RATIONALE: The carbon and oxygen stable isotope ratios (δ13C and δ18O) of carbonate contained in fish tooth dentin have the potential to offer insights into environmental and ecological conditions, making them promising targets for analysis in fossil specimens. However, the tooth dentin of extant specimens contains significant amounts of organic matter that can decompose or produce gases that interfere with isotope measurements. Therefore, a well-developed pretreatment protocol for removing organic components prior to isotopic analysis is essential.
METHODS: In this study, we developed pretre
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
This chapter describes a workflow for the analysis of the metabolomic response of the human basophilic cell line KU812 exposed to Ixodes ricinus tick saliva using ¹H-nuclear magnetic resonance (NMR) spectroscopy. The protocol includes procedures for cell culture, harvesting, washing, and metabolite extraction, followed by the separation of aqueous and lipid fractions. Detailed instructions for sample preparation and NMR data acquisition are provided for both fractions. Spectral processing and metabolite quantification are performed using targeted profiling approaches based on constrained line-
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Allergic reactions associated with arthropod bites are a growing concern worldwide. In particular, Alpha-Gal syndrome (AGS) is a red meat allergy associated with IgE antibodies against galactose-alpha-1,3-galactose (alpha-Gal) that is typically linked to tick bites, but other arthropods with alpha-Gal content may also induce allergic reactions. The AGS is underdiagnosed and thus important to evaluate the risks that may be associated with exposure to bites of arthropods with alpha-Gal. To approach this objective, herein are described the materials and methods for the detection of alpha-Gal cont
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Participatory citizen science aligns with the principles of Open Science, promoting transparency, accessibility, and public engagement in scientific research. Collecting relevant information from the population is important to evaluate epidemiological data, geographical distribution, incidence, and risks associated with allergic reactions to arthropod bites. In this chapter, the methods for implementation of participatory citizen science are described to evaluate risks and interventions to allergic reactions to arthropod bites.
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Alpha-GAL syndrome (AGS) is a type of allergy to mammalian meat and other foods or pharmaceuticals made from mammalian substrates. It is an IgE-mediated reaction caused by sensitization to the polysaccharide galactose-α-1,3-galactose (alpha-GAL) found in tick saliva after a previous tick bite. Alpha-GAL is present on proteins of mammals except primates. Sensitization to alpha-GAL in tick saliva predisposes to cross-reactivity following exposure (oral or non-oral) to glycated galactose-α-1,3-galactose proteins, regardless of their origin. Symptoms of varying severity (from dyspepsia to anaphyla
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Allergic diseases have increased significantly in recent decades, with a higher incidence of severe manifestations such as anaphylaxis. This increase is attributed mainly to environmental factors associated with the Western lifestyle that alter the epithelial barrier, promoting sensitization to allergens, such as those from arthropods. Hymenoptera (bees and wasps) are the most implicated arthropods. The sting introduces a venom composed of highly sensitizing proteins that are capable of triggering reactions ranging from local and mild to potentially fatal systemic reactions. The incidence is h
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Lipids are a fundamental group of biomolecules that play diverse roles in biological systems, including energy storage, membrane architecture, and intra- and extracellular signaling. They are classified into eight major categories, and more than 50 000 distinct lipid structures are currently reported in the Lipid Maps Structure Database (LMSD). Given their importance in cellular metabolism and physiology, accurate identification and quantification of lipids are essential. In ticks, lipid metabolism is closely associated with physiological processes related to survival, pathogen transmission, a
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Noncoding RNAs, including long noncoding RNAs, enhancer RNAs, circular RNAs, and small nuclear and nucleolar RNAs, represent a major, yet still largely uncharacterized, regulatory layer in the eye. A subset of these molecules, chromatin-associated RNAs (caRNAs), physically interacts with DNA and nuclear protein complexes to influence genome organization, transcriptional output, and stress responses. Although caRNAs have emerged as essential regulators of chromatin topology and gene expression in diverse tissues, their identity, dynamics, and mechanisms in the retina and retinal pigment epithel
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BruUV-seq is a nascent RNA sequencing technique that uses bromouridine to label RNA and UV light to suppress both transcription elongation and RNA degradation, enabling the enrichment and study of labile RNA species, such as enhancer RNAs (eRNAs), in live-cell culture models. Here, we describe both the BruUV-seq experimental method and the next-generation sequencing data analysis, which allow for the identification of eRNAs produced at active enhancer elements.
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
RNAs that are being synthesized and remain tethered to chromatin during transcription are key participants in co-transcriptional gene regulation. They contribute to essential processes such as splicing, transcription elongation, and chromatin structure shaping. Co- and post-transcriptional RNA modifications have emerged as critical regulators of RNA metabolism and may modulate the function of chromatin-associated RNAs, including their interactions with chromatin. Here, we describe a method to isolate nascent, chromatin-associated RNA enriched for specific RNA modifications, using a combination
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Nascent RNA production is a dynamic activity in eukaryotic cells that faithfully reflects the transcriptional activities of a cell population at a specific time point. To capture and quantify dynamic transcriptional activity at high temporal resolution, several methods have been developed, including global or precision run-on sequencing (GRO/PRO-seq) and transient transcriptome sequencing (TT-seq). TT-seq uses in-cell metabolic labeling of RNAs with 4-thiouridine (4sU) to specifically enrich newly synthesized, nascent RNAs. This strategy enables real-time measurement of transcriptional dynamic
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
N6-methyladenosine (m6A) is a prevalent endogenous modification in mammalian mRNAs as well as chromatin-associated RNAs (caRNAs). Recently developed GLORI-seq, which chemically converts unmodified adenosine to inosine, enables absolute quantification of single-base-resolution m6A sites on mRNAs. However, since GLORI-seq generates short-transited reads with mainly three kinds of nucleotides, applying it to caRNAs with a large fraction of intronic and intergenic regions poses additional challenges. In our recent study, we simply optimized the library construction of GLORI-seq to enrich long cDNA
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
R-loop is ubiquitous in the mammalian genome and essential for many biological processes. Here, we present a method named RIAN-seq for R-loop detection. RIAN-seq outperforms other current R-loop-mapping methods in resolution, signal-to-noise ratio, and sequencing depth. From cell collection to sequencing library generation, RIAN-seq only requires 5 h and no specialized skills.
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Genome-wide analysis of transcription activity and its regulation is critical for understanding cell functions. We have recently developed kethoxal-assisted single-stranded DNA sequencing (KAS-seq) and shown that ssDNA in coding regions can serve as a precise readout of transcriptional activity. Compared with ChIP-seq and nascent RNA sequencing, KAS-seq has a simpler procedure that works with low-input materials. KAS-seq reveals transcriptional dynamics with high temporal resolution and maps enhancer activity in the same assay. This chapter describes a detailed protocol for labeling, enriching
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Chromatin interactions between cis-regulatory elements, especially enhancer-promoter interactions, are known to regulate the spatiotemporal dynamics of gene expression. Chromosome conformation capture (3C)-based methods can detect these interactions. Nicking enzyme-assisted open chromatin interaction capture (NicE-C) is a method we developed that leverages nicking enzyme-mediated open chromatin profiling with chromosome conformation capture to identify chromatin interactions specifically within open chromatin regions. This approach offers high efficiency, high resolution, low sequencing depth,
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Long noncoding RNAs (lncRNAs) are classified as RNAs longer than 200 nucleotides, which do not code for proteins. The precise functions of lncRNAs in the cell are not always well understood, but it is believed that they often localize to their site of action. Some lncRNAs can associate with nuclear bodies under different conditions, and so it is of interest to measure lncRNA localization in relation to different nuclear bodies under different conditions. In this protocol, we describe a method by which to measure the relative intensity of a specific RNA in the vicinity of nuclear bodies known a
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Long noncoding RNAs (lncRNAs) have emerged as significant regulators of many physiological and pathological processes and play a key role in the onset and progression of a variety of diseases, including cancer. Currently, the functions of the majority of lncRNAs in carcinogenesis are still unclear. Functional characterization of specific lncRNAs is often challenging using the conventional RNA interference method, due to their specific and restricted subcellular localization. Antisense locked nucleic acid (LNA) GapmeRs, which induce RNase H1-mediated RNA cleavage, provide a promising strategy t
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Enhancer RNAs (eRNAs) are non-polyadenylated long noncoding RNAs (lncRNAs) transcribed from active enhancer regions and are increasingly recognized as key regulators of cell-type-specific gene expression. Noncoding RNAs exist in multiple forms and contribute to both transcriptional and posttranscriptional processes. Understanding their biological functions often requires selective depletion of individual RNA molecules. However, unlike protein-coding transcripts, eRNAs lack stable 3' ends, which complicates the use of conventional RNA interference (RNAi) approaches. These challenges are even mo
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Allergic diseases affect the health and quality of life of humans and domestic animals. The prevalence of allergic diseases is increasing and likely associated with changes in climate and lifestyle conditions with decreased exposure to beneficial microorganisms. Animal models include multiple species (e.g., mice, rats, zebrafish, guinea pigs, dogs, cats, sheep, swine, monkeys) that are essential to study the immunological mechanisms of allergic diseases and to evaluate new therapies that can be beneficial for both humans and animals. The animal models contribute to overcoming ethical limitatio
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Artificial tick feeding systems (ATFS) provide an ethical alternative to using experimental animals for feeding ticks. Silicone membrane-based systems enable controlled feeding of diverse Ixodid tick species and life stages while supporting the 3R principles to replace, reduce, and refine animal use. Here, we present a protocol for silicone membrane-based ATFS, outlining practical steps, essential components, and key troubleshooting considerations.
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.