composed of 12 dsRNA segments instead of 11. The full-length nucleotide sequence of the twelfth segment (S12) was determined using a combination of RACE and high-throughput sequencing methods. S12 is 1217 nucleotides in length and has highly conserved terminal sequences that resemble those of the other 11 segments of SsReV1. S12 contains a single open reading frame encoding a protein (VP12) of 311 amino acids. Although regular BLAST analysis did not reveal any similarity of VP12 to known sequences, it was found to be homologous to the VP11 of Colorado tick fever virus of the genus Coltivirus when a hidden-Markov-model-based HHpred analysis was performed. A single-protoplast regeneration experiment suggested that S12 and S2 were maintained or lost in parallel. In summary, the SsReV1 genome consists of 12 dsRNA segments.
Предметные рубрики MeSH
Подготовка и перевод публикации
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Тип публикации указан по данным источника. Уровень доказательности автоматически не присваивается.