Since the discovery of the clustered regularly interspaced short palindromic repeat (CRISPR)-associated (Cas) system, genome-editing technologies have advanced rapidly, and the field has expanded substantially. In parallel, artificial intelligence (AI) has progressed at an unprecedented pace and is transforming genetic engineering. Early AI applications primarily addressed predictive tasks, including guide RNA (gRNA) activity, off-target effects, and editing outcomes for CRISPR-Cas nucleases, base editors, and prime editors. Recently, transformer-based protein language models (PLMs) and genera
СтатьяОбзорПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Single nucleotide polymorphism (SNP), as one of the key components of the genetic factors, is important for disease detection and early screening of hereditary diseases. Current SNP genotyping methods require laboratory instruments or long operating times. To facilitate the diagnosis of hereditary diseases, we developed a new method referred to as the LwaCas13a-based SNP genotyping platform (Cas13a platform), which is useful for detecting disease-related SNPs. We report a CRISPR/Cas13a-based SNP genotyping platform that couples recombinase-aided amplification (RAA), T7 transcription, and Lepto
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The focus of the current study was to disrupt the Toxo 5699 gene via CRISPR/Cas9 to evaluate the effects of gene disruption on the parasite lytic cycle. In the present work, a single plasmid expressing both the guide RNA and Cas9 nuclease together with a selectable marker of human dihydrofolate reductase (DHFR) was introduced into Toxoplasma gondii. Targeted disruption of the Toxo 5699 gene was carried out via the CRISPR/Cas9 system and confirmed by PCR, sequencing, and immunofluorescence microscopy. Disrupted and nondisrupted control parasites were allowed to invade HS27 cell monolayers and p
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: RNA-guided nucleases enable DNA editing and offer promise for treating genetic diseases, particularly when used for precise sequence replacement. However, many of the most effective enzymes, such as Streptococcus pyogenes Cas9, are too large for delivery using vectors like adeno-associated virus. This has prompted interest in smaller alternatives from the Cas12f and TnpB families. Yet, these nucleases often show low activity in mammalian cells, limiting their utility.
RESULTS: We use directed evolution in human cells to select variants with greatly improved activity. The resulting
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The clustered regularly interspaced small palindromic repeats (CRISPR) / CRISPR-associated nuclease 9 (Cas9)-mediated gene editing technology has revolutionized the study of fundamental biological questions in various insects. Diverse approaches have been developed to deliver the single-guide RNA (sgRNA) and Cas9 to the nucleus of insect embryos or oocytes to achieve gene editing, including the predominant embryonic injection methods and alternative protocols through parental ovary delivery. However, a systematic comparative study of these approaches is limited, especially within a given insec
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
This study aimed to explore the expression changes of VASA gene in sheep testis development and to construct VASA gene knock-in vector to prepare for the study on the differentiation of sheep germ cells in vitro. The testicular tissues of 3-month-old (3M) and 9-month-old (9M) sheep which represent immature and mature stages, respectively, were collected. The differential expression of VASA gene was analyzed by quantitative real-time PCR (qPCR) and Western blotting, and the location of VASA gene was detected by immunohistochemistry. The sgRNA targeting the VASA gene was designed and homologous
Аннотация на английскомСтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
OBJECTIVE: The purpose of this study is to reduce the spread of the vanA gene by curing the vanA-harboring plasmid of vancomycin-resistant using the CRISPR-Cas9 system.
METHODS: Two specific spacer sequence (sgRNAs) specific was designed to target the vanA gene and cloned into plasmid CRISPR-Cas9. The role of the CRISPR-Cas system in the plasmid elimination of drug-resistance genes was verified by chemically transformation and conjugation delivery methods. Moreover, the elimination efficiency in strains was evaluated by plate counting, PCR, and quantitative real-time PCR (qPCR). Susceptibilit
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The emergence of virulent, resistant, and rapidly evolving fungal pathogens poses a significant threat to public health, agriculture, and the environment. Targeting cellular processes with standard small-molecule intervention may be effective but requires long development times and is prone to antibiotic resistance. To overcome the current limitations of antibiotic development and treatment, this study harnesses CRISPR-Cas systems as antifungals by capitalizing on their adaptability, specificity, and efficiency in target design. The conventional design of CRISPR-Cas antimicrobials, based on in
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Most multiplex nucleic acids detection methods require numerous reagents and high-priced instruments. The emerging clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR)/Cas has been regarded as a promising point-of-care (POC) strategy for nucleic acids detection. However, how to achieve CRISPR/Cas multiplex biosensing remains a challenge. Here, an affordable means termed CRISPR-RDB (CRISPR-based reverse dot blot) for multiplex target detection in parallel, which possesses the advantages of high sensitivity and specificity, cost-effectiveness, instrument-free, ease to use, and visu
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Tools for tuning endogenous gene expression are key to determining the genetic basis of diverse cellular phenotypes. Although synthetic regulatable promoters are available in Toxoplasma, scalable methods for targeted and combinatorial downregulation of gene expression-like RNA interference-have yet to be developed. To investigate the feasibility of CRISPR-mediated transcriptional regulation, we examined the function of two catalytically inactive Cas9 (dCas9) orthologs, from Streptococcus pyogenes and Streptococcus thermophilus, in Toxoplasma. Following the addition of single-guide RNAs (sgRNAs
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Down syndrome (DS) is one of the most common developmental human genetic disorders and is due to triplication of chromosome 21 (HSA21). Although previous studies using epigenetic suppression of HSA21 by the long noncoding RNA XIST showed a potential for DS treatment, integration efficiency of XIST by conventional zinc finger nucleases is too low to allow for practical implementation. Here, we report a modified CRISPR/Cas9 approach, which enhances the efficiency of XIST gene integration. First, a codon-optimized λ-phage exonuclease (exo) was fused with Cas9 to create 5'- and 3'-end overhangs at
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
We describe an oligonucleotide RNA-guided, DNase-dead CRISPR-associated protein 12 (dCas12)-mediated transcriptional interference (CRISPRi) system optimized for gene knockdown in Chlamydia trachomatis. In this system, while guide RNAs are expressed constitutively, dCas12 expression is conditional and depends on the presence of the small molecule anhydrotetracycline (ATC). This design enables temporal control of gene repression, allowing the functional analysis of a wide range of genes, including essential genes, without permanent genetic disruption. Due to its T-rich protospacer adjacent motif
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
CRISPR-Cas9 DNA cleavage requires R-loop extension to activate the histidine-asparagine-histidine (HNH) nuclease domain, yet how heteroduplex maturation gates catalytic commitment remains unclear. Using extensive molecular dynamics simulations across seven experimentally trapped heteroduplex states (6-18 nt), we define a three-stage activation pathway: unlocking, preorganization, and precatalytic gating. At the 18-nt checkpoint, HNH and REC2 regain mobility but do not adopt a fully cleavage-competent orientation; this dynamically frustrated metastate is consistent with a conformational-proofre
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
With the increasing use of CRISPR-Cas9, detecting off-target events is essential for safety. Current methods primarily focus on guide RNA (gRNA) sequence mismatches, often overlooking the impact of DNA topology in regulating off-target activity. Here we present TOPO-seq, a high-throughput and sensitive method that identifies genome-wide off-target effects of Cas9 and base editors while accounting for DNA topology. TOPO-seq revealed that topology-induced off-target sites frequently harbor higher mismatches than the relaxed DNA sequence, with over 50% of off-target sites containing six mismatche
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Chromosome instability (CIN) is frequently observed in many tumors. The breakage-fusion-bridge (BFB) cycle has been proposed to be one of the main drivers of CIN during tumorigenesis and tumor evolution. However, the detailed mechanism for the individual steps of the BFB cycle warrants further investigation. Here, we demonstrate that a nuclease-dead Cas9 (dCas9) coupled with a telomere-specific single-guide RNA (sgTelo) can be used to model the BFB cycle. First, we show that targeting dCas9 to telomeres using sgTelo impedes DNA replication at telomeres and induces a pronounced increase of repl
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The CRISPR-Cas9 system has quickly become the standard tool for genome editing. To deliver this system to target cells, adeno-associated virus (AAV) vectors are commonly used. In fact, AAV vectors have been utilized to deliver the CRISPR-Cas9 system to induce genomic exon skipping and restore the dystrophin protein in various Duchenne muscular dystrophy model animals. Despite the high transduction efficiency, AAV vector-mediated delivery has several limitations, such as the packaging size, prolonged overexpression of Cas9, immunogenicity against the AAV capsid, and the risk of integrating a pa
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
CRISPR-Cas12a gene editing technology is gaining momentum as a powerful tool for many biochemical and medicinal applications. The technology requires guide RNA, which is typically made using solid phase synthesis and purified by HPLC. The latter is often the most complex and time-consuming element of the synthetic process. This communication describes a non-chromatographic method for purification of synthetic RNAs. The method consists of five steps and yields target RNA in over 80% purity, which adheres to the FDA's standard for gene editing applications. The non-chromatographic RNA purificati
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Aspergillus oryzae, with its high protein secretion capacity, post-translational modification capabilities, and safety, is a promising host for producing natural products and recombinant proteins. However, the lack of efficient genetic tools and precise genome modification methods has significantly slowed progress in the metabolic engineering of A. oryzae. Although the CRISPR/Cas9-mediated genome editing system has been applied in A. oryzae, the low efficiency of gene disruption and heterologous gene integration limits its widespread application as a chassis cell for industrial strain developm
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Advanced gene editing methods have accelerated biomedical discovery and hold great therapeutic promise, but safe and efficient delivery of gene editors remains challenging. In this study, we present a virus-like particle (VLP) system featuring nucleocytosolic shuttling vehicles that retrieve pre-assembled Cas-effectors via aptamer-tagged guide RNAs. This approach ensures preferential loading of fully assembled editor ribonucleoproteins (RNPs) and enhances the efficacy of prime editing, base editing, trans-activators, and nuclease activity coupled to homology-directed repair in multiple immorta
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Mpox is caused by a zoonotic virus belonging to the Orthopoxvirus genus and the Poxviridae family. In this study, we develop a recombinase polymerase amplification (RPA)-coupled CRISPR-Cas12a detection assay for the mpox virus. We design and test a series of CRISPR-derived RNAs(crRNAs) targeting the conserved D6R and E9L genes for orthopoxvirus and the unique N3R and N4R genes for mpox viruses. D6R crRNA-1 exhibits the most robust activity in detecting orthopoxviruses, and N4R crRNA-2 is able to distinguish the mpox virus from other orthopoxviruses. The Cas12a/crRNA assay alone presents a dete
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования